1.提取gff文件中的HLA基因的相关bed文件。

gff的格式：

zcat *gz|gawk 'BGIN{FS="\t";OFS="\t"}$3=="gene"{match($9,/gene_name([^;]+)/,a);if(a[1]~/HLA-/){print $1,$4,$5,a[1]}}'

chr6 29722775 29738528 "HLA-F"

chr6	29726601	29749049	"HLA-F-AS1"

chr6	29790954	29797811	"HLA-V"

chr6	29800415	29802425	"HLA-P"

chr6	29826967	29831125	"HLA-G"

chr6	29887752	29890482	"HLA-H"

chr6	29896654	29897786	"HLA-T"

chr6	29926459	29929232	"HLA-K"

chr6	29934101	29934286	"HLA-U"

chr6	29941260	29945884	"HLA-A"

chr6	29956596	29958570	"HLA-W"

chr6	30005971	30009956	"HLA-J"

chr6	30259584	30293014	"HLA-L"

chr6	30351416	30351550	"HLA-N"

chr6	30489467	30494205	"HLA-E"

chr6	31268749	31272130	"HLA-C"

chr6	31269491	31357188	"HLA-B"

　　

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