基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。

  信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子化合物等。

  富集性分析应用范围非常广,从Disease OntologyGene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等。

  Go分析能够缩小查询基因的范围

  BINGO :  查询这条通路上的差异基因!!!

GO富集分析 信号通路的更多相关文章

  1. 解读人:谭亦凡,Macrophage phosphoproteome analysis reveals MINCLE-dependent and -independent mycobacterial cord factor signaling(巨噬细胞磷酸化蛋白组学分析揭示MINCLE依赖和非依赖的分支杆菌索状因子信号通路)(MCP换)

    发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通 ...

  2. webgestalt 通路富集分析

    http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html

  3. 基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子 ...

  4. Mol Cell Proteomics. |胡丹丹| 雷公藤红素通过SIRT1-FXR 信号通路保护胆汁淤积性肝损伤

    期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT ...

  5. DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

    何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...

  6. GSEA 基因集富集分析

    http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于 ...

  7. python scipy包进行GO富集分析p值计算

    最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx ...

  8. 富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

    前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析.虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦.这时网页在线或者本地化工具派上用场了. DAVID DAVID地 ...

  9. 【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

    前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题: ...

随机推荐

  1. eclipse 4.5 离线安装mybatis generator1.3.6卡在Install New Software的解决方法

    转载:https://blog.csdn.net/ssshen14/article/details/80004459 离线插件 下载:https://github.com/mybatis/genera ...

  2. 重写LayoutParams,读取子View自定义属性

    在EasyConstraintLayout内部定义一个静态类LayoutParams继承ConstraintLayout.LayoutParams,然后在构造方法中读取上面自定义的属性.我们通过裁剪的 ...

  3. php面试专题---MySQL常用SQL语句优化

    php面试专题---MySQL常用SQL语句优化 一.总结 一句话总结: 原理,万变不离其宗:其实SQL语句优化的过程中,无非就是对mysql的执行计划理解,以及B+树索引的理解,其实只要我们理解执行 ...

  4. 关于ADB 执行报错问题-db server version (31) doesn't match this client (40); killing...

    D:\ADB>adb devicesList of devices attachedadb server version (31) doesn't match this client (40); ...

  5. redis centos集群搭建和java应用

    1. 首先要ssh免密登录 redis集群,3台虚拟机,6个节点,每台机器2个节点一主一从. 192.168.132.154 c0192.168.132.156 c1192.168.132.155 c ...

  6. centos7中没有service iptables save指令来保存防火墙规则

    1.任意运行一条iptables防火墙规则配置命令: iptables -P OUTPUT ACCEPT 2.对iptables服务进行保存: service iptables save 如果上述命令 ...

  7. stl vector创建二维数组

    vector<vector<); for (auto it = v.begin(); it != v.end(); it++) { ; (*it).reserve();//预留空间为5,但 ...

  8. Jenkins持续集成_01_Mac安装配置

    前言 Jenkins是一款开源 CI&CD 软件,用于自动化各种任务,包括构建.测试和部署软件.在自动化测试中,用来持续集成,跑定时任务进行定时自动化监测.更详细介绍可查看jenkins官网: ...

  9. CSS中设置字体样式

    <style type="text/css"> body{ font-family: SimHei,"微软雅黑",sans-serif; } < ...

  10. Vulnhub渗透测试练习(一) ----------Breach1.0

    教程网址 https://www.freebuf.com/articles/system/171318.html 学习经验总结 1.使用jre的bin目录下的keytool命令来输入秘钥库口令进而获取 ...