基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识，也就是基因组注释信息进行分类。

　　信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号（称为配体，ligand）包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子化合物等。

　　富集性分析应用范围非常广，从Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等。

　　Go分析能够缩小查询基因的范围

　　BINGO :  查询这条通路上的差异基因！！！

GO富集分析 信号通路的更多相关文章

  1. 解读人：谭亦凡，Macrophage phosphoproteome analysis reveals MINCLE-dependent and -independent mycobacterial cord factor signaling（巨噬细胞磷酸化蛋白组学分析揭示MINCLE依赖和非依赖的分支杆菌索状因子信号通路）（MCP换）

    发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通 ...

  2. webgestalt 通路富集分析

    http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html

  3. 基因探针富集分析（GSEA）& GO & pathway

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子 ...

  4. Mol Cell Proteomics. |胡丹丹| 雷公藤红素通过SIRT1-FXR 信号通路保护胆汁淤积性肝损伤

    期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT ...

  5. DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

    何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...

  6. GSEA 基因集富集分析

    http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于 ...

  7. python scipy包进行GO富集分析p值计算

    最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx ...

  8. 富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

    前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析.虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦.这时网页在线或者本地化工具派上用场了. DAVID DAVID地 ...

  9. 【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

    前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题: ...

随机推荐

  1. 神奇的hsl

    HSL色彩模式是工业界的一种颜色标准,是通过对色相(H).饱和度(S).明度(L)三个颜色通道的变化以及它们相互之间的叠加来得到各式各样的颜色的.今天我们看看这种色彩模式,能在CSS中产生什么神奇的变 ...

  2. php面试专题---MySQL常用SQL语句优化

    php面试专题---MySQL常用SQL语句优化 一.总结 一句话总结: 原理,万变不离其宗:其实SQL语句优化的过程中,无非就是对mysql的执行计划理解,以及B+树索引的理解,其实只要我们理解执行 ...

  3. MongoDB数据迁移

    将集合user从192.168.1.12:27017导入到192.168.1.120:27017 数据的导出:mongoexport 数据的导入:mongoimport 导出集合user的过程: [r ...

  4. nginxUbuntu安装Nginx和正确卸载Nginx Nginx相关 与Nginx报错：nginx: [error] invalid PID number "" in "/run/nginx.pid" 解决方法

    https://www.cnblogs.com/zhaoyingjie/p/6840616.html https://blog.csdn.net/adley_app/article/details/7 ...

  5. mysqladmin - 管理 MySQL 服务器、获取运行状态

    官方文档 mysqladmin 是管理 MySQL 服务器的客户端,可以用来检测服务器的配置和当前状态.创建和删除数据库等. 1. mysqladmin 的调用语法 shell> mysqlad ...

  6. 【FICO系列】SAP FICO模块-固定资产月结的注意点

    公众号:SAP Technical 本文作者:matinal 原文出处:http://www.cnblogs.com/SAPmatinal/ 原文链接:[FICO系列]SAP FICO模块-固定资产月 ...

  7. HeightCharts柱状图和饼状图

    HTML: <div id="container1"  style="height:350px; " ></div>    <di ...

  8. css圣杯布局

    HTML <div class="container"> <div class="content">content</div> ...

  9. jQuery基础--选择器

    2. 选择器 2.1. 什么是jQuery选择器 jQuery选择器是jQuery为我们提供的一组方法,让我们更加方便的获取到页面中的元素.注意:jQuery选择器返回的是jQuery对象. jQue ...

  10. 关于Python的10大实用编程技巧

      Python 是一种通用的脚本开发语言,比其他编程语言更加简单.易学,其面向对象特性甚至比Java.C#..NET更加彻底,因此非常适合快速开发. Python 已经成为最受欢迎的程序设计语言之一 ...