GO富集分析 信号通路
基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。
信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子化合物等。
富集性分析应用范围非常广,从Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等。
Go分析能够缩小查询基因的范围
BINGO : 查询这条通路上的差异基因!!!
GO富集分析 信号通路的更多相关文章
- 解读人:谭亦凡,Macrophage phosphoproteome analysis reveals MINCLE-dependent and -independent mycobacterial cord factor signaling(巨噬细胞磷酸化蛋白组学分析揭示MINCLE依赖和非依赖的分支杆菌索状因子信号通路)(MCP换)
发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通 ...
- webgestalt 通路富集分析
http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html
- 基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子 ...
- Mol Cell Proteomics. |胡丹丹| 雷公藤红素通过SIRT1-FXR 信号通路保护胆汁淤积性肝损伤
期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT ...
- DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...
- GSEA 基因集富集分析
http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于 ...
- python scipy包进行GO富集分析p值计算
最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx ...
- 富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO
前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析.虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦.这时网页在线或者本地化工具派上用场了. DAVID DAVID地 ...
- 【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题: ...
随机推荐
- 一个最最简单的 log4j 的 入门级使用案例
看了比较多的文档和博客,感觉这篇博客写得比较好,比较容易懂,先 mark 一下,回头做一个记录. 文章1:http://www.cnblogs.com/rushoooooo/archive/2011/ ...
- ReactNative的学习笔记
一.安装nodejs 查看是否安装:npm -v 二.安装react-native命令工具 npm install -g react-native-cli 三.查看 react-native --he ...
- PHP实现多服务器SESSION共享
为什么要session共享? 现在稍微大一点的网站基本上都有好几个子域名,比如www.feiniu.com, search.feiniu.com, member.feiniu.com,这些网站如果需要 ...
- 使用 localstorage 写入浏览器并获取
写入:以字符串的形式写入 localStorage.setItem('data', JSON.stringify(arr)); 获取: 注意:一定要使JSON.parse转为对象才能取出来,不然是空的 ...
- /usr/bin/ld: cannot find -lgcc_s 问题解决小记
/usr/bin/ld: cannot find -lgcc_s 问题解决小记 博客分类: Linux/Ubuntu 由于之前用wubi装的ubuntu并且只给了它10G的硬盘空间,随着学习的深入这种 ...
- python中的变量的学习
今年以来,时间都安排在学习python语言上了.(python3) 从最基础的变量开始学习.尽管以前学习过一段时间,但这次是系统性的学习,所以多花点时间,重新开始.学习完基础知识后,多练习几个项目. ...
- Mybatis入门之MyBatis项目案例
一.项目案例演示 后台管理系统用户数据维护平台 所有用户数据查询 单个用户数据查询 用户数据修改(完善资料) 锁定用户账号 删除用户账号 彻底删除用户账号 二.数据库数据准备工作 数据库:mysql ...
- String 与StringBuffer习题
1: 画出如下几行代码的结构 // 画出如下几行代码的结构 String s1 = "hello"; // value存储在常量池内 String s2 = "hello ...
- 使用Docker部署爬虫管理平台Crawlab
当前目录创建 docker-compose.yml 文件 version: '3.3' services: master: image: tikazyq/crawlab:latest containe ...
- JavaScript代码内部执行顺序
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/ ...