基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。

  信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子化合物等。

  富集性分析应用范围非常广,从Disease OntologyGene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等。

  Go分析能够缩小查询基因的范围

  BINGO :  查询这条通路上的差异基因!!!

GO富集分析 信号通路的更多相关文章

  1. 解读人:谭亦凡,Macrophage phosphoproteome analysis reveals MINCLE-dependent and -independent mycobacterial cord factor signaling(巨噬细胞磷酸化蛋白组学分析揭示MINCLE依赖和非依赖的分支杆菌索状因子信号通路)(MCP换)

    发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通 ...

  2. webgestalt 通路富集分析

    http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html

  3. 基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子 ...

  4. Mol Cell Proteomics. |胡丹丹| 雷公藤红素通过SIRT1-FXR 信号通路保护胆汁淤积性肝损伤

    期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT ...

  5. DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

    何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...

  6. GSEA 基因集富集分析

    http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于 ...

  7. python scipy包进行GO富集分析p值计算

    最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx ...

  8. 富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

    前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析.虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦.这时网页在线或者本地化工具派上用场了. DAVID DAVID地 ...

  9. 【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

    前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题: ...

随机推荐

  1. 浅谈关于SQL优化的思路

    零.为什么要优化 系统的吞吐量瓶颈往往出现在数据库的访问速度上 随着应用程序的运行,数据库的中的数据会越来越多,处理时间会相应变慢 数据是存放在磁盘上的,读写速度无法和内存相比 一.观察 MySQL优 ...

  2. WebGIS常用代码集锦

    一.普通代码 1.坐标转换 ol.proj.transform(coordinate, source, destination) ol.proj.transform(coordinate, 'EPSG ...

  3. JS-闭包(Closures)和let声明块级作用域变量

    闭包: https://developer.mozilla.org/zh-CN/docs/Web/JavaScript/Closures 闭包是函数和声明该函数的词法环境的组合. let: https ...

  4. jmeter之登录接口的一次简单压测与分析

    前言:登录接口的一次简单压测与分析 1.接口文档 2.配置元件 3.结果分析 1.接口文档 a.拿到接口文档 接口地址:http://localhost:8080/jpress/admin/login ...

  5. CentOS 7.3 安装MySQL 5.7并修改初始密码

    在CentOS 7.3 下安装MySQL 5.7并修改初始密码,Windows下安装MySQL 5.7 见 http://www.linuxidc.com/Linux/2017-11/148521.h ...

  6. Oracle11g安装步骤

    plsql安装等:https://blog.csdn.net/li66934791/article/details/83856225      https://www.cnblogs.com/gaoz ...

  7. Invalid column name on sql server update after column create

    问题:新建一个测试表xx as code into xx select * from xx 给这个表添加一个列val, val列不允许为空,将表中已有的数据val值更新为1 alter table x ...

  8. mybatis配置mapper.xml 的基本操作

    XML 映射文件 本文参考mybatis中文官网进行学习总结:http://www.mybatis.org/mybatis-3/zh/sqlmap-xml.html MyBatis 的真正强大在于它的 ...

  9. [eclipse中使用Git插件] 008 - git操作pull、merge、stash、commit

    写在前面: 看标题其实还有001-007之类,本来准备写详细的类似教程一样的东东,但是懒了且时间有限(以后或许会补吧),所以跳到008,录下主要的操作. 所以本随笔的重点就是[pull+merge+s ...

  10. CentnOS7安装Nginx“No package available”

    Nginx相对Apache有轻量级,简洁的优点,算得上Apache的优秀替代品了,但是由于Nginx不在yum的官方源中,因此安装时总会出现失败的现象,只需: yum install epel-rel ...