uva 1368 DNA Consensus String
这道题挺简单的,刚开始理解错误,以为是从已有的字符串里面求最短的距离,后面才发现是求一个到所有字符串最小距离的字符串,因为这样的字符串可能有多个,所以最后取最小字典序的字符串。
我的思路就是求每一列每个基因A、C、G、T的数量,找到最大值,最大值可能不止一个,但是锁定字典序最小的那个为所求字符串当前列的值,求解实例如下所示
TATGATAC
TAAGCTAC
AAAGATCC
TGAGATAC
TAAGATGT
对于上述字符串,第一列A,C,G,T的值分别为1,0,0,4,可见最大值为4,说明当前列到每个字符串之和最短的是T字母,所以得到所求字符串第一个字母为T,同样的方法求得剩下所有字符,最后得到所求字符串为TAAGATAC,而 consensus error的值等于每一列的值相加,第一列,最大值为4,那么consensus error在第一列的值为m-4=5-4=1;所以consensus error的值为1+1+1+0+1+0+2+1=7,具体实现代码如下:
#include<algorithm>
#include<cstring>
#include<cstdio>
#include<iostream>
#define len 1010
#define M 55
using namespace std; char dna[M][len];
int gene[];
int m, n; int main()
{
int T;
int minSum;
char res[];
cin >> T;
while (T--) {
cin >> m >> n;
minSum = ;
for (int i = ;i < m;i++)
cin >> dna[i];
int j = ;
for (j = ;j < n;j++) {
memset(gene, , sizeof(gene));
for (int i = ;i < m;i++) {
switch (dna[i][j]) {
case 'A':gene[]++;break;
case 'C':gene[]++;break;
case 'G':gene[]++;break;
case 'T':gene[]++;break;
default:break;
}
}
int max = ;
for (int i = ;i < ;i++) {
if (gene[i] > max) {
max = gene[i];
switch (i) {
case :res[j] = 'A';break;
case :res[j] = 'C';break;
case :res[j] = 'G';break;
case :res[j] = 'T';break;
default:break;
}
}
}
minSum += m-max;
}
res[j] = '\0';
cout << res << endl;
cout << minSum << endl; }
return ;
}
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