bedtools的更多相关文章

  1. bedtools 每天都会用到的工具

    详细的使用说明:http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ Collectively, the bedtools utilities are a swiss- ...

  2. 关于bedtools merge 功能中sort 命令的解释

    Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具,很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多,但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求,比如说里面的一个merge函数,这是里面的 ...

  3. 使用bedtools提取vcf多个位置的变异(extract multi-region of genotypes by bedtools)

    1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0, ...

  4. bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

    我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全 ...

  5. bedtools简介及应用

    1)背景处理基因组数据中,比较基因组不同区域,例如寻找overlap等,是一种基本的且常见的问题.虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理,但是当这些工具面对大的数据 ...

  6. bedtools 的安装与使用

    1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装, 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, ma ...

  7. 使用bedtools的一个问题

    问题:有两个平行测序样本,分别得到1.vcf和2.vcf两个文件,想知道这两个文件有多少个重合点. [wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1 chr1 10 10 chr1 11 ...

  8. bedtools 用法大全

    原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个 ...

  9. Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因?

    目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个 ...

  10. Bedtools genomecov 计算覆盖度

    简单说明: 从2.28.0版开始,bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件,bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项,bedtools默 ...

随机推荐

  1. maven课程 项目管理利器-maven 3-9 maven依赖冲突 4星

    依赖相同的jar包,版本不一致,优先选择哪个版本呢? 1 路径短的优先 如A依赖B,B依赖C,C依赖commons.jar 1.0 A依赖D,D依赖commons.jar 2.0 那么优先解析2.0, ...

  2. Vue.js - Day3

    定义Vue组件 什么是组件: 组件的出现,就是为了拆分Vue实例的代码量的,能够让我们以不同的组件,来划分不同的功能模块,将来我们需要什么样的功能,就可以去调用对应的组件即可: 组件化和模块化的不同: ...

  3. 在CentOS上配置Tomcat服务脚本

    #!/bin/bash # chkconfig: - 85 15 # description: Tomcat Server basic start/shutdown script # processn ...

  4. 微信小程序电商实战-首页(上)

    嗨,大家好!经过近两周的精心准备终于开始微信小程序电商实战之路喽.那么最终会做成什么样呢?当然可以肯定不会只做一个静态demo哦,先把我们小程序电商实战的整体架构发出来晒一下,请看下图:   架构图. ...

  5. #include stdio.h(7)

    #include <stdio.h> int main() { //***********一.循环语句*************** //什么叫做循环: //重复的做某件事情,重复的执行一 ...

  6. Android Studio 创建虚拟机失败 Failed to load 解决办法

    Name: Nexus_S_API_21 CPU/ABI: ARM (armeabi) Path: H:\Users\Pavkoo\.android\avd\Nexus_S_API_21.avd Er ...

  7. sharepoint知识点总结

    { users.Add(value.User); } else { SPGroup group = web.Groups.GetByID(value.LookupId); groups.Add(gro ...

  8. centos 7(1611)安装笔记

    麻烦   前天我把双系统笔记本里的 deepin 的磁盘分区直接从 Windows 7 磁盘管理里格式化了,结果悲催了,开不了机了,显示: 我以为是 Windows 7 的引导没了,就进 PE 修复了 ...

  9. 笨办法学Python(三)

    习题 3: 数字和数学计算 每一种编程语言都包含处理数字和进行数学计算的方法.不必担心,程序员经常撒谎说他们是多么牛的数学天才,其实他们根本不是.如果他们真是数学天才,他们早就去从事数学相关的行业了, ...

  10. GL格式一览表