生命组学

密码子使用偏向性是指同义密码子使用频率不同。

影响因素：1.GC2.横向基因转移3.selection

转录偏好于多的tRNA。

同种氨基酸但有密码子使用偏向。

======================

发现密码子偏性的方法：

  1. 参考序列方法reference-based measure

CAI：从0到1，0就是偏向性最小，1就是偏向性最大。

Fop

RSCU

E(g)

问题：1.参考集定义不清楚

  1. Distribution-based measure

Nc

Nc’:bias程度max：20，min：61

CBI

卡方分析

===================

整个GC含量一致的情况下，在密码子的不同位置(3个位置)的GC含量都不同。

========================

该应用存在的问题：

没有考虑背景核酸组分

没有显著性判断

=====================

CDC=1-cos()最后通过显著性检验来看偏性是否显著。

CDC在不同物种中的分布，找到CDC最高的，发现p-value值较小的都是线粒体中的gene。

======================

未来趋势的一些案例：

将gene分为young and old

同义替换和非同义替换

将gene特性与codon usage bias相关

==============================

HK 的EIG和EVG的表达量更多，选择性更强。

15个GC-ending，第三位不是G就是C

有dnaE2的gene就是高GC 的gene，于是就发现了dnaE2。

===================================

最好做宏观分析

放在种群里面，发现陆地菌的dnaE2的含量很高，dnaE2可以作为陆地菌的标志物，有dnaE2的菌的genome size比较大。

进化假说图 ：

============================

Summary dnaE family

===============================

Pangenome：core genome+dispensable genome+strain-specific genome

reference-based measure|Distribution-based measure|密码子使用偏向性的更多相关文章

  1. register based 和 stack based虚拟机的区别

    其实其核心的差异,就是Dalvik 虚拟机架构是 register-based,与 Sun JDK 的 stack-based 不同,也就是架构上的差异.我先摘录几段网上可以找到的资料,重新整理和排版 ...

  2. Physically Based Shader Development for Unity 2017 Develop Custom Lighting Systems (Claudia Doppioslash 著)

    http://www.doppioslash.com/ https://github.com/Apress/physically-based-shader-dev-for-unity-2017 Par ...

  3. Android自定义View前传-View的三大流程-Measure

    Android自定义View前传-View的三大流程-Measure 参考 <Android开发艺术探索> https://developer.android.google.cn/refe ...

  4. Graphics-Processing Architecture Based on Approximate Rendering

    BACKGROUND The present invention generally relates to the processing of graphics data, and particula ...

  5. Android measure过程分析

    作为一名Android开发人员,我们都知道一个View从无到有,会经历3个阶段: 1. measure/测量阶段,也就是确定某个view大小的过程: 2. layout/布局阶段,也就是确定其左上右下 ...

  6. 源码分析篇 - Android绘制流程（二）measure、layout、draw流程

    performTraversals方法会经过measure.layout和draw三个流程才能将一帧View需要显示的内容绘制到屏幕上,用最简化的方式看ViewRootImpl.performTrav ...

  7. Android自己定义view之measure、layout、draw三大流程

    自己定义view之measure.layout.draw三大流程 一个view要显示出来.须要经过測量.布局和绘制这三个过程,本章就这三个流程具体探讨一下.View的三大流程具体分析起来比較复杂,本文 ...

  8. Android View measure （三） 经常用法

    ViewGroup.measureChildren() ViewGroup.measureChild() ViewGroup.measureChildWithMargins() /** * Ask o ...

  9. View的工作原理(一)——Measure

    一.认识ViewRoot和DecorView 当Activity对象被创建的时候,会将DecorView添加到Window中,同时创建ViewRootImpl对象(ViewRoot对应于ViewRoo ...

随机推荐

  1. 对上一篇Logstash的补充

    主要补充内容: 1.同步多表 2.配置的参数个别说明 3.elasticsearch的"_id"如果有相同的,那么会覆盖掉,相同"_id"的数据只会剩下最后一条 ...

  2. 官网英文版学习——RabbitMQ学习笔记（二）RabbitMQ安装

    一.安装RabbitMQ的依赖Erlang 要进行RabbitMQ学习,首先需要进行RabbitMQ服务的安装,安装我们可以根据官网指导进行http://www.rabbitmq.com/downlo ...

  3. 使用CORDIC算法求解角度正余弦及Verilog实现

    本文是用于记录在了解和学习CORDIC算法期间的收获,以供日后自己及他人参考:并且附上了使用Verilog实现CORDIC算法求解角度的正弦和余弦的代码.简单的testbench测试代码.以及在Mod ...

  4. 端口通不通 telnet wget ssh

    如何测试端口通不通(四种方法) 投稿:mrr 一般情况下使用"telnet ip port"判断端口通不通.接下来通过本文给大家分享四种方法测试端口通不通,感兴趣的朋友一起学习吧 ...

  5. css把图片方框变为圆角

    border-radius:10px; 多少就设多少像素,个人需求.

  6. C#编码习惯2

    1.一定要用大括号括住流程控制元素,如for,while,if,switch内嵌的代码,即便只包含一行代码. 2.如果语句中有else if,一定要有一个else跟着最后一个else if. 3.只要 ...

  7. javaweb历史上最简单的使用Ajax判断用户名是否被注册（不跳转页面奥！）

    关于前端: 使用jquery-3.3.1.js记得要导入奥---最后我会附加我的源码的 哎我也不多说了新手加菜鸟jquery真的不太懂!看代码吧!个别地方我会写上我对本程序的理解. 关于后台也就是se ...

  8. Elasticsearch 使用集群 - 创建索引

    章节 Elasticsearch 基本概念 Elasticsearch 安装 Elasticsearch 使用集群 Elasticsearch 健康检查 Elasticsearch 列出索引 Elas ...

  9. canvas背景粒子动态变化动画

    var canvas = document.getElementById("cas"); var ctx = canvas.getContext("2d"); ...

  10. Java算法练习——正则表达式匹配

    题目链接 题目描述 给你一个字符串 s 和一个字符规律 p,请你来实现一个支持 '.' 和 '*' 的正则表达式匹配. '.' 匹配任意单个字符 '*' 匹配零个或多个前面的那一个元素 所谓匹配,是要 ...