ML树构建简明教程

数据准备

Teamviewer登录实验室服务器，访问http://172.17.128.86:8501/CleanData，按照页面对应的格式要求分别从NCBI和GISAID数据库下载数据，拖拽到对应的位置，点击GO即可。

Gisaid

DNA Accession no.|DNA INSDC|Isolate name|Collection date|Segment

NCBI

Format：>{accession}|{strain}|{year}-{month}-{day}|{segname}|{country}|{host}

数据清洗

根据生成的meatadata表格，按照自己的标准进行数据过滤，只保留相对高质量的数据集。

序列比对

复制表格的最后一列，为只含登录号的Fasta格式序列。新建文本文件，命名为xx.fas，把最后一列粘贴进去，需要替换掉excel自带的"。

打开Bioaider的Mafft

比对后的文件用Mega等软件裁剪，只保留CDS区。

去重

打开Bioaider的Remove High-Similar Sequence功能

Modelfinder选择合适的模型

启动Phylosuite中的ModelFinder

配置Modelfinder运行参数

获得数据最适合的替换模型

IQ-Tree建树