Failed to open .vcf.gz: could not load index
这类报错在我使用bcftools index file.vcf.gz进行index出现的。
解决办法是换用tabix进行index,命令为tabix -p vcf file.vcf.gz。
用tabix就可以成功解决。
Failed to open .vcf.gz: could not load index的更多相关文章
- react-native 运行提示红屏 error: bundling failed: ambiguous resolution: module `/User/xxx/Project/ico/index.js` tries to require `react-native`, but there are several files providing this module. You can de
运行 react-native start 报错 执行这2个进行清除缓存问题 yarn start -- --reset-cache npm start -- --reset-cache
- react中报错Failed to set an indexed property on 'CSSStyleDeclaration': Index property setter is not supported
产生这个报错的原因是我当时将样式写到了less文件,我在div中使用的使用应该是使用className = ,而我误写了一个style = .style里面当然没有自定义的className,所以产生 ...
- jbrowse 的配置与使用gff, vcf, fa, bed, bam
1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed a ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置
最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依 ...
- pysam - 多种格式基因组数据(sam/bam/vcf/bcf/cram/…)读写与处理模块(python)
在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此 ...
- Fielddata is disabled on text fields by default. Set fielddata=true on [gender] in order to load fielddata in memory by uninverting the inverted index. Note that this can however use significant memor
ES进行如下聚合操作时,会报如题所示错误: ➜ Downloads curl -XPOST 'localhost:9200/bank/_search?pretty' -d ' { "size ...
- 使用bedtools提取vcf多个位置的变异(extract multi-region of genotypes by bedtools)
1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0, ...
- bcftools合并vcf文件
见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.ne ...
随机推荐
- Spring Boot 2.0 整合携程Apollo配置中心
原文:https://www.jianshu.com/p/23d695af7e80 Apollo(阿波罗)是携程框架部门研发的分布式配置中心,能够集中化管理应用不同环境.不同集群的配置,配置修改后能够 ...
- PAT 乙级 1010.一元多项式求导 C++/Java
设计函数求一元多项式的导数.(注:xn(n为整数)的一阶导数为nxn−1.) 输入格式: 以指数递降方式输入多项式非零项系数和指数(绝对值均为不超过 1000 的整数).数字间以空格分隔. ...
- 【比赛游记】NOI2019打铁记
上接 NOIWC2019冬眠记.(THUPC,CTS,APIO)2019四连爆蛋记 和 THUSC2019酱油记. Day0.5 笔试 AK 是容易的. 国家队选手见面会太好玩了啊! Day1 Day ...
- thrift rpc通信
thrift rpc通信 框架 别人的简历: 负责抓取程序的开发和维护,对抓取内容进行数据提取.整理.1.定向数据抓取程序的维护和开发,了解了Sqlite数据库.Thrift服务和多线程的开发调试.2 ...
- 项目Beta冲刺(团队) ——随笔集合
课程名称:软件工程1916|W(福州大学) 作业要求:项目β冲刺(团队) 团队名称:葫芦娃队 作业目标:汇总这次冲刺项目的所有随笔文件. 队员学号 队员昵称 博客地址 041602421 der hi ...
- What is the difference between Reactjs and Rxjs?--React is the V (View) in MVC (Model/View/Controller).
This is really different, React is view library; and Rxjs is reactive programming library for javasc ...
- Common Substrings POJ - 3415 (后缀自动机)
Common Substrings \[ Time Limit: 5000 ms\quad Memory Limit: 65536 kB \] 题意 给出两个字符串,要求两个字符串公共子串长度不小于 ...
- 04_配置交换机Telnet服务(数通华为)
1. 网络拓扑: 2. SW1配置:2.1 配置为Access口,vlan 10:[SW1]vlan 10[SW1-GigabitEthernet0/0/1]port link-type access ...
- s3-sftp-proxy goreleaser rpm &&deb 包制作
上次写过简单的s3-sftp-proxy基于容器构建以及使用goreleaser构建跨平台二进制文件的,下边演示下关于 rpm&&deb 包的制作,我们只需要简单的配置就可以生成方便安 ...
- 洛谷 P1099 树网的核+P2491 [SDOI2011]消防
写在前面:由于是双倍经验就放一块了,虽然数据范围差的有点大. 题目链接 题意:在树的直径上选择一条长度不超过s的路径使这条路径上的点到树上任意点的最大距离最小. 这题数据好像非常水,我写了上界n^2不 ...