Failed to open .vcf.gz: could not load index
这类报错在我使用bcftools index file.vcf.gz进行index出现的。
解决办法是换用tabix进行index,命令为tabix -p vcf file.vcf.gz。
用tabix就可以成功解决。
Failed to open .vcf.gz: could not load index的更多相关文章
- react-native 运行提示红屏 error: bundling failed: ambiguous resolution: module `/User/xxx/Project/ico/index.js` tries to require `react-native`, but there are several files providing this module. You can de
运行 react-native start 报错 执行这2个进行清除缓存问题 yarn start -- --reset-cache npm start -- --reset-cache
- react中报错Failed to set an indexed property on 'CSSStyleDeclaration': Index property setter is not supported
产生这个报错的原因是我当时将样式写到了less文件,我在div中使用的使用应该是使用className = ,而我误写了一个style = .style里面当然没有自定义的className,所以产生 ...
- jbrowse 的配置与使用gff, vcf, fa, bed, bam
1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed a ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置
最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依 ...
- pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python）
在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此 ...
- Fielddata is disabled on text fields by default. Set fielddata=true on [gender] in order to load fielddata in memory by uninverting the inverted index. Note that this can however use significant memor
ES进行如下聚合操作时,会报如题所示错误: ➜ Downloads curl -XPOST 'localhost:9200/bank/_search?pretty' -d ' { "size ...
- 使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）
1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0, ...
- bcftools合并vcf文件
见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.ne ...
随机推荐
- mysql分析sql语句基础工具 -- explain
分析sql语句 explain explain (sql语句) G; 分析结果: id sql语句编号如果是连接查询,表之间是平等关系,编号相同:如果有子查询,编号递增. select——type 查 ...
- X509Certificate 类
地址:https://docs.microsoft.com/zh-cn/dotnet/api/system.security.cryptography.x509certificates.x509cer ...
- matplotlib--基本setting
一.创建自定义图像 figure figure(num=None, figsize=None, dpi=None, facecolor=None, edgecolor=None, frameon=Tr ...
- 使用ArcGIS for Server的Feature Access REST在线编辑图层
如何启用Feature Access可以参考以前写的一篇博客:http://www.cnblogs.com/oceanking/p/3895257.html 本文主要关注一个全是点的图层,我也不知道学 ...
- python应用-工资计算
""" 工资计算 Author:罗万财 Date:2017-6-8 """ salary=float(input('请输入工资:')) in ...
- 20180527模拟赛T1——新田忌赛马
[问题描述] (注:此题为d2t2-难度) 田忌又在跟大王van赛马的游戏 田忌与大王一共有2n匹马,每个马都有一个能力值x,1<=x<=2n且每匹马的x互不相同.每次田忌与大王放出一匹马 ...
- 【Centos】桌面安装（转）
链接:https://www.bnxb.com/linuxserver/27457.html 正常我们在使用CENTOS时候都是不会去用到它的GUI桌面系统,都是用最基础的命令行形式,这样会比较节省服 ...
- Synchronized性质
Synchronized可重入性质 * 什么是可重入:指的是同一线程的外层函数获得锁之后,内层函数可以直接再次获取该锁,而不是释放当前的锁去重新获取一个锁,这是它的一个优点 * 好处:避免死锁,提升封 ...
- tomcat catalina
脚本catalina用于启动和关闭tomcat服务器,是最关键的脚本 在tomcat里有此文件 写这个脚本的人为什么命名为catalina一开始我还以为是其初恋女友,后来才知道原来是一个小岛的名字.
- Codeforces Round #603 (Div. 2) B. PIN Codes
链接: https://codeforces.com/contest/1263/problem/B 题意: A PIN code is a string that consists of exactl ...