awk '/^>/ {printf("\n%s\t",$0);next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < assembly.fasta | egrep -v '^$' | tr "\t" "\n" | awk '!/^>/ { next } { getline seq } length(seq) > 200 { print $0 "\n" seq }' > assembly.fas

awk 筛选特定长度的序列的更多相关文章

  1. 【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列

    输入 input.txt ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC ATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCG ...

  2. strncmp函数——比较特定长度的字符串

    strncmp函数用于比较特定长度的字符串. 头文件:string.h. 语法  int strncmp(const char *string1, const char *string2, size_ ...

  3. halcon算子之tuple_gen_const，用于生成特定长度的元组并且初始化其元素

    原文地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_d38f8be50102wczk.html 函数原型: tuple_gen_const(: : Length, Const : ...

  4. Shell面试题8：筛选符合长度的单词案例

    企业Shell面试题8:筛选符合长度的单词案例 利用bash for循环打印下面这句话中字母数不大于6的单词(某企业面试真题). I am oldboy teacher welcome to oldb ...

  5. Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录

    Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录 2012-07-20 10:48 257人阅读 评论(0) 收藏 举报 path usi ...

  6. awk 查找文件长度 删除

    #在某个目录下,由于有些是缓存文件,它们的共同点就是长度大于3, 找到它们,然后用rm 命令删除#ls abc.pyabcd.py.... #ls | awk 'length($1) > 3 { ...

  7. 精通awk系列(10)：awk筛选行和处理字段的示例

    回到: Linux系列文章 Shell系列文章 Awk系列文章 awk数据筛选示例 筛选行 # 1.根据行号筛选 awk 'NR==2' a.txt # 筛选出第二行 awk 'NR>=2' a ...

  8. pandas_读取Excel并筛选特定数据

    # C:\Users\lenovo\Desktop\总结\Python # 读取 Excel 文件并进行筛选 import pandas as pd # 设置列对齐 pd.set_option(&qu ...

  9. Python-求序列长度和序列长度协议-len() __len__

    len() 求序列的长度 print(len("beimenchuixue")) print(len([1, 2, 3])) __len__ 对象中实现这个方法,则 len() 方 ...

随机推荐

  1. mvc5权限管理（简单登录）:ActionFilterAttribute

    效果图: 1.控制器 public ActionResult Index() { return View(); } [HttpPost] public ActionResult Index(User ...

  2. memcache分布式 [一致性hash算法] 的php实现

    最近在看一些分布式方面的文章,所以就用php实现一致性hash来练练手,以前一般用的是最原始的hash取模做分布式,当生产过程中添加或删除一台memcache都会造成数据的全部失效,一致性hash就是 ...

  3. 产品经理技能之MRD的笔记之一

    原文:http://www.woshipm.com/pmd/131946.html/comment-page-1 产品经理技能之MRD 一.MRD与BRD的不同之处 BRD:这么做有什么好处,并说明好 ...

  4. codevs 1227 方格取数 2

    Description 给出一个n*n的矩阵,每一格有一个非负整数Aij,(Aij <= 1000)现在从(1,1)出发,可以往右或者往下走,最后到达(n,n),每达到一格,把该格子的数取出来, ...

  5. hadoop家族之pig入门

    昨天成功运行第一个在hadoop集群上面的python版本的wordcount,今天白天继续看网上提供的文档.下午上头给定的回复是把hadoop家族都熟悉一下,那就恭敬不如从命,开始学习pig吧- 这 ...

  6. MVC5 + EF6 + Bootstrap3 (15) 应用ModelState和Data Annotation做服务器端数据验证

    Slark.NET-博客园 http://www.cnblogs.com/slark/p/mvc5-ef6-bs3-get-started-server-side-validation.html 系列 ...

  7. docker 镜像导入导出

    导出(Export) Export命令用于持久化容器(不是镜像).所以,我们就需要通过以下方法得到容器ID: sudo docker ps -a 接着执行导出: sudo docker export ...

  8. 关于viewpager 里嵌套 listview 同时实现翻页功能的“java.lang.IllegalStateException: The specified child..."异常处理

    这几天做项目用到了ViewPager,因为它可以实现左右划动多个页面的效果,然后 再每个页面里使用ListView,运行时总是出现”PagerAdapter java.lang.IllegalStat ...

  9. Webwork 学习之路【02】前端OGNL试练

    1.OGNL 出现的意义 在mvc中,数据是在各个层次之间进行流转是一个不争的事实.而这种流转,也就会面临一些困境,这些困境,是由于数据在不同世界中的表现形式不同而造成的: a. 数据在页面上是一个扁 ...

  10. 端口被占用的解决方案 sql server 10048 错误

    一大早发现sql server服务无法启动,10048错误,一查是端口占用. 先找到哪个进程,结束即可. cmd命令, netstat /ano|findset "1433" 出现 ...