awk '/^>/ {printf("\n%s\t",$0);next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < assembly.fasta | egrep -v '^$' | tr "\t" "\n" | awk '!/^>/ { next } { getline seq } length(seq) > 200 { print $0 "\n" seq }' > assembly.fas

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