尹师妹:“哈师兄,做验证实验好辛苦,老板让我提高筛选差异基因的条件,尽量降低假阳性,我该怎么筛?”

小哈打开Evernote,给尹师妹看张表:

“瞧见那个100%了吗?30 million mapped reads的情况下,10次重复,2倍筛选条件,Statistical power100%,找出来的都是真的应答基因;只做3次重复,2倍筛选条件,可以达到87%;

如果测序深度降到15 million mapped reads,需要10次重复,才能到85%。”

尹师妹:“我的样品有30 M mapped reads,3次重复,我用2倍,87%的Statistical power,我觉得这样可以接受。”

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8

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