尹师妹:“哈师兄,做验证实验好辛苦,老板让我提高筛选差异基因的条件,尽量降低假阳性,我该怎么筛?”

小哈打开Evernote,给尹师妹看张表:

“瞧见那个100%了吗?30 million mapped reads的情况下,10次重复,2倍筛选条件,Statistical power100%,找出来的都是真的应答基因;只做3次重复,2倍筛选条件,可以达到87%;

如果测序深度降到15 million mapped reads,需要10次重复,才能到85%。”

尹师妹:“我的样品有30 M mapped reads,3次重复,我用2倍,87%的Statistical power,我觉得这样可以接受。”

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8

查看《生信小硕乱入生物实验室的幸福生活》系列其他文章,请关注嘉因生物,回复小哈+文章编号,例如回复“小哈1”。

小哈1. 哈师弟的博士研究僧之旅开篇

小哈2. 怎样批量查看lncRNA跟疾病的关系

小哈3. 如何避免批次效应导致的结果不可靠

小哈4. 缺了对照会怎样

小哈5. 家族遗传病如何设计测序实验

小哈6. 遗传病的显隐性、伴性遗传的判断

小哈7. Jane帮你选期刊,选审稿人

小哈8. 用Gnosis直接按影响因子检索paper

小哈9. 组蛋白修饰预示着什么?

小哈10. 药物处理多久后能看到组蛋白修饰的变化?

小哈11. lncRNA上的SNP对其作用机制的影响

小哈12. 需要测多少数据量?read数和G的换算

小哈13. RT-qPCR验证,选哪个lncRNA的哪段设计引物?

小哈14. 研究单个基因的生物信息学分析工具(大全)

小哈15. miRNA的RT-qPCR验证,小伙伴儿亲测,高效,便宜,不限物种(附各试剂货号)

小哈16. RNA-seq要做几次生物学重复?找出来的100%都是真正的应答基因

RNA-seq要做几次生物学重复?找出来的100%都是真正的应答基因的更多相关文章

  1. 无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates

    无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biologic ...

  2. RNA seq 两种计算基因表达量方法

    两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比 ...

  3. RNA -seq

    RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同 ...

  4. RNA剪接体 Spliceosome | 冷冻电镜 | 结构生物学

    冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We ...

  5. python小脚本(18-11.10)-修改excle后批量生成,作用:导入数据时,系统做了不能导入重复数据时的限制时使用 -本来是小白,大神勿扰

    from testcase.test_mokuai.operation_excle import OperationExcleimport shutil class test_daoru(): #一个 ...

  6. RNA-seq 生物学重复相关性验证

    根据拿到的表达矩阵设为exprSet 1.用scale 进行标准化 数据中心化:数据集中的各个数字减去数据集的均值 数据标准化:中心化之后的数据在除以数据集的标准差. 在R中利用scale方法来对数据 ...

  7. 转行做开发的Wiki:找好方向

    案 我是一个从建筑行业转行过来的后端工程师,转行来写代码了.最近发现经常有同学和网上的朋友问我一些转行的问题,零零散散地回答莫不如写一篇文章,以后回答此类问题就方便多了. 我的专业是给排水,属于非常传 ...

  8. Web测试要点 做移动端的测试,也做web端的测试,甚至后面桌面端的测试和后台的测试也做了,基本上把我们产品各个端都玩了一轮

    Web测试要点 一.功能测试 1.链接测试 (1).测试所有链接是否按指示的那样确实链接到了该链接的页面:  (2).测试所链接的页面是否存在:  (3).保证Web应用系统上没有孤立的页面(所谓孤立 ...

  9. 【转帖】Python 重复造轮子/造轮子找模子,你都应该熟读该文

    Chardet,字符编码探测器,可以自动检测文本.网页.xml的编码. colorama,主要用来给文本添加各种颜色,并且非常简单易用. Prettytable,主要用于在终端或浏览器端构建格式化的输 ...

随机推荐

  1. display属性详解

    内容: 1.display介绍 2.display分类 3.块级标签和内联标签 4.inline-block应用 1.display介绍 display:display属性设置元素如何被显示 2.di ...

  2. testng报告发邮件后css样式缺失问题

    问题:用reportng把代替testng报告后,邮件中不显示html样式 解决方案:把依赖的文件,加到邮件附件 Jenkins发邮件的时候,把依赖文件作为附件发送. 结果看到样式了:

  3. head 标签

    1.<meta - > <meta charset="UTF-8"> #utf-8字符编码 <meta http-equiv="Refres ...

  4. AS3 - 数组元素乱序方法以及效率比较

    http://www.hangge.com/blog/cache/detail_453.html

  5. 数学公式 AS3应用

    普通做法: var pA:Point=new Point(100,100); var pB:Point=new Point(300,200); var dx:Number=pA.x-pB.x; var ...

  6. 趣味编程:CPS风格代码(C#,F#版)

    CPS风格代码(C#版) using System; namespace fp { class CPS { static int add(int x, int y) => x + y; stat ...

  7. 复习:使用HTML编写简单程序

    今天我试着用HTML编写了九九乘法表 代码如下 浏览器显示如下 2.输出静夜思 代码如下 2.浏览器显示

  8. 关于struts.xml配置文件的说明

    <struts> <!-- action: 对应controller 中的类的 name: 匹配url要访问的类 class:包名+类名 通过反射产生对象 method:指定默认访问 ...

  9. 数据类型-DataFrame

    数据类型-DataFrame DataFrame是由多个Series数据列组成的表格数据类型,每行Series值都增加了一个共用的索引 既有行索引,又有列索引 行索引,表明不同行,横向索引,叫inde ...

  10. SQL数据库简单的建立与操作

    数据类型 符号标志 整数型 bigint,int,smallint,mediumint,tinyint 精确数值型 decimal,numeric 浮点型 float,real,double 位型 b ...