尹师妹：“哈师兄，做验证实验好辛苦，老板让我提高筛选差异基因的条件，尽量降低假阳性，我该怎么筛？”

小哈打开Evernote，给尹师妹看张表：

“瞧见那个100%了吗？30 million mapped reads的情况下，10次重复，2倍筛选条件，Statistical power100%，找出来的都是真的应答基因；只做3次重复，2倍筛选条件，可以达到87%；

如果测序深度降到15 million mapped reads，需要10次重复，才能到85%。”

尹师妹：“我的样品有30 M mapped reads，3次重复，我用2倍，87%的Statistical power，我觉得这样可以接受。”

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8

查看《生信小硕乱入生物实验室的幸福生活》系列其他文章，请关注嘉因生物，回复小哈+文章编号，例如回复“小哈1”。

小哈1. 哈师弟的博士研究僧之旅开篇

小哈2. 怎样批量查看lncRNA跟疾病的关系

小哈3. 如何避免批次效应导致的结果不可靠

小哈4. 缺了对照会怎样

小哈5. 家族遗传病如何设计测序实验

小哈6. 遗传病的显隐性、伴性遗传的判断

小哈7. Jane帮你选期刊，选审稿人

小哈8. 用Gnosis直接按影响因子检索paper

小哈9. 组蛋白修饰预示着什么？

小哈10. 药物处理多久后能看到组蛋白修饰的变化？

小哈11. lncRNA上的SNP对其作用机制的影响

小哈12. 需要测多少数据量？read数和G的换算

小哈13. RT-qPCR验证，选哪个lncRNA的哪段设计引物？

小哈14. 研究单个基因的生物信息学分析工具（大全）

小哈15. miRNA的RT-qPCR验证，小伙伴儿亲测，高效，便宜，不限物种（附各试剂货号）

小哈16. RNA-seq要做几次生物学重复？找出来的100%都是真正的应答基因

RNA-seq要做几次生物学重复？找出来的100%都是真正的应答基因的更多相关文章

  1. 无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates

    无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biologic ...

  2. RNA seq 两种计算基因表达量方法

    两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比 ...

  3. RNA -seq

    RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同 ...

  4. RNA剪接体 Spliceosome | 冷冻电镜 | 结构生物学

    冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We ...

  5. python小脚本（18-11.10）-修改excle后批量生成，作用：导入数据时，系统做了不能导入重复数据时的限制时使用 -本来是小白，大神勿扰

    from testcase.test_mokuai.operation_excle import OperationExcleimport shutil class test_daoru(): #一个 ...

  6. RNA-seq 生物学重复相关性验证

    根据拿到的表达矩阵设为exprSet 1.用scale 进行标准化 数据中心化:数据集中的各个数字减去数据集的均值 数据标准化:中心化之后的数据在除以数据集的标准差. 在R中利用scale方法来对数据 ...

  7. 转行做开发的Wiki：找好方向

    案 我是一个从建筑行业转行过来的后端工程师,转行来写代码了.最近发现经常有同学和网上的朋友问我一些转行的问题,零零散散地回答莫不如写一篇文章,以后回答此类问题就方便多了. 我的专业是给排水,属于非常传 ...

  8. Web测试要点 做移动端的测试，也做web端的测试，甚至后面桌面端的测试和后台的测试也做了，基本上把我们产品各个端都玩了一轮

    Web测试要点 一.功能测试 1.链接测试 (1).测试所有链接是否按指示的那样确实链接到了该链接的页面:  (2).测试所链接的页面是否存在:  (3).保证Web应用系统上没有孤立的页面(所谓孤立 ...

  9. 【转帖】Python 重复造轮子/造轮子找模子，你都应该熟读该文

    Chardet,字符编码探测器,可以自动检测文本.网页.xml的编码. colorama,主要用来给文本添加各种颜色,并且非常简单易用. Prettytable,主要用于在终端或浏览器端构建格式化的输 ...

随机推荐

  1. Bogart BogartAutoCode.vb

    Imports System.Data.SqlClient Imports System.Data Public Class BogartAutoCodeDataBase Private Conn A ...

  2. 生存分析与R

    生存分析与R 2018年05月19日 19:55:06 走在码农路上的医学狗 阅读数:4399更多 个人分类: R语言   版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blo ...

  3. shell for的使用

    好久没写shell了,花了半个小时才写对,不常用果然不够熟悉,以后还是得每天花半个小时写写shell #!/bin/sh #set -x p="/" cd $p echo $(pw ...

  4. Zabbix监控系统端口

    参考网站: https://www.cnblogs.com/nulige/p/7072019.html

  5. redis该怎么用

    最近一些人在介绍方案时,经常会出现redis这个词,于是很多小伙伴百度完redis也就觉得它是一个缓存,然后项目里面把数据丢进去完事,甚至有例如将实体属性拆分塞进redis hash里面的奇怪用法等等 ...

  6. eclipse启动tomcat无法访问的解决方法

    转自:https://www.cnblogs.com/longshiyVip/p/4637680.html 问题:: tomcat在eclipse里面能正常启动,但在浏览器中访问http://loca ...

  7. 一个取消事件的简单js例子(事件冒泡与取消默认行为)

    先上代码: <div id='outer' onclick='alert("我是outer")'> <div id="middle" oncl ...

  8. dp-最长公共子序列

    最长公共子序列(NYOJ36) 时间限制:3000 ms  |  内存限制:65535 KB 难度:3   描述 咱们就不拐弯抹角了,如题,需要你做的就是写一个程序,得出最长公共子序列.tip:最长公 ...

  9. electron 截图为空

    https://github.com/electron/electron/issues/2610

  10. Baidu URL的部分参数

    [Baidu URL的部分参数] 1.Baidu Form表单如下: 2.部分参数解析 wd  查询关键字,就是你要搜索的内容. bs 上一次搜索的词或者内容: rn  搜索结果页每页显示的数目,默认 ...