RPKM FPKM TPM RSEM
RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数
FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM
TPM:
RSEM
TCGA数据库中的RNA-seq数据
RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章
- TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?
TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...
- 对FPKM/RPKM以及TPM的理解
对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...
- A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...
- FPKM\RPKM\TPM学习[转载]
转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...
- 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...
- Bulk RNA-Seq转录组学习
与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...
- 39、count_rpkm_fpkm_TPM
参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...
- SUPPA 可变剪切分析
SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...
- 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明
在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...
随机推荐
- 图解微信小程序---获取电影信息
图解微信小程序---获取电影信息 代码笔记 第一步:编写js文件,调用api获取相对应电影详情信息(注意带入的参数是id不在是榜单的type,电影api的movie后面又斜杠,别忘了,对应的绑定数据的 ...
- 【华为云实战开发】8.如何快速搭建C#网站并实现持续集成?【华为云技术分享】
1 概述 1.1 文章目的 本文通过一个实例介绍如何使用软件开发服务DevCloud完成一个C#Web项目的开发. 1.2 项目详情 1. 项目名称:超级冷笑话网站 2. 项目简介:一个Web网站,包 ...
- .NetCore打包docker镜像
1..NetCore 项目打包成Docker 镜像 1.1创建一个.NetCore web项目 项目名为 testmvc 此处用的是.NetCore2.1版本 1.2并且在program里面设置 ...
- Postgresql中无则插入的使用方法INSERT INTO WHERE NOT EXISTS
一.问题 Postgresql中无则插入的使用方法INSERT INTO WHERE NOT EXISTS,用法请参考样例. 二.解决方案 (1)PostgresSQL INSERT INTO tes ...
- Windows 10 蓝牙管理页面"添加蓝牙或其他设备"选项点击无响应的解决方案
解决方案1(简单,但不解决根本问题): 通过"控制面板→设备和打印机→添加设备"进行添加. 解决方案2: 造成这种现象的原因应该是因为启用了 Administrator 账户,在其 ...
- Python的变量命名规则
1.只能用大小写字母与“_”(下划线) 2.数字不能用在开头,如:12tea 3.不能使用空格 4.C语言的变量命名规则如上相同
- 监控微信小程序wx.request请求失败
在微信小程序里,与后台服务器交互的主要接口函数是wx.request(),用于发起 HTTPS 网络请求.其重要性不言而喻.然而,却经常遇到请求失败的问题,笔者特意谷歌"wx.request ...
- C# Net 比较2个字符串的相似度(使用余弦相似度)
C# Net 比较2个字符串的相似度(使用余弦相似度) 复制代码使用: /// <summary> /// 比较2个字符串的相似度(使用余弦相似度) /// </summary> ...
- MySQL查询优化一例——也说说 Using intersect
生产上面有一条sql查询很慢,需要7到8秒左右,简化之后的sql如下所示: SELECT mingxi.* FROM ( SELECT btjc01.id, department.`name` AS ...
- json序列化时间日期数据注意
通过json序列化时间日期格式数据的时候需要注意,不能直接序列化,我写了一个类,可以借用 import json from datetime import datetime,date a = {'na ...