RPKM FPKM TPM RSEM
RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数
FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM
TPM:
RSEM
TCGA数据库中的RNA-seq数据
RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章
- TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?
TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...
- 对FPKM/RPKM以及TPM的理解
对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...
- A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...
- FPKM\RPKM\TPM学习[转载]
转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...
- 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...
- Bulk RNA-Seq转录组学习
与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...
- 39、count_rpkm_fpkm_TPM
参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...
- SUPPA 可变剪切分析
SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...
- 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明
在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...
随机推荐
- Mysql load data infile 命令导入含中文csv源数据文件 【错误代码 1300】
[1]Load data infile 命令导入含中文csv源数据文件 报错:Invalid utf8 character string: '??֧' (1)问题现象 csv格式文件源数据: 导入SQ ...
- 补习系列(12)-springboot 与邮件发送【华为云技术分享】
目录 一.邮件协议 关于数据传输 二.SpringBoot 与邮件 A. 添加依赖 B. 配置文件 C. 发送文本邮件 D.发送附件 E. 发送Html邮件 三.CID与图片 参考文档 一.邮件协议 ...
- EF Core中的DB First与Code First
前言: 大家都习惯在程序中生成对应的model来对数据库进行操作,所以如何快速的生成数据库表的对应model,是基础之一.总结了一下在我的认知中大概是这个结构: Db first方式: 先创建好对应的 ...
- Kubernetes中的Volume介绍
Kubernetes中支持的所有磁盘挂载卷简介发表于 2018年1月26日 Weihai Feb 10,2016 7400 字 | 阅读需要 15 分钟 容器磁盘上的文件的生命周期是短暂的,这就使得在 ...
- ubuntu 18.04安装qq等应用
deepin-wine 关于deepin-wine的安装参考https://github.com/wszqkzqk/deepin-wine-ubuntu 安装qq后中文乱码的解决方案 1. 安装中文支 ...
- php 读取excel 时间列
用PHP做一个导入excel功能,发现读取excel时间列的时候总是数据不对,去网上查找了这个函数,转换了一下就好了,真尼玛迷茫了,什么情况,先记录一下,以后再研究吧. 函数如下: function ...
- ES6 数组的拓展(五)
一.扩展运算符(...)将数组转化为以,分割的字符串eg: console.log(...[1,2,3,4]); //1 2 3 4 将字符串转化为数组eg: console.log([...'hel ...
- 实验吧——忘记密码了(vim备份文件,临时文件(交换文件))
题目地址:http://ctf5.shiyanbar.com/10/upload/step1.php 前些天突然发现个游戏,于是浪费了好多时间,终于还是忍住了,现在专心学习,从今天开始正式写些学习笔记 ...
- kali2.0升级
1.登录kali2.0系统 2 2.修改软件源APT-sources.list vim /etc/apt/sources.list 3 可以删除该文件中的所有内容,也可以直接在文前添加新的APT源. ...
- LabWindows/CVI第一章:基本规则
一. #include<stdio.h> //头文件,#号是预处理指令,standard input output header的缩写. void main() ...