RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数

FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM

TPM:

RSEM

TCGA数据库中的RNA-seq数据

RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章

  1. TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

    TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...

  2. 对FPKM/RPKM以及TPM的理解

    对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

  3. A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南

    A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...

  4. FPKM\RPKM\TPM学习[转载]

    转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...

  5. 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析

    仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...

  6. Bulk RNA-Seq转录组学习

    与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...

  7. 39、count_rpkm_fpkm_TPM

    参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...

  8. SUPPA 可变剪切分析

      SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...

  9. 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明

    在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...

随机推荐

  1. Java并发专栏(一)—— Process vs Thread

    一.前言 程序是代码和数据的集合,是一种静态实体.不具有代码执行和数据处理的能力,更多是一种行为的描述. 如果将程序和处理器结合,处理器将程序加载至内存,然后执行程序代码处理数据.这时就是可执行的程序 ...

  2. .net core+topshelf+quartz创建windows定时任务服务

    .net core+topshelf+quartz创建windows定时任务服务 准备工作 创建.net core 控制台应用程序,这里不做过多介绍 添加TopShelf包:TopShelf: 添加Q ...

  3. windows 10 配置Java 环境变量(5步骤)

    前提:1.windows 10 系统(不是win8,也不是win7)2.安装JDK步骤 1. 打开 环境变量窗口右键 This PC(此电脑) -> Properties(属性) -> A ...

  4. 写给自己的 SOA 和 RPC 理解

    1.SOA SOA(Service-Oriented Architecture)面向服务架构,将应用程序不同功能单元(称为服务)进行拆分,并通过这些服务之间定义良好的接口和契约联系起来. SOA 不是 ...

  5. idea 忽略提交文件

    https://blog.csdn.net/wangjun5159/article/details/74932433 https://blog.csdn.net/m0_38001814/article ...

  6. 206--Reverse A Singly Linked List

    package LinedList; public class ReverseASinglyLinkedList { //解法一:迭代. public ListNode reverseList(Lis ...

  7. eclipse 离线安装activiti

    1. 下载activiti离线安装包, activiti-designer-1.8.zip 2. 将上图4个jar包放在eclipse的features文件夹中 3. 打开eclipse-->H ...

  8. ARM64编译工具链下载

    下面是自制的用于编译ARMv8指令的交叉编译工具链: 1.运行在PC上,支持SVE指令,不支持SVE ACLE,版本GCC9.2 https://pan.baidu.com/s/1_NnwajWCel ...

  9. 爱奇艺 登录 加密字段 passwd 破解

    这是一个rsa加密,并且每次加密候的数据固定不变. 第一步:查看加密字段 第二步:搜索加密参数 第三步:打断点调试 1 2 3. 第四部:js调试工具调试 第五步:源码 function c(a) { ...

  10. 安装elasticsearch+kibana+searchguard

    ---------------------------------安装es的search-guard-------------------------------------------------- ...