RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数

FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM

TPM:

RSEM

TCGA数据库中的RNA-seq数据

RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章

  1. TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

    TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...

  2. 对FPKM/RPKM以及TPM的理解

    对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

  3. A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南

    A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...

  4. FPKM\RPKM\TPM学习[转载]

    转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...

  5. 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析

    仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...

  6. Bulk RNA-Seq转录组学习

    与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...

  7. 39、count_rpkm_fpkm_TPM

    参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...

  8. SUPPA 可变剪切分析

      SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...

  9. 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明

    在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...

随机推荐

  1. 图解微信小程序---获取电影信息

    图解微信小程序---获取电影信息 代码笔记 第一步:编写js文件,调用api获取相对应电影详情信息(注意带入的参数是id不在是榜单的type,电影api的movie后面又斜杠,别忘了,对应的绑定数据的 ...

  2. 【华为云实战开发】8.如何快速搭建C#网站并实现持续集成?【华为云技术分享】

    1 概述 1.1 文章目的 本文通过一个实例介绍如何使用软件开发服务DevCloud完成一个C#Web项目的开发. 1.2 项目详情 1. 项目名称:超级冷笑话网站 2. 项目简介:一个Web网站,包 ...

  3. .NetCore打包docker镜像

    1..NetCore 项目打包成Docker 镜像 1.1创建一个.NetCore web项目 项目名为   testmvc  此处用的是.NetCore2.1版本 1.2并且在program里面设置 ...

  4. Postgresql中无则插入的使用方法INSERT INTO WHERE NOT EXISTS

    一.问题 Postgresql中无则插入的使用方法INSERT INTO WHERE NOT EXISTS,用法请参考样例. 二.解决方案 (1)PostgresSQL INSERT INTO tes ...

  5. Windows 10 蓝牙管理页面"添加蓝牙或其他设备"选项点击无响应的解决方案

    解决方案1(简单,但不解决根本问题): 通过"控制面板→设备和打印机→添加设备"进行添加. 解决方案2: 造成这种现象的原因应该是因为启用了 Administrator 账户,在其 ...

  6. Python的变量命名规则

    1.只能用大小写字母与“_”(下划线) 2.数字不能用在开头,如:12tea 3.不能使用空格 4.C语言的变量命名规则如上相同

  7. 监控微信小程序wx.request请求失败

    在微信小程序里,与后台服务器交互的主要接口函数是wx.request(),用于发起 HTTPS 网络请求.其重要性不言而喻.然而,却经常遇到请求失败的问题,笔者特意谷歌"wx.request ...

  8. C# Net 比较2个字符串的相似度(使用余弦相似度)

    C# Net 比较2个字符串的相似度(使用余弦相似度) 复制代码使用: /// <summary> /// 比较2个字符串的相似度(使用余弦相似度) /// </summary> ...

  9. MySQL查询优化一例——也说说 Using intersect

    生产上面有一条sql查询很慢,需要7到8秒左右,简化之后的sql如下所示: SELECT mingxi.* FROM ( SELECT btjc01.id, department.`name` AS ...

  10. json序列化时间日期数据注意

    通过json序列化时间日期格式数据的时候需要注意,不能直接序列化,我写了一个类,可以借用 import json from datetime import datetime,date a = {'na ...