RPKM FPKM TPM RSEM
RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数
FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM
TPM:
RSEM
TCGA数据库中的RNA-seq数据
RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章
- TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?
TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...
- 对FPKM/RPKM以及TPM的理解
对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...
- A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...
- FPKM\RPKM\TPM学习[转载]
转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...
- 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...
- Bulk RNA-Seq转录组学习
与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...
- 39、count_rpkm_fpkm_TPM
参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...
- SUPPA 可变剪切分析
SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...
- 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明
在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...
随机推荐
- Spring Boot 中 10 行代码构建 RESTful 风格应用
RESTful ,到现在相信已经没人不知道这个东西了吧!关于 RESTful 的概念,我这里就不做过多介绍了,传统的 Struts 对 RESTful 支持不够友好 ,但是 SpringMVC 对于 ...
- 『kamp 树形dp』
kamp Description jz 市的云台山是个很美丽的景区,小 x 暑期到云台山打工,他的任务是开景区的大巴. 云台山景区有 N 个景点,这 N 个景点由 N-1 条道路连接而成,我们保证这 ...
- 前端面试01:描述一下cookices sessionStorage 和 localStorage 的区别
相同点:都可以存储在客户端 不同点: 1.存储大小 cookie数据大小不能超过4K. sessionStorage 和 localStorage 虽然也有大小限制,但是比cookie大得多,可以达到 ...
- 未在本地计算机上注册“microsoft.ACE.oledb.12.0”提供程序报错的解决办法
https://www.jb51.net/article/157457.htm 下载32位版本安装即可 Microsoft Access Database Engine Redistributable ...
- 使用Fiddler抓取手机APP数据包--360WIFI
使用Fiddler抓取手机APP流量--360WIFI 操作步骤:1.打开Fiddler,Tools-Fiddler Options-Connections,勾选Allow remote comput ...
- .NetCore使用NLog写入数据库总结
考虑到项目后期添加日志的需求,抽个闲暇时间学习一下使用NLog插件将日志信息写入到数据库中,完整项目见下面: 遇到的问题: 使用NLog写到SQLServer里面的中文显示问号? 解决方法:调整数据库 ...
- Jenkins的使用(三)-------Publish over SSH和Publish over FTP
七.构建后操作 1.使用Publish over SSH 1.左边菜单栏 Manage Jenkins --->ManagePlugins--->可选插件,然后搜索 Publish ...
- axios安装及使用
使用npm安装 $ npm install axios 使用 bower安装 $ bower install axios 使用 cdn: <script src="https://un ...
- Console程序下监控EFCore生成的SQL语句!
最近这两天在使用控制台程序学习EFCore,突然想看看生成的SQL语句,所以在网上找到一位大神的分享的方法! 准备工作: 1). MySqlEFCore NuGet: Pomelo.EntityF ...
- Delphi - TIdFTP 两个重要函数
TIdFTP 两个重要函数 项目开发过程中发现,直接对于服务器上的文件/路径进行处理,是很危险的事情,因为一旦文件/路径不存在,程序就会抛异常,影响客户体验.所以在对服务器上的文件/路径进行访问之前, ...