RPKM FPKM TPM RSEM
RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数
FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM
TPM:
RSEM
TCGA数据库中的RNA-seq数据
RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章
- TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?
TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...
- 对FPKM/RPKM以及TPM的理解
对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...
- A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...
- FPKM\RPKM\TPM学习[转载]
转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...
- 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...
- Bulk RNA-Seq转录组学习
与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...
- 39、count_rpkm_fpkm_TPM
参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...
- SUPPA 可变剪切分析
SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...
- 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明
在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...
随机推荐
- 快速学会使用Vuex
一.Vuex简介 官方定义 Vuex是一个专门为Vue.js应用程序开的状态管理模式 它采用集中式存储管理应用的所有组件的状态 并以相应的规则保证以一种可预测的方式发生变化 二.应用场景 多个视图依赖 ...
- 【Navicat】使用navicat执行sql 查询速度很慢解决方法
========================== Navicat 远程连接Mysql执行普通sql速度慢问题: 场景: navicat可以连接上 远程服务器的mysql.但是在navicat执行最 ...
- 前端面试01:描述一下cookices sessionStorage 和 localStorage 的区别
相同点:都可以存储在客户端 不同点: 1.存储大小 cookie数据大小不能超过4K. sessionStorage 和 localStorage 虽然也有大小限制,但是比cookie大得多,可以达到 ...
- Linq实现字符串拼接多条件查询
Linq实现字符串拼接多条件查询 开发过程中,为提升用户体验,经常会使用到多条件查询,本篇博客介绍如何使用Linq实现字符串拼接多条件查询 一般SQL字符串拼接 1 string sql = &quo ...
- TinyMCE常用插件
Advanced Tables 基于table插件的增强表格插件,添加了排序功能. tinymce.init({ plugins: 'table advtable', menubar: 'table' ...
- IOS—— strong weak retain assign 学习
转自:http://wenzongliang.iteye.com/blog/1746604 简单讲strong等同retain weak比assign多了一个功能,当对象消失后自动把指针变成nil,好 ...
- maven 学习---Maven安装配置
想要安装 Apache Maven 在Windows 系统上, 只需要下载 Maven 的 zip 文件,并将其解压到你想安装的目录,并配置 Windows 环境变量. 所需工具 : JDK 1.8 ...
- windows10删除多出的oem分区
某次windows升级后,磁盘管理里新出现一个500多M的OEM分区 其实系统里本来就有一个OEM分区是第一个分区,大小499M,可能因为这个分区太小,系统就又新建一个 因为在windows10分区后 ...
- 海盗分金问题SQL求解(贪心算法)
问题 经济学上有个"海盗分金"模型:是说5个海盗抢得100枚金币,他们按抽签的顺序依次提方案:首先由1号提出分配方案,然后5人表决,超过半数同意方案才被通过,否则他将被扔入大海喂鲨 ...
- MYSQL入门操作和常规DML、DDL、DQL使用
刷新权限,将某些权限从硬盘刷新到内存中(修改root密码自带隐式刷新权限操作) mysql> flush privileges; Query OK, 0 rows affected (0.00 ...