RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数

FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM

TPM:

RSEM

TCGA数据库中的RNA-seq数据

RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章

  1. TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

    TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...

  2. 对FPKM/RPKM以及TPM的理解

    对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

  3. A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南

    A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...

  4. FPKM\RPKM\TPM学习[转载]

    转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...

  5. 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析

    仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...

  6. Bulk RNA-Seq转录组学习

    与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...

  7. 39、count_rpkm_fpkm_TPM

    参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...

  8. SUPPA 可变剪切分析

      SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...

  9. 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明

    在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...

随机推荐

  1. 插件油泼猴+脚本 for chrome 安装 - https://greasyfork.org/zh-CN

    http://chromecj.com/utilities/2018-09/1525.html 一.将 *.crx 改名为 *.zip 二.访问 chrome://flags/#extensions- ...

  2. 【05】Saltstack:配置详解

    写在前面的话 上一节迷迷糊糊的说了一下配置管理,这一节主要谈谈我们常见的一些操作如何将他转换成配置文件的形式来实现.这样的好处在于,我们可以一次编写到处使用,不用每次再去编写复杂的命令. 配置回顾 在 ...

  3. asp.net 路由注册

    webapi的路由注册 mvc的路由注册 urlRoutingModule路由

  4. springmvc4 mybatis 整合 框架源码 bootstrap html5 mysql oracle sqlsever spring SSM

    A 调用摄像头拍照,自定义裁剪编辑头像 [新录针对本系统的视频教程,手把手教开发一个模块,快速掌握本系统]B 集成代码生成器 [正反双向](单表.主表.明细表.树形表,开发利器)+快速构建表单;  技 ...

  5. react学习-react父组件给子组件传值与设置传值类型以及是否必传参数

    react 父组件给子组件传参时,父组件直接在引入的子组件内写入要传递的参数即可 <HeaderComponent title={"传递的参数"}></Heade ...

  6. <Android Studio> 4.Adapter的那些事 <一>

    android 的表格显示和Windows桌面开发原理不同,其他平台转过来的同学要有心理准备,不要拿桌面开发的思维模式来思考android上的各种表格. 一.原理 此处使用ArrayAdapter来记 ...

  7. JIRA的安装及配置

    JIRA安装    命令行打开服务:cmd:services.msc 同禅道和tapd是一样功能的. 1.安装jdk 2.安装mysql 3.安装JIRA  JIRA安装密钥的查找 1.登陆管理页面: ...

  8. javascript 初探

    JS ,前端3剑客之一,控制HTML标签的动作.浏览器通过解释JS代码识别ta要做什么,因为在浏览器操作,所以最好使用谷歌浏览器. 参考: https://www.cnblogs.com/yuanch ...

  9. NOIp常用的算法

    24种NOIp常用的算法 https://blog.csdn.net/weixin_40676873/article/details/81166139 NOIP 算法总结(来自 啊哈磊的专栏) htt ...

  10. 跳过__wakeup()魔法函数

    __wakeup():将在序列化之后立即被调用. 漏洞原理:当反序列化字符串中,表示属性个数的值大于其真实值,则跳过__wakeup()执行.     参考题目:xctf-unserialize3 h ...