RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数

FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM

TPM:

RSEM

TCGA数据库中的RNA-seq数据

RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章

  1. TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

    TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...

  2. 对FPKM/RPKM以及TPM的理解

    对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

  3. A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南

    A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...

  4. FPKM\RPKM\TPM学习[转载]

    转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...

  5. 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析

    仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...

  6. Bulk RNA-Seq转录组学习

    与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...

  7. 39、count_rpkm_fpkm_TPM

    参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...

  8. SUPPA 可变剪切分析

      SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...

  9. 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明

    在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...

随机推荐

  1. C语言语法教程-链表

    链表是一群结构体(称为结点)通过指针连起来.这种结构体类型,比较特殊,叫自引用结构体类型.它有一个指针指向和和结构体一样的类型,其余是数据成员. 头指针指向第一结点,尾指针一定要用空表示,这叫有头有尾 ...

  2. ASP.NET MVC EF 连接数据库(二)-----Model First

    Model first (VS2015 ,Sql Server2014) 新建MVC项目     右键product ,新增标量属性(数据库表中的字段)   Ctrl + S 保存页面,右键“根据模型 ...

  3. PIE SDK 多数据源的复合数据集加载

    1. 功能简介 GIS遥感图像数据复合是将多种遥感图像数据融合成一种新的图像数据的技术,是目前遥感应用分析的前沿,PIESDK通过复合数据技术可以将多幅幅影像数据集(多光谱和全色数据)组合成一幅多波段 ...

  4. Javascript屏蔽Backspace回退页面

    允许对输入框密码框等控件删除字符,但是不允许页面进行回退 <html lang="en" xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml&q ...

  5. centOs6和Centos7开放/关闭端口区别

    #centos6启动防火墙 service iptables start #centos6停止防火墙/关闭防火墙  service iptables stop #centos6重启防火墙 servic ...

  6. OO_BLOG4_UML系列学习

    目录 Unit4 作业分析 作业 4-1 UML类图解析器UmlInteraction 作业 4-2 扩展解析器(UML顺序图.UML状态图解析,基本规则验证) 架构设计及OO方法理解的演进 测试理解 ...

  7. 03篇ELK日志系统——升级版集群之ELK日志系统整合springboot项目

    [ 前言:整个ELK日志系统已经搭建好了,接下来的流程就是: springboot项目中的logback日志配置通过tcp传输,把springboot项目中所有日志数据传到————>logsta ...

  8. .net web mvc 权限验证

    这里分享MVC的权限验证,内容中可能存在一些,莫名其妙的方法,那些是以前封装好的,大致可以根据方法名称知道他的意思. using Game.Entity; using Game.Entity.Plat ...

  9. 使用mysql数据库过程中常用的命令

    1.添加用户:GRANT USAGE ON . TO 'user01'@'localhost' IDENTIFIED BY '123456' WITH GRANT OPTION; 2.列出mysql数 ...

  10. nginx 安装第三方模块(lua)并热升级

    需求: nginx上将特定请求拒绝,并返回特定值. 解决办法: 使用lua脚本,实现效果. 操作步骤: 安装Luajit环境 重新编译nginx(目标机器上nginx -V 配置一致,并新增两个模块n ...