TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件。

下载链接：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz 平台：Linux

下载下来的为TMtools，压缩包里包含TM-align及TM-score的可执行文件及编译文件。

如果嫌安装麻烦，那你就可以使用可执行文件，但是作者推荐重新对两个工具进行编译，因为这样可以根据自己的PC的环境，使TM-align的速度最快。

tar zxvf TMtools20170708.tar.gz

编译安装命令：

gfortran -static -O3 -ffast-math -lm -o TMalign TMalign.f

及

gfortran -static -O3 -ffast-math -lm -o TMscore TMscore.f

编译过程中可能出现的问题：

1. gfortran没装，提示gfortran command not found

解决办法：

yum install gcc-gfortran.x86_64 libgfortran-static.x86_64 libgfortran4.x86_64 compat-gcc-44-gfortran.x86_64 compat-libgfortran-41.x86_64 libgfortran.x86_64

2. 编译错误：

/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran

/usr/bin/ld: cannot find -lm

/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran

/usr/bin/ld: cannot find -lm

/usr/bin/ld: cannot find -lquadmath

/usr/bin/ld: cannot find -lm

/usr/bin/ld: cannot find -lc

collect2: error: ld returned 1 exit status

解决办法：

yum install libgfortran.x86_64 libgfortran-static.x86_64 glibc-static.x86_64

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