primer3批量设计引物

核心程序调用 Primer3_core，基本用法：

primer3_core [ -format_output ] [ -default_version=1|-default_version=2 ] [ -io_version=3|-io_version=4 ] [ -p3_settings_file= ] [ -echo_settings_file ] [ -strict_tags ] [ -output= ] [ -error= ] [ input_file ]

 

参数简析：

*-format_output 让 primer3_core 产生人类易读的结果，否则产生机器易读的结果。

-default_version=n 默认设置为n=2，让primer3使用最新的默认设置；n=1则让程序使用 2.23 或之前版本的设置

-io_version=n n=3时，软件向低版本兼容；n=4是默认设置，能使用2.0版本和以后版本一些新功能。

-p3_settings_file=file_path 指定primer_core的设置文件，该设置文件的设定取代默认设置。当然，input file的设置也能取代这个文件的设置。

-echo_settings_file 打印出p3_settings_file中的设置信息。如果没有指定设置文件，或含有-format_output，则该参数失效

-strict_tags 要求严格的标签。如果设置文件中的标签不能被机器识别，则产生重大错误。

-error=file_path 指定错误信息输出路径，如果不指定，则输出到stderr中。

*-output=file_path 指定输出文件路径，如果不指定，则输出到标准输出。

*input_file 配置文件

 

配置文件设置

即为Boulder-IO格式的，每一个引物设计的记录的结尾以“=\n”进行分隔。

 

SEQUENCE_ID=example.     　　#序列名字　　

SEQUENCE_TEMPLATE=　　　　#序列模版链，方向5’-3‘

SEQUENCE_INCLUDED_REGION= （start），（length） ##从第strat起，到后面length长度序列中设计引物

SEQUENCE_TARGET=（start），（length） ##从第strat起，到后面length长度序列为扩增目的片段，引物设计在这两侧

SEQUENCE_EXCLUDED_REGION=（start），（length）。  ##设计引物避开此区域

SEQUENCE_PRIMER_PAIR_OK_REGION_LIST。  ##SEQUENCE_PRIMER_PAIR_OK_REGION_LIST=100,50,300,50 ; 900,60,, ; ,,930,100

                    　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　表明有引物设计有三种选择：

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　左引物在100～150bp区间进行设计，右引物在300～350bp的区间进行设计；

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　左引物在900～960bp区间进行设计，右引物随意；

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　右引物在930～1030bp区间进行设计，左引物随意。

SEQUENCE_OVERLAP_JUNCTION_LIST 　　##指定引物在此位置要有重叠。

PRIMER_TASK=generic 　　　　

PRIMER_NUM_RETURN=1000　　　　##引物最大返回数量

PRIMER_DNA_CONC=500　　

PRIMER_DNTP_CONC=0.8

PRIMER_SALT_CORRECTIONS=1

PRIMER_SALT_MONOVALENT=50

PRIMER_SALT_DIVALENT=1.5

PRIMER_MAX_END_GC=2  

PRIMER_MIN_GC=35

PRIMER_MAX_GC=65

PRIMER_MIN_TM=58

PRIMER_MAX_TM=64

PRIMER_OPT_TM=60

PRIMER_MIN_SIZE=20

PRIMER_MAX_SIZE=26

PRIMER_OPT_SIZE=22

PRIMER_PAIR_MAX_DIFF_TM=2

PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-180　　##引物长度范围

PRIMER_PICK_ANYWAY=1

=