RNA-seq标准化
你的 heatmap 可能用错数据了 (组间表达量标准化) http://www.genek.tv/article/24
RNA-seq的标准化方法罗列 https://www.jianshu.com/p/2a52845cfa5d
当我们在说RNA-seq reads count标准化时,其实在说什么? https://www.jianshu.com/p/a9d5065f82a6
edgeR中三种标准化方法TMM\UQ\RLE的比较 https://www.jianshu.com/p/a3b78bd49bcc
DESeq2差异基因分析和批次效应移除 https://mp.weixin.qq.com/s/Vmhx_TGxNkQzkekf93Xl4w
RNA-seq标准化的基本统计假设:大多数基因在不同条件下不会有差异表达,normalization factor使此基本假设得以满足
RNA-seq标准化的更多相关文章
- RNA seq 两种计算基因表达量方法
两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比 ...
- RNA -seq
RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同 ...
- TGCA数据的标准化以及差异分析--转载
转载果子学生信 https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文 ...
- RNA测序相对基因表达芯片有什么优势?
RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达 ...
- featureCounts 软件说明
featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 ...
- Advances in Single Cell Genomics to Study Brain Cell Types | 会议概览
单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcript ...
- xgene:WGS,突变与癌,RNA-seq,WES
人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参 ...
- 链终止法|边合成边测序|Bowtie|TopHat|Cufflinks|RPKM|FASTX-Toolkit|fastaQC|基因芯片|桥式扩增|
生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类 ...
- RNA测序的质量控制
RNA测序的质量控制 发表评论 3,112 A+ 所属分类:Transcriptomics 收 藏 ENCODE项目向我们揭示,人类基因组中超过70%能得到转录,只不过不会发生在同一个细胞里.为 ...
- RNA Sequencing
RNA Sequencing 选择其他单元: RNA Sequencing 国内领先的转录组定序基地 Transcriptome Sequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状 ...
随机推荐
- Fliptile [POJ3279] [开关问题]
题意 给定一张n*m的方格图,有1,0两种数字,每次可以选取一个十字进行翻转,1变成0,0变成1,问最少需要翻转几次,使它全部变成0,全部如果有重复的,按字典序最小的进行输出: 输入 第一行n,m 下 ...
- Hadoop双namenode配置搭建(HA)
配置双namenode的目的就是为了防错,防止一个namenode挂掉数据丢失,具体原理本文不详细讲解,这里只说明具体的安装过程. Hadoop HA的搭建是基于Zookeeper的,关于Zookee ...
- Java 获取当前日期的几种方法
import java.text.DateFormat; import java.text.SimpleDateFormat; import java.util.Calendar; import ja ...
- JAVA 学习日记
4. 数组 int[] in = new int[5];in[0] = 1;in[1] = 11;in[2] = 111;for(int i=0;i<in.length;i++){ System ...
- bootstrap_栅格系统_响应式工具_源码分析
-----------------------------------------------------------------------------margin 为负 使盒子重叠 等高 等高 ...
- [LeetCode] Design Circular Deque 设计环形双向队列
Design your implementation of the circular double-ended queue (deque). Your implementation should su ...
- SourceTree安装跳过登录
安装 SourceTree 时,需要使用atlassian授权,因为各种原因无法完成授权,现提供跳过 atlassian账号 授权方法. 安装之后,转到用户本地文件夹下的 SourceTree 目录, ...
- jexus System.BadImageFormatException Details: Non-web exception. Exception origin (name of application or object): App_global.asax_ai3fjolq.
Application ExceptionSystem.BadImageFormatExceptionInvalid method header format 0Description: HTTP 5 ...
- 电子产品使用感受之——我的Mac只有256GB,我的照片库该怎么办?
说实话我使用过的Mac中最大的默认存储可能就是2011年开始使用的MacBook Pro了,机器型号大概是MC700,这台机器当年自带320GB 5400转机械硬盘,直到2016年因为使用率太高,机械 ...
- flink with rabbitmq,sink source mysql redis es
flink-dockerhttps://github.com/melentye/flink-docker https://shekharsingh.com/blog/2016/11/12/apache ...