你的 heatmap 可能用错数据了 （组间表达量标准化） http://www.genek.tv/article/24

RNA-seq的标准化方法罗列 https://www.jianshu.com/p/2a52845cfa5d

当我们在说RNA-seq reads count标准化时，其实在说什么？ https://www.jianshu.com/p/a9d5065f82a6

edgeR中三种标准化方法TMM\UQ\RLE的比较 https://www.jianshu.com/p/a3b78bd49bcc

DESeq2差异基因分析和批次效应移除 https://mp.weixin.qq.com/s/Vmhx_TGxNkQzkekf93Xl4w

RNA-seq标准化的基本统计假设：大多数基因在不同条件下不会有差异表达，normalization factor使此基本假设得以满足

RNA-seq标准化的更多相关文章

  1. RNA seq 两种计算基因表达量方法

    两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比 ...

  2. RNA -seq

    RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同 ...

  3. TGCA数据的标准化以及差异分析--转载

    转载果子学生信  https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文 ...

  4. RNA测序相对基因表达芯片有什么优势？

    RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达 ...

  5. featureCounts 软件说明

    featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 ...

  6. Advances in Single Cell Genomics to Study Brain Cell Types | 会议概览

    单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcript ...

  7. xgene：WGS，突变与癌，RNA-seq，WES

     人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参 ...

  8. 链终止法|边合成边测序|Bowtie|TopHat|Cufflinks|RPKM|FASTX-Toolkit|fastaQC|基因芯片|桥式扩增|

    生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类 ...

  9. RNA测序的质量控制

    RNA测序的质量控制 发表评论 3,112 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 ENCODE项目向我们揭示,人类基因组中超过70%能得到转录,只不过不会发生在同一个细胞里.为 ...

  10. RNA Sequencing

    RNA Sequencing 选择其他单元: RNA Sequencing 国内领先的转录组定序基地 Transcriptome Sequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状 ...

随机推荐

  1. （转）RBAC权限管理

    RBAC 模型作为目前最为广泛接受的权限模型 角色访问控制(RBAC)引入了Role的概念,目的是为了隔离User(即动作主体,Subject)与Privilege(权限,表示对Resource的一个 ...

  2. BZOJ5254 : [Fjwc2018]红绿灯

    显然所有询问都要经过至少$\sum d$,只需要考虑除了$\sum d$之外的等待红灯的时间. 将所有询问的时间模$g+r$,并按时间用set维护. 那么对于每个红灯,在set中可以找出$1$到$2$ ...

  3. Java当中的异常2

    1.throw的作用 如果一行有可能代码抛出Execption对象或者check exception 就必须对这行代码进行处理 2.throws的作用 Throws表明这个类或者方法可能会产生一个指定 ...

  4. __x__(27)0907第四天__ float 浮动

     float 浮动 块元素脱离文档流,水平排列. 浮动元素 会尽量往左上(left),或者右上(right)浮动,直到遇到 块元素 或者 其他浮动元素. 可选值: none;   默认值,不脱离文档流 ...

  5. (74)Wangdao.com第十三天_Object 对象_属性描述对象

    Object 对象 JavaScript 原生提供 Object 对象 JavaScript 的所有其他对象都继承自  Object 对象,即那些对象都是Object的实例 Object 对象的原生方 ...

  6. textarea 中的换行符

    <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8&quo ...

  7. 十二、JDBC

    day17 JDBC入门 l 导jar包:驱动! l 加载驱动类:Class.forName(“类名”); l 给出url.username.password,其中url背下来! l 使用Driver ...

  8. linux定时备份mysql数据并同步到其他服务器

    (备份还原操作) ###导出数据库 /usr/bin/mysqldump -u root -pwd database > database20180808.sql ###导入数据库 mysql ...

  9. Js中Map对象的使用

    Js中Map对象的使用 1.定义 键/值对的集合. 2.语法 mapObj = new Map() 3.备注 集合中的键和值可以是任何类型.如果使用现有密钥向集合添加值,则新值会替换旧值. 4.属性 ...

  10. MySQL执行计划复习

    MySQL执行计划分析 Ⅰ.认识执行计划的每个字段 (root@localhost) [(none)]> desc select 1; +----+-------------+-------+- ...