plink修改正负链(--flip, change the positive and negative stand)
修改正负链用到的参数为--flip
假定trial.bim的内容如下:
trial.bim
1 rs142578063 0 732746 G A
1 rs144022023 0 732801 G A
1 rs12131618 0 732809 C T
1 rs369225293 0 732909 A G
1 rs373491075 0 732935 C G
1 rs369030935 0 732989 T C
1 rs4951860 0 733013 C T
1 rs367917297 0 733429 T G
1 rs376492866 0 733895 G A
现在要把修改rs142578063、rs367917297这两个位点的正负链;即rs142578063的G变为C, A变为T,rs367917297的T 变为A, G变为 C, 则需要用到以下命令
/software/plink --bfile trial --flip test.missnp --make-bed --out test
其中,test.missnp的内容如下:
test.missnp
rs142578063
rs367917297
修改后的结果如下:
test.bim
1 rs142578063 0 732746 C T
1 rs144022023 0 732801 G A
1 rs12131618 0 732809 C T
1 rs369225293 0 732909 A G
1 rs373491075 0 732935 C G
1 rs369030935 0 732989 T C
1 rs4951860 0 733013 C T
1 rs367917297 0 733429 A C
1 rs376492866 0 733895 G A
plink修改正负链(--flip, change the positive and negative stand)的更多相关文章
- 基因型数据正负链怎么翻转(snp flip)
在合并数据过程当中,经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的,这是一件很头疼的事. 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢. 举个最简单的例子,假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数 ...
- Lintcode: Interleaving Positive and Negative Numbers 解题报告
Interleaving Positive and Negative Numbers 原题链接 : http://lintcode.com/zh-cn/problem/interleaving-pos ...
- Interleaving Positive and Negative Numbers
Given an array with positive and negative integers. Re-range it to interleaving with positive and ne ...
- [LintCode] Interleaving Positive and Negative Numbers
Given an array with positive and negative integers. Re-range it to interleaving with positive and ne ...
- Facebook Gradient boosting 梯度提升 separate the positive and negative labeled points using a single line 梯度提升决策树 Gradient Boosted Decision Trees (GBDT)
https://www.quora.com/Why-do-people-use-gradient-boosted-decision-trees-to-do-feature-transform Why ...
- R语言实现两文件对应行列字符替换(解决正负链统一的问题)
假设存在文件file1.xlsx,其内容如下: 存在文件file2.xlsx,其内容如下: 现在我想从第七列开始,将file2所有的字符替换成file1一样的,即第七.八.九.十列不需要改变,因为fi ...
- ndk-build 修改输出so位置 (change ndk-build output so lib file path )
期望的目录结构: Folder --- | --- build.bat | --- Source | --- All sources codes *.cpp *.h | --- Android --- ...
- What are the advantages of different classification algorithms?
What are the advantages of different classification algorithms? For instance, if we have large train ...
- py-faster-rcnn 训练参数修改(转)
faster rcnn默认有三种网络模型 ZF(小).VGG_CNN_M_1024(中).VGG16 (大) 训练图片大小为500*500,类别数1. 一. 修改VGG_CNN_M_1024模型配置文 ...
随机推荐
- 一个关于gcd的等式的证明
证:$a > b$ 且 $gcd(a,b)=1$,有 $gcd(a^n-b^n, a^m-b^m) = a^{gcd(n, m)} - b^{gcd(n,m)}$. 证明: 假设 $n > ...
- vue组件传值的三种方式,文字版解释
父传子: 当子组件子父组件中当标签使用的时候,给子组件添加一个自定义属性,值为需要传递的值(如: <Child v-bind:parentToChild="parentMsg" ...
- shell编程练习题
求2个数之和 计算1-100的和 将一目录下所有的文件的扩展名改为bak 编译当前目录下的所有.c文件: 打印root可以使用可执行文件数,处理结果: root's bins: 2306 打印当前ss ...
- 【golang】使用rpcx不指定tags报错 undefined: serverplugin.ConsulRegisterPlugin
为了避免引入不必要的库, rpcx采用了 Go 条件编译 的特性, 你可以只引入必要的特性. 比如你只使用 etcd 作为注册中心的时候, 你不希望引入 consul.zookeeper相关的库,你需 ...
- Deepin Create/Delete Folder refresh
Did u have a problem whth the deepin file manager,Everthime I create/delete a Folder of File i have ...
- SQL题(子文章)(持续更新)
-----> 总文章 入口 文章目录 [-----> 总文章 入口](https://blog.csdn.net/qq_37214567/article/details/90174445) ...
- 记一次vue+vuex+vue-router+axios+elementUI开发(二)
开发环境跟脚手架初始完毕后,我们开始配置axios请求后台接口 axios使用说明:https://www.kancloud.cn/yunye/axios/234845 1.本人是在脚手架中的sr ...
- 【随记】Sql Server 2008 R2 备份时“无法打开备份设备”
如下图所示,在执行SQL一个简单的备份命令时发生下面的错误 可能的原因: 1.文件夹权限问题: 2.Sql Server SQLServer服务器用户策略问题: 问题排查: 1.查看了temp文件夹, ...
- SyntaxError: Non-ASCII character 'æ' in file csdn.py on line 7, but no encoding declared; see http://python.org/dev/peps/pep-0263/ for details
错误信息: SyntaxError: Non-ASCII character , but no encoding declared; see http://python.org/dev/peps/pe ...
- 用样式表美化QTabwidget外观
没有仔细看是否正确,先保存到这里,以后研究一下 一.参考文章:http://bbs.csdn.net/topics/390632657?page=1 setStyleSheet("QTabW ...