k-SLAM：k-mer Sorted List Alignment and Metagenomics

k-SLAM 是基于大量高通量宏基因组序列数据分析的比对程序，它基于k-mer技术上在reads和序列之间进行比较，然后用Smith-Waterman算法验证。校准是连接在一起组成一个伪组装用来提高特异性。用LCA技术推断如何分类。从sam格式校准和输出文件中可以找出基因和突变。k-SLAM是快速高度并行的，每分钟可处理500万的150bp的双端reads数据。

News：k-slam中install_slam_new_db.sh 可以下载最新的NCBI参考基因组。注意：这些数据中包含了很多基因组，这将会增加执行时间和内存的需求。

类型：Desktop app

k-SLAM 说明：

https://github.com/aindj/k-SLAM

 

测试：

编译： 

cd k-SLAM/

 cd build/

   make

 mv build/SLAM ./

   export PATH=$PATH:.

　　

 

数据库构建：

install_slam.sh database_dir bacteria viruses

　　

 

 测试：

  ./SLAM --db ./database_dir/  --output-file /project/meta_benchmark/Result/Reuslt_test/2k-slam.out /project/meta_benchmark/Data/mergepe_out.fq

 cd /project/meta_benchmark/Result/Reuslt_test/