R中的参数传递函数：commandArgs(),getopt().

1.commandArgs(),是R自带的参数传递函数，属于位置参数。

##test.R
args=commandArgs(T)
print (args[1])##第一个外部参数
print (args[2])##第二个外部参数
##运行脚本:Rscript test.R first second
结果：

　　

2.getopt(),是getopt包的函数，需要先按照getopt包

getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE),command = get_Rscript_filename(), usage = FALSE,debug = FALSE)

spec：一个4-5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列可选。

第一列：参数的longname，多个字符。

第二列：参数的shortname，一个字符。

第三列：参数是必须的，还是可选的，数字：0代表不接参数 ；1代表必须有参数；2代表参数可选。

第四列：参数的类型。logical；integer；double；complex；character；numeric

第五列：注释信息，可选。

usage：默认为FALSE,这时参数无实际意义，而是以用法的形式输出。

library(getopt)
spec = matrix(c(
  'verbose', 'v', 2, "integer",
  'help'   , 'h', 0, "logical",
  'count'  , 'c', 1, "integer",
  'mean'   , 'm', 1, "double",
), byrow=TRUE, ncol=4)
opt = getopt(spec)
print(opt$count)
print(opt$mean)

　　

3.如何制作脚本的帮助：

command=matrix(c("bam","b",1,"character",
                 "bed","d",1,"character",
                 "png","p",1,"character",
                 "help","h",0,"logical"),byrow=T,ncol=4)
args=getopt(command)
if (!is.null(args$help) || is.null(args$bam) || is.null(args$png) || is.null(args$bed)) {
    cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))
    q()
}