Rscripts的使用，以及如何为R脚本传参数

一、在windows下使用Rscript：

1.进入cmd.exe下，将当前工作目录转到Rscript.exe所在目录下面，然后调用Rscript  **.R文件即可。但是所调用的.R文件必须是在R的工作目录下，也就是和Rscript.exe在同一个文件夹内(Rscript默认情况下是不保存工作空间的)。还可以将这些命令写成一个bat文件，然后将该文件放置在cmd.exe的工作目录下，直接在cmd.exe中输入该bat文件名即可运行。bat文件中包含了Rscript命令。
2.进入cmd.exe下，将当前工作目录转到Rscript.exe所在目录下面，直接输入R的命令，格式为：Rscript -e "x<-seq(0,10,2) " -e "x"或者使用格式如Rscript -e "a<-c(1,20,2);write(a,file='data.txt');"等来执行（各语句之间用“;”分隔开来）。
需要注意的是：如果执行命令Rscript -e "a<-c(1,20,2);write(a,file="data.txt");"（此处均为双引号）将数据写入到一个文件中，会显示说找不到对象（指要写入的文件），如何解决？

这是因为在命令行下 -e 后面的命令需要用双引号，所以其中的语句就不能直接用双引号来表示字符串了。可以使用单引号，也可以通过反斜杠号来对双引号进行转义来解决（使用单引号和双引号均可，关键是要使得Rscript的引号和中间语句的引号区分开来即可）。另一种解决方法是将R命令保存成.R文件，然后通过Rscript调用。
画图时，并不直接显示出来图形！而是自动转换成了pdf格式，存在了Rscript的目录下。不管是画了多少个图形，都会保存在一个pdf文件中，分页来显示，pdf文件的名字为Rplots.pdf。但是可以通过在R 语句中首先通过命令png或者bmp、jpeg首先限定一下图形文件的文件名及其类型。如上图示中的最后一条语句。

二、用Rscripts给R脚本传递参数

1.用法

Rscript的用法中有个args，这个就是传递给.r文件的参数，在脚本中调用这个参数需要用到commandArgs()这个函数。

2.下面举例说明

Rscript xx.r 1 2
将1和2传递给xx.r脚本，而xx.r脚本中是这样调用的：

args<-commandArgs(T) #收集参数给args变量，则args[1]=1，args[2]=2
这样就可以根据不同的参数执行不同的命令了

#barplot.R
args<-commandArgs(T)
x<-read.table(args[1])
png(args[2], width=1024, height=768)
barplot(x$V2, names.arg=x$V1)
dev.off()

运行：
Rscript barplot.R /RNA/shang/human-RNA-seq/result/output/chr.junction /RNA/shang/human-RNA-seq/result/output/chr.juntion.png