The Biological Observation Matrix (BIOM) format http://biom-format.org/

biom-format有两种方式安装:

1. python pkg:

pip install numpy

由于最新版的biom-format还不支持python3,所以需要切换到python2

sudo update-alternatives --config python

然后安装

pip install biom-format

为了处理BIOM 2.0+的文件,需要安装这个:

pip install h5py

2. R pkg:

百度,找安装包,安装好依赖即可。

版本:

版本1.0基于JSON格式开发。

版本2.0和2.1基于HDF格式开发。(HDF格式专门存储大规模、多对象的科学研究数据)

开发目的:

1. 存储和操作大规模的稀疏的生物数据列联表(列联表是观测数据按两个或更多属性(定性变量)分类时所列出的频数表,其实就是通常的统计表格);

2. 将核心元数据(contingency table data and sample/observation metadata)封装到单个文件中;

3. 便于在不同工具见交流(如 QIIME/MG-RAST/VAMPS)。

支持 BIOM格式的软件:

QIIME,MG-RAST,PICRUSt,Mothur,phyloseq,MEGAN,VAMPS,metagenomeSeq,

Phinch,RDP Classifier

OTU table:

两种都支持,但>=85%的是0再用sparse更合适。

dense

sparse

***************************************************************************************************************************************
操作

Parse
a table from an open file object:

from
biom import parse_table

with
open('path/to/table.biom') as f:

table
= parse_table(f)

Parse
a table from a path:

from
biom import load_table

table
= load_table('path/to/table.biom')

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