MMTx使用说明

MMTx（MetaMap Transfer）是美国国家医学图书馆建立的用于文本数据挖掘的一种工具。

下面以Medine格式数据为例介绍使用方法

1、在PubMed数据库检索相关的文献。

2、将数据结果保存为Medine格式数据。（Medine数据格式是医学上用于记录患者的患病机理等的方式）。保存过程如图。

3、将data用MMTx数据处理；（MMTx句段分割软件，比如Beijing is a beautiful city．可以分割成Beijing、beautiful、city等 ）。运行MMTx需要预先安装好java，java具体环境配置自己百度。

配置MMTx：

（1）、将MMTx软件解压到E盘根目录

（2）、调价MMTx环境配置。打开如下目录：E:\MMTx\nls\mmtx\bin。将目录添加到path。

配置成功在cmd命令里回输入mmtx。显示如下：

现在可以进行数据处理（输出文件自行设置，一般设置成txt格式文件）:

4、用矩阵提取数据结果。

矩阵采用提取“Pathologic Function”关键字和“Gene or Genome”出现的次数。

在编译程序前需要更改Java程序，矩阵的路径：E:\MMTx\medline。

String inputFileName = "path/in.txt";

String outputFileName ="path/out.xls";

输出文件的格式可以修改，建议使用xls格式，方便后面的统计。

以上统计出得结果就是病理、基因、研究热度。接下来就可以做更深入的分析了。