isPCR安装

isPCR是用一对PCR引物搜索序列数据库。它使用索引策略来快速完成此操作。当搜索成功时，输出是fasta格式序列文件，其包含数据库中位于引物对之间的所有区域。

Linux系统下安装

1. 使用二进制文件

　　isPCR提供linux二进制执行文件,执行时报错缺少"lib.so.6"库文件。

yum install lib.so.6 -y

　　安装openssl后依然报其他错误。

2. 使用源码

　　isPCR也提供源码文件，编译前需要安装gcc编译器、wget文件获取和unzip解压工具

# 安装工具
yum install wget gcc unzip -y
# 获取源码
wget https://hgwdev.gi.ucsc.edu/~kent/src/isPcr.zip
# 解压
unzip isPcr.zip

　　按README文件步骤进行安装

1. 查看MACHTYPE变量是否存在
echo $MACHTYPE
2. MACHTYPE不存在，赋值
export MACHTYPE=x86_64
3. 创建文件夹
mkdir -p ~/bin/$MACHTYPE
mkdir -p lib/$MACHTYPE
4. 编译
make

　　最后还是报“*** No rule to make target `../../lib//jkweb.a', needed by `gfPcr'. Stop.”错误。

make[2]: *** No rule to make target `../../lib//jkweb.a', needed by `gfPcr'.  Stop.
make[2]: Leaving directory `/home/hgwdev.gi.ucsc.edu/isPcrSrc/isPcr/gfPcr'
make[1]: *** [all] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/hgwdev.gi.ucsc.edu/isPcrSrc/isPcr'
make: *** [all] Error 2

　　 网上查找资料后，发现是make步骤错误，按如下方式输入编译代码，成功

# 切换到解压目录isPcr
cd isPcrSrc

MACHTYPE=x86_64
mkdir -p ~/bin/$MACHTYPE
mkdir -p lib/$MACHTYPE
export PATH=$PATH:~/bin/$MACHTYPE
make MACHTYPE=$MACHTYPE

[参考资料]

https://www.biostars.org/p/68279/