生物信息学

GU也可以配对,即“wobble” pairing GU。

Hairpin发夹结构,最少不能少于3个碱基。没有配对

Bulge 单侧配对

Loop双侧配对

假结,游离的leading edge与hairpin相结合。大部分软件不考虑此结构。

表示RNA5种结构:

如果有假结,则环形图会有交叉:

颜色代表稳定性:

但是RNA序列较长则得到正确的预测比较困难,因为配对可能性上升。所以采用150bp以内的序列预测比较准确。

常用方法:

1.共变化(进化)方法,基于相似性比对。

2.单序列预测是从头预测方法,基于采用最小自由能,因为自由能越低越稳定。

Eg:查表计算二级结构自由能

计算机使用动态规划计算

==================================================

不同RNA结构:

snRNA参与RNA剪接

snoRNA参与rRNA加工

siRNA就是RNAi,与DNA配对可引导gene editing。

microRNA:早期方法和现有数据相结合或许是一个突破点。需要软件的局限性和偏向性。

piRNA:在低等和节肢动物中出现多。基因组上成簇存在,乒乓模型,调控翻译。

LncRNA:

antisense RNAs:反RNA

cis-NATs:两个位置在局部

trans-NATs两个位置在远处

如果需要功能互斥,则基因水平可以是这种结构,只能有一种蛋白质复合结构在序列上:

假基因:假基因一共可以分为三类:unitary pseudogene;duplicated pseudogene以及processed pseudogene。Unitary pseudogene是指蛋白质编码基因在进化过程中自身累积突变而形成,这一类假基因在本物种中找不到亲本基因。Duplicated psuedogene是指蛋白质编码基因在进化过程中发生复制,其中一个副本保留原有的功能,而另一个副本则累积突变形成假基因。这一类假基因保留了亲本基因原有的promoter区和内含子区。Processed pseudogene则是由蛋白质编码基因的转录产物反转录成cDNA以后,反插回基因组中,并在此过程中累积突变而形成的假基因。这一类假基因由于源自亲本基因的转录产物而失去了亲本基因的启动子区和内含子区。

环形RNA:

 

Hairpin|Bulge|Loop|假结|共变化(进化)|单序列预测|snRNA|snoRNA|siRNA|microRNA|piRNA|LncRNA|antisense RNAs|cis-NATs|trans-NATs|假基因|环形RNA的更多相关文章

  1. [LOJ#6044]. 「雅礼集训 2017 Day8」共[二分图、prufer序列]

    题意 题目链接 分析 钦定 \(k\) 个点作为深度为奇数的点,有 \(\binom{n-1}{k-1}\) 种方案. 将树黑白染色,这张完全二分图的生成树的个数就是我们钦定 \(k\) 个点之后合法 ...

  2. BUPT复试专题—寻找变化前01序列(2016)

    题目描述 给你一个01序列,HDLC协议处理的话,如果出现连续的5个1会补1个0.例如1111110,会变成11111010. 现在给你一个经过HDLC处理后的01序列,你需要找到HDLC处理之前的0 ...

  3. 密码子演化假说|凝固事件假说|立体化学假说|共进化假说|代谢途径相关性假说|四重兼并|假四重兼并|最小损伤原则|AU-rich|GC-rich|逐步进化假说|分子机制进化假说

    生命组学 将密码子表重排后发现,嘌呤嘧啶含量不同,密码子的氨基酸种类由第一二位决定,同时第三位变化大却没有蛋白质层面上实质性的改变,这说明第三位氨基酸是用于维持氨基酸组成不发生变化同时保证蛋白质稳定性 ...

  4. DNA序列编码中Hairpin的定义和计算

    DNA序列编码中Hairpin的定义和计算 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 参考文献 [1] 张凯. DNA计算核酸编码优化及算法设计[D]. 2008. [2] Shin, ...

  5. 关于FPGA异步时钟采样--结绳法的点点滴滴

    一.典型方法 典型方法即双锁存器法,第一个锁存器可能出现亚稳态,但是第二个锁存器出现亚稳态的几率已经降到非常小,双锁存器虽然不能完全根除亚稳态的出现(事实上所有电路都无法根除,只能尽可能降低亚稳态的出 ...

  6. Oracle PL/SQL之LOOP循环控制语句

    在PL/SQL中可以使用LOOP语句对数据进行循环处理,利用该语句可以循环执行指定的语句序列.常用的LOOP循环语句包含3种形式:基本的LOOP.WHILE...LOOP和FOR...LOOP. LO ...

  7. PL/SQL中LOOP循环控制语句

    在PL/SQL中可以使用LOOP语句对数据进行循环处理,利用该语句可以循环执行指定的语句序列.常用的LOOP循环语句包含3种形式:基本的LOOP.WHILE...LOOP和FOR...LOOP. LO ...

  8. [转载]Oracle PL/SQL之LOOP循环控制语句

    在PL/SQL中可以使用LOOP语句对数据进行循环处理,利用该语句可以循环执行指定的语句序列.常用的LOOP循环语句包含3种形式:基本的LOOP.WHILE...LOOP和FOR...LOOP. LO ...

  9. Oracle LOOP循环控制语句

    在PL/SQL中可以使用LOOP语句对数据进行循环处理,利用该语句可以循环执行指定的语句序列.常用的LOOP循环语句包含3种形式:基本的LOOP.WHILE...LOOP和FOR...LOOP. LO ...

随机推荐

  1. UVALive 6853(dp)

    题意:已知有n个城市,某歌手每月进行一场演唱会,共持续c个月,可连续两个月在同一个城市.城市间的路费已给出,且已知每个城市在第k(1<=k<=c)个月举办演唱会的所得利润,求最终的最大利润 ...

  2. 查看 Secret【转】

    可以通过 kubectl get secret 查看存在的 secret. 显示有两个数据条目,kubectl describe secret 查看条目的 Key: 如果还想查看 Value,可以用  ...

  3. PHP代码审计之入门实战

    系统介绍 CMS名称:新秀企业网站系统PHP版 官网:www.sinsiu.com 版本:这里国光用的1.0 正式版 (官网最新的版本有毒,网站安装的时候居然默认使用远程数据库???迷之操作 那站长的 ...

  4. Eclipse打包Android项目时用到proguard.cfg后,出现的Warning:can't find referenced class问题的解决方案

    原文地址:http://blog.csdn.net/u_xtian/article/details/7495023 这个看似简单的问题困扰了我好久了,我已经google了很多相关的信息了,但是在我看来 ...

  5. Java中JSON字符串与java对象的互换实例详解(转)

    http://www.jb51.net/article/90914.htm 在开发过程中,经常需要和别的系统交换数据,数据交换的格式有XML.JSON等,JSON作为一个轻量级的数据格式比xml效率要 ...

  6. Codeforces Round #554 (Div. 2) 选做

    C. Neko does Maths 题意 给 \(a,b\) ,求一个最小的 \(k\) 使得 \(\text{lcm}(a+k,b+k)\) 最小. \(a,b\le 10^9\) 题解 \(\g ...

  7. mysq 事务管理入门

    设置隔离级别:

  8. log4j配置文件——hibernate

    log4j.appender.stdout=org.apache.log4j.ConsoleAppender log4j.appender.stdout.Target=System.out log4j ...

  9. UVA - 1152 4 Values whose Sum is 0(中途相遇法)

    题意:从四个集合各选一个数,使和等于0,问有多少种选法. 分析:求出来所有ai + bi,在里面找所有等于ci + di的个数. #pragma comment(linker, "/STAC ...

  10. UVA - 122 Trees on the level (二叉树的层次遍历)

    题意:给定结点值和从根结点到该结点的路径,若根到某个叶结点路径上有的结点输入中未给出或给出超过一次,则not complete,否则层次遍历输出所有结点. 分析:先建树,建树的过程中,沿途结点都申请了 ...