fastqc, Per Base Sequence Content
Per Base Sequence Content
对所有reads的每一个位置,统计ATCG四种碱基(正常情况)的分布:

横轴为位置,纵轴为百分比。 正常情况下四种碱基的出现频率应该是接近的,而且没有位置差异。因此好的样本中四条线应该平行且接近。当部分位置碱基的比例出现bias时,即四条线在某些位置纷乱交织,往往提示我们有overrepresented sequence的污染。当所有位置的碱基比例一致的表现出bias时,即四条线平行但分开,往往代表文库有bias (建库过程或本身特点),或者是测序中的系统误差。
当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过10%,报"WARN";当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过20%,报"FAIL"。
第一个图其实是不正常的,第二个图才是正常的,因为植物基因组,本来AT就比GC要高,第一个图之所以都一样,是因为有细菌或者叶绿体污染,导致
四种碱基含量差不多了。。。
中心测序,每次都是前面会有波动,可能是由于刚开始要测接头,可能要切完以后,信号不稳定等因素~~
freemao
FAFU
fastqc, Per Base Sequence Content的更多相关文章
- FastQC结果详解
REF https://www.plob.org/article/5987.html 解压后,查看html格式的结果报告.结果分为如下几项: 结果分为绿色的"PASS",黄色的&q ...
- Fastqc使用说明
用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10| 分类: Bioinformatics | 标签:bioinformatics deep-seq |举报 | ...
- FastQC 测序质量
文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fa ...
- Quality assessment and quality control of NGS data
http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...
- 【转录组入门】3:了解fastq测序数据
操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...
- RNA-seq简单处理流程
RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf ...
- Kooboo CMS 之TextContent详解
TextCotent 在Kooboo.CMS.Content下面,在View中有使用到这个模型层. TextContent继承了ContentBase,而ContentBase是由2个部分类组成的,一 ...
- 8、Transcriptome Assembly
Created by Benjamin M Goetz, last modified on Jun 29, 2015 Assembly of RNA-seq short reads into a tr ...
- 6、RNA-Seq Analysis Pipeline
Created by Dhivya Arasappan, last modified by Dennis C Wylie on Nov 08, 2015 This pipeline uses an a ...
随机推荐
- EXCEL数据透视相关知识
要边看边总结要点:1.部门管理,标准化作业流程,控制生产经营过程,预知风险2.这一项内容,用一个工作薄三个SHEET表来完成.分类汇总表(可变,N个),源数据表(标准.规范.通用.简洁.正确),1.符 ...
- Winform开发框架之介绍
winform开发框架,尽量减少程序员在界面中的代码量和工作量,Model自动生成,界面以及控件自动生成,简单的逻辑自动生成.自动生成的界面已经实现简单逻辑增删改查功能. 其他开发框架都已经或多火烧实 ...
- [HIHO1052]基因工程(找规律)
题目链接:http://hihocoder.com/problemset/problem/1052 题意:中文题面,就是修改其中几个字符,使得[0,k-1]和[n-k,n-1]的字符相同. 会发现一个 ...
- 【Android】Spinner使用
Spinner:下拉列表,主要用于显示一些选项供用户选择,类似PC应用程序里面的Combobox. 使用Spinner需要以下条件: 1.一个 Spinner 控件 2.数据 3.一个Adapter ...
- 开启curl扩展(转)
一.win7系统32位, apache2.2, php5.2升级到5.4. 这个比较容易: 1. phpinfo发现没有加载curl; 2. 在php.ini中设置extension_dir 指向e: ...
- 项目打包文件build.xml
Make命令其实就是一个项目管理工具,而Ant所实现功能与此类似.像make,gnumake和nmake这些编译工具都有一定的缺陷,但是Ant却克服了这些工具的缺陷.最初Ant开发者在开发跨平台的应用 ...
- Python_Day2_基础2
python基础之数据类型与变量 一.变量 变量作用:保存状态(程序的运行本质是一系列状态的变化,变量的目的就是用来保存状态,变量值的变化就构成了程序运行的不同结果.) Age=10 ----> ...
- java mail发送邮件
最近做了自动发送邮件功能,带附件的:需要的jar包有
- Linux Socket编程(不限Linux)
"一切皆Socket!" 话虽些许夸张,但是事实也是,现在的网络编程几乎都是用的socket. --有感于实际编程和开源项目研究. 我们深谙信息交流的价值,那网络中进程之间如何通信 ...
- PLSQL开发笔记和小结(转载)
***************************************** PLSQL基本结构 ***************************************** 基本数据 ...