Per Base Sequence Content
对所有reads的每一个位置，统计ATCG四种碱基（正常情况）的分布：

横轴为位置，纵轴为百分比。 正常情况下四种碱基的出现频率应该是接近的，而且没有位置差异。因此好的样本中四条线应该平行且接近。当部分位置碱基的比例出现bias时，即四条线在某些位置纷乱交织，往往提示我们有overrepresented sequence的污染。当所有位置的碱基比例一致的表现出bias时，即四条线平行但分开，往往代表文库有bias (建库过程或本身特点)，或者是测序中的系统误差。
当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过10%，报"WARN"；当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过20%，报"FAIL"。

第一个图其实是不正常的，第二个图才是正常的，因为植物基因组，本来AT就比GC要高，第一个图之所以都一样，是因为有细菌或者叶绿体污染，导致

四种碱基含量差不多了。。。

中心测序，每次都是前面会有波动，可能是由于刚开始要测接头，可能要切完以后，信号不稳定等因素~~

freemao

FAFU

fastqc, Per Base Sequence Content的更多相关文章

  1. FastQC结果详解

    REF https://www.plob.org/article/5987.html 解压后,查看html格式的结果报告.结果分为如下几项: 结果分为绿色的"PASS",黄色的&q ...

  2. Fastqc使用说明

    用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10|  分类: Bioinformatics |  标签:bioinformatics  deep-seq   |举报 | ...

  3. FastQC 测序质量

    文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fa ...

  4. Quality assessment and quality control of NGS data

    http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...

  5. 【转录组入门】3：了解fastq测序数据

    操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...

  6. RNA-seq简单处理流程

    RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf ...

  7. Kooboo CMS 之TextContent详解

    TextCotent 在Kooboo.CMS.Content下面,在View中有使用到这个模型层. TextContent继承了ContentBase,而ContentBase是由2个部分类组成的,一 ...

  8. 8、Transcriptome Assembly

    Created by Benjamin M Goetz, last modified on Jun 29, 2015 Assembly of RNA-seq short reads into a tr ...

  9. 6、RNA-Seq Analysis Pipeline

    Created by Dhivya Arasappan, last modified by Dennis C Wylie on Nov 08, 2015 This pipeline uses an a ...

随机推荐

  1. jquery总结02-样式和属性

    .attr()  .removeAttr() 设置属性和移除属性,里面可以是属性,属性值 ,只有属性名时只获取第一个蒜素的属性值 .html() .text() .val()  html 获取包括标签 ...

  2. centos配置163源

    1.参考Centos镜像帮助 (1.1)备份原始repo shell> sudo mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/Ce ...

  3. [bzoj3555]企鹅QQ(hash)

    3555: [Ctsc2014]企鹅QQ Time Limit: 20 Sec  Memory Limit: 256 MBSubmit: 1645  Solved: 616[Submit][Statu ...

  4. JQuery对表格进行排序

    添加相关jar <script type="text/javascript" src="jquery-1.1.3.pack.js"></scr ...

  5. sqlite与android交互 (封装)

    学android已经有大概一周时间了吧 ,总感觉自己基础不怎么好,只能通过一点一点积累着敲来巩固平常的知识,有的时候就先不封装的敲一遍,再封装上,有些语句真的记不住,虽然知道他是什么意思,于是乎就反复 ...

  6. Oracle PL/SQL实战代码下载

    最近在学习PL/SQL编程,算是一个进阶吧,书没带光盘,所以按照书中的地址去下载样例,无法下载,到图灵官网找到了源代码下载地址,无法下载的留邮箱,我发给大家 下载地址: http://www.itur ...

  7. HTML5和CSS3登录页面制作实录

    本文详细介绍使用HTML5 和CSS3 制作一个登录页面的完整过程. View demo login.html <form id="login"> <h1> ...

  8. scanf与scanf_s的区别

    scanf()函数是标准C中提供的标准输入函数,用以用户输入数据 scanf_s()函数是Microsoft公司VS开发工具提供的一个功能相同的安全标准输入函数,从vc++2005开始,VS系统提供了 ...

  9. 安装mongodb

    安装mongodb的时候遇到一些麻烦 首先将安装包下下来 安装的是windows版本的 将bin文件夹加入环境变量后通过mongod和mongo指令就可以进行操作,很方便 用指令mongod --db ...

  10. 转-浅谈HTTP中Get与Post的区别

    Http定义了与服务器交互的不同方法,最基本的方法有4种,分别是GET,POST,PUT,DELETE.URL全称是资源描述符,我们可以这样认为:一个URL地址,它用于描述一个网络上的资源,而HTTP ...