参考：

https://www.sogou.com/link?url=hedJjaC291NYNxVe4xgB4c3bUxXRMqZrT93cntTAgYfyBbRAdP9kIA..

https://liucheng.name/457/

官网下载：

https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=3&help=2  ##下载misa

https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=3&help=3  ##下载p3_in.pl  p3_out.pl

1、运用misa：perl  misa.pl  prefix.10k.fa  ##fa序列必须有两个点隔开 生成 ，并且misa.pl 的同一目录下有参数文件misa.ini  。生成结果prefix.10k.fa.misa , prefix.10k.fa.statistics

prefix.10k.fa.misa   ：以表格的形式列出微卫星的类型和位点；

prefix.10k.fa.statistics ：统计微卫星的类型和频数；

2、perl p3_in.pl prefix.10k.fa.misa   ##对prefix.10k.fa.misa 增加参数是适应primer3_core 的输入格式，输出结果是 prefix.10k.fa.ssr.p3in

3、primer3_core 运行生成 、home/renpp/biosoft/primer3/primer3_core <prefix.10k.fa.ssr.p3in >prefix.10k.fa.ssr.p3out    ##输出结果是prefix.10k.fa.ssr.p3out

4、p3_out.pl 对设计好的引物进行处理，生成自然阅读的格式 perl  p3_out.pl  prefix.10k.fa.ssr.p3out  prefix.10k.fa.misa    ##生成结果是prefix.10k.fa.ssr.p3out.primer.xls

2、misa统计SRR结果的更多相关文章

  1. spark处理大规模语料库统计词汇

    最近迷上了spark,写一个专门处理语料库生成词库的项目拿来练练手, github地址:https://github.com/LiuRoy/spark_splitter.代码实现参考wordmaker ...

  2. TFS 测试用例步骤数据统计

    TFS系统集成了一套BI系统,基于SQL Server的Analysis Service进行实现的.通过这几年的深入使用,能够感触到这个数据数据仓库模型是多么的优秀,和微软官方提供的数据仓库示例Adv ...

  3. java统计字符串单词的个数

    在一些项目中可能需要对一段字符串中的单词进行统计,我在这里写了一个简单的demo,有需要的同学可以拿去看一下. 本人没怎么写个播客,如果有啥说的不对的地方,你来打我啊 不说废话了直接贴代码: 实现代码 ...

  4. 统计iOS项目的总代码行数的方法

    打开终端, 用cd命令 定位到工程所在的目录,然后调用以下命名即可把每个源代码文件行数及总数统计出来: find . "(" -name "*.m" -or - ...

  5. 微信小程序二维码推广统计

    微信小程序可以通过生成带参数的二维码,那么这个参数是可以通过APP的页面进行监控的 这样就可以统计每个二维码的推广效果. 今天由好推二维码推出的小程序统计工具HotApp小程序统计也推出了带参数二维码 ...

  6. 微信小程序监控 - HotApp统计

    HotApp小程序统计,第一个专业的微信第三方小程序监控统计工具 1.什么是HotApp小程序统计 HotApp小程序统计是第一个微信第三方小程序统计工具,就像做android 和 ios开发的人知道 ...

  7. 有关“数据统计”的一些概念 -- PV UV VV IP跳出率等

    有关"数据统计"的一些概念 -- PV UV VV IP跳出率等 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 此文是本人工作中碰到的,随时记下来的零散概念,特此整理一下. ...

  8. SQL统计

    --按周统计SELECT TOP 10DATENAME(year,AddDate) 年,DATENAME(week,AddDate) 周,COUNT(1) 单量,SUM(total) 总金额,AVG( ...

  9. ASP.NET MVC5+EF6+EasyUI 后台管理系统（39）-在线人数统计探讨

    系列目录 基于web的网站在线统计一直处于不是很精准的状态!基本上没有一种方法可以确实的统计在线用户! Discuz!NT 在线用户功能算是做得比较好的!参考资料 他的原理大致是根据用户的操作间隔来确 ...

随机推荐

  1. 《程序员代码面试指南》第三章 二叉树问题 遍历二叉树的神级方法 morris

    题目 遍历二叉树的神级方法 morris java代码 package com.lizhouwei.chapter3; /** * @Description:遍历二叉树的神级方法 morris * @ ...

  2. python中reduce()函数

    reduce()函数也是Python内置的一个高阶函数.reduce()函数接收的参数和 map()类似,一个函数 f,一个list,但行为和 map()不同,reduce()传入的函数 f 必须接收 ...

  3. LINQ 学习路程 -- 查询操作 Conversion Operators

    Method Description AsEnumerable Returns the input sequence as IEnumerable<t> AsQueryable Conve ...

  4. java套接字实现接口访问

    是学校博客上的:http://blog.csdn.net/z69183787/article/details/17580325

  5. PHP基于单例模式编写PDO类的方法

    一.单例模式简介 简单的说,一个对象(在学习设计模式之前,需要比较了解面向对象思想)只负责一个特定的任务: 二.为什么要使用PHP单例模式? 1.php的应用主要在于数据库应用, 所以一个应用中会存在 ...

  6. JavaWEB - JSP 指令

  7. 机器学习：YOLO for Object Detection (一)

    最近看了基于CNN的目标检测另外两篇文章,YOLO v1 和 YOLO v2,与之前的 R-CNN, Fast R-CNN 和 Faster R-CNN 不同,YOLO 将目标检测这个问题重新回到了基 ...

  8. PS 滤镜——（扭曲）逆球面化 （凹陷效果）

    %%% Inverse_Spherize %%% 逆球面化 clc; clear all; close all; addpath('E:\PhotoShop Algortihm\Image Proce ...

  9. do-while-zero 结构在宏定义中的应用

    do while 语句在使用宏定义时是一个有用的技巧,说明如下: 假设有这样一个宏定义 #define macro(condition) / if(condition) dosomething() 现 ...

  10. ACM学习历程—CodeForces 601A The Two Routes（最短路）

    题目链接:http://codeforces.com/problemset/problem/601/A 题目大意是有铁路和陆路两种路,而且两种方式走的交通工具不能在中途相遇. 此外,有铁路的地方肯定没 ...