2、misa统计SRR结果

参考：

https://www.sogou.com/link?url=hedJjaC291NYNxVe4xgB4c3bUxXRMqZrT93cntTAgYfyBbRAdP9kIA..

https://liucheng.name/457/

官网下载：

https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=3&help=2  ##下载misa

https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=3&help=3  ##下载p3_in.pl  p3_out.pl

1、运用misa：perl  misa.pl  prefix.10k.fa  ##fa序列必须有两个点隔开 生成 ，并且misa.pl 的同一目录下有参数文件misa.ini  。生成结果prefix.10k.fa.misa , prefix.10k.fa.statistics

prefix.10k.fa.misa   ：以表格的形式列出微卫星的类型和位点；

prefix.10k.fa.statistics ：统计微卫星的类型和频数；

2、perl p3_in.pl prefix.10k.fa.misa   ##对prefix.10k.fa.misa 增加参数是适应primer3_core 的输入格式，输出结果是 prefix.10k.fa.ssr.p3in

3、primer3_core 运行生成 、home/renpp/biosoft/primer3/primer3_core <prefix.10k.fa.ssr.p3in >prefix.10k.fa.ssr.p3out    ##输出结果是prefix.10k.fa.ssr.p3out

4、p3_out.pl 对设计好的引物进行处理，生成自然阅读的格式 perl  p3_out.pl  prefix.10k.fa.ssr.p3out  prefix.10k.fa.misa    ##生成结果是prefix.10k.fa.ssr.p3out.primer.xls