官网地址:https://vcftools.github.io/examples.html

vcftools的软件下载:https://vcftools.github.io/examples.html

安装

第一种情况的:

tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz
export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/src/perl/
cd vcftools/
./configure
make
make install

第二种情况:

cd vcftools/
./autogen.sh
./configure
make
make install

 

使用

# 用vcftools软件将vcf格式围成genotype252.map和genotype252.ped两个文件
vcftools --vcf genotype_252_填补.hmp.vcf --plink --out genotype252

  

vcftools安装与使用的更多相关文章

  1. linux 安装SAMtools,bcftools,htslib,sratoolkit,bedtools,GATK,TrimGalore,qualimap,vcftools,bwa

    --------------------安装Samtools---------------------------------------------------------------------- ...

  2. UCSC genome browser 个人track 安装

    处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...

  3. Mac环境 安装brew

    一.brew官网主页上的方法: /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/insta ...

  4. bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )

    下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...

  5. docker——容器安装tomcat

    写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7 ...

  6. 网络原因导致 npm 软件包 node-sass / gulp-sass 安装失败的处理办法

    如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更 ...

  7. Sublime Text3安装JsHint

    介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Su ...

  8. Fabio 安装和简单使用

    Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的 ...

  9. gentoo 安装

    加载完光驱后 1进行ping命令查看网络是否通畅 2设置硬盘的标识为GPT(主要用于64位且启动模式为UEFI,还有一个是MBR,主要用于32位且启动模式为bois) parted -a optima ...

随机推荐

  1. 值得一做》关于并查集的进化题目 BZOJ1015(BZOJ第一页计划)(normal-)

    这道题和以前做过的一道经典的洪水冲桥问题很像,主要做法是逆向思维.(BZOJ第10道非SB题纪念) 先给出题目 Description 很久以前,在一个遥远的星系,一个黑暗的帝国靠着它的超级武器统治者 ...

  2. c++原型模式(Prototype)

    原型模式是通过已经存在的对象的接口快速方便的创建新的对象. #include <iostream> #include <string> using namespace std; ...

  3. 3.Hive中查看数据来源文件和具体位置方法

    虚拟列 -- 当 hive 产生了非预期的或 null 的时候,可以通过虚拟列进行诊断,判断哪行数据出现问题 INPUT__FILE__NAME     (输入文件名)map任务读入File的全路径 ...

  4. hdu 4678 Mine

    HDU 4678 把点开空地时会打开的一大片区域看成一块,题目中说到,在一盘游戏 中,一个格子不可能被翻开两次,说明任意两块空地不会包含相同的格子. 那么就可以看成一个组合游戏. 当空地旁边没连任何数 ...

  5. Entity Framework快速入门--直接修改(简要介绍ObjectContext处理机制)

    在介绍Entity Framework的修改实体到数据库的方法之前呢,我们先简要的介绍一下ObjectContext的处理机制. 1.ObjectContext的处理机制 ObjectContext是 ...

  6. [Lua快速了解一下]Lua的控制语句

    -Lua中没有++或者--的骚操作 -while loop sum = num = do sum = sum + num num = num + end print("sum =" ...

  7. easyui SWFUpload

    业务背景:实现一个用药人的增加功能,用药人信息中包含附件.如题所示,主要讨论easyui上传的实现.jsp页面代码(弹出框),一个简单的增加页面 div id=addMedicationDlg cla ...

  8. TSQL--SET ANSI_NULLS OFF

    当ANSI_NULLS 为ON时,遵循SQL92的标准,只能使用IS NULL 来判断值是否为NULL, 而不能使用=或<>来与NULL做比较,任何值包括NULL值与NULL值做=或< ...

  9. 申请免费通配符证书(Let's Encrypt)并绑定IIS(转载)

    本文转载自https://blog.csdn.net/qq_41608008/article/details/80491447 什么是 Let's Encrypt? 部署 HTTPS 网站的时候需要证 ...

  10. 一条命令深度清理你的mac

    一条命令深度清理你的mac mac 用了一段时间后很快发现硬盘空间不够了,就想找一些磁盘清理的工具,但是发现居然都是收费的. 就手工操作吧.方法其实非常简单. 就一条命令, cd / du -hd 5 ...