vcftools安装与使用
官网地址:https://vcftools.github.io/examples.html
vcftools的软件下载:https://vcftools.github.io/examples.html
安装
第一种情况的:
tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz
export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/src/perl/
cd vcftools/
./configure
make
make install
第二种情况:
cd vcftools/
./autogen.sh
./configure
make
make install
使用
# 用vcftools软件将vcf格式围成genotype252.map和genotype252.ped两个文件
vcftools --vcf genotype_252_填补.hmp.vcf --plink --out genotype252
vcftools安装与使用的更多相关文章
- linux 安装SAMtools,bcftools,htslib,sratoolkit,bedtools,GATK,TrimGalore,qualimap,vcftools,bwa
--------------------安装Samtools---------------------------------------------------------------------- ...
- UCSC genome browser 个人track 安装
处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...
- Mac环境 安装brew
一.brew官网主页上的方法: /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/insta ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- docker——容器安装tomcat
写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7 ...
- 网络原因导致 npm 软件包 node-sass / gulp-sass 安装失败的处理办法
如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更 ...
- Sublime Text3安装JsHint
介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Su ...
- Fabio 安装和简单使用
Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的 ...
- gentoo 安装
加载完光驱后 1进行ping命令查看网络是否通畅 2设置硬盘的标识为GPT(主要用于64位且启动模式为UEFI,还有一个是MBR,主要用于32位且启动模式为bois) parted -a optima ...
随机推荐
- win10 Kinect2 Visualstudio2015 opencv3环境搭建
1.下载kinect SDK ( Kinect for Windows SDK 2.0 ): https://www.microsoft.com/en-us/download/details.asp ...
- 由于挂载的nfs存储目录掉下线,导致创建VM时,无法创建
具体错误,如下截图 重新挂载存储后,在创建VM,将成功
- SpringMVC第二天
SpringMVC第二天 框架课程 1. 课程计划 1.高级参数绑定 a) 数组类型的参数绑定 b) List类型的绑定 2.@RequestMapping注解的使用 3.Controller方法 ...
- C调用C++接口
在cpp头文件里面声明函数 #ifndef _HEAD_ #define _HEAD_ #ifdef __cplusplus extern "C" { #endif #define ...
- BT下载的原理 和疑问
我心中有几个疑问,同时也搜索了点素材,肯能对理解问题有帮助. BT下载,即P2P下载,是一种不需要中心化服务器的下载,实现原理是,每个客户端在下载的时候也作为服务器. 我的疑问是,P2P各个节点是如何 ...
- 安装sql server 2008重启失败
sql server2008安装时提示重启计算机失败怎么办 安装SQL Server 2008时,经常会遇到这样一个问题,软件提示“重启计算机失败”,如果忽略的话,会给后面的安装带来很大的麻烦,这 ...
- 如何看待那些不能重现的bug?
在我们日常测试活动中,经常会发现一些bug,但是这些bug可能就是昙花一现,再也无法(或者很难)重现出来,内心灰常崩溃.那到底有哪些方面可能会导致这类的缺陷发生呢? 我以自己工作中所遇到的给出一些自己 ...
- leetcode N-Queens I && N-Queens II
第一个的代码: #include<iostream> #include<vector> using namespace std; bool isLegal(int i, int ...
- Ubuntu在用root账户使用xftp连接时提示拒绝连接
一般来说Linux不允许使用root账户连接,修改配置 vi /etc/ssh/sshd_config #Authentication: LoginGraceTime PermitRootLogin ...
- C#中的枚举使用
基本用法 默认从0开始分配各个枚举值对应的数字值 public enum VariableType { Type1, Type2 } 指定各个枚举值对应的数字值 public enum Variabl ...