1. FastqCount简介

快速实用小工具：FastqCount

https://github.com/zhimenggan/FastqCount

统计指标包括：

  • Total Reads
  • Total Bases
  • N Bases
  • Q20
  • Q30
  • GC

2. 使用

压缩文件可搭配pigz使用更香。

单个fastq(.gz)文件:

./FastqCount input.fastq

多文件：

pigz -dc R1.fastq.gz R2.fastq.gz | ./FastqCount - >seq.out &

3. 结果

使用FastqCount统计fastq文件基本信息？的更多相关文章

  1. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  2. 统计fastq文件中读段的数量

    mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$(( ...

  3. fastq文件基本信息统计工具

    之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里 ...

  4. 利用kseq.h parse fasta/fastq 文件

    在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时, ...

  5. 怎么统计指定文件夹下含有.xml格式的文件数目

    如何统计指定文件夹下含有.xml格式的文件数目?如题 ------解决思路----------------------Directory.GetFiles(@"路径", " ...

  6. shell 统计某个文件的行数命令

    语法:wc [选项] 文件- 说明:该命令统计给定文件中的字节数.字数.行数.如果没有给出文件名,则从标准输入读取.wc同时也给出所有指定文件的总统计数.字是由空格字符区分开的最大字符串. 该命令各选 ...

  7. 【原】Mac下统计任意文件夹中代码行数的工具——cloc

    这里介绍一个Mac系统统计代码行数的工具cloc. 1.首先,安装homebrew,已安装的请跳过. 打开终端工具Terminal,输入下列命令.过程中会让你按RETURN键以及输入mac桌面密码,按 ...

  8. windows 7 下,如何统计某文件夹下 视频总时长

    由于项目需要,我需要给系统加权限,这真是一个让人头疼的问题,如果要每个业务方法都加上权限判断逻辑,那真的不敢想象是多么大的工作量,日后有变动的话,我会不会发疯? 所以我必须利用之前学到的AOP编程,在 ...

  9. 用C语言实现统计一个文件夹中各种文件的比例

    <UNIX环境高级编程>中的程序清单4-7就介绍了如何实现递归地统计某个目录下面的文件!我刚开始看过它的代码后,觉得照着敲太没意思了,所以就合上书自己写了一遍!为此还写了一篇博文,这是博文 ...

随机推荐

  1. 微信小程序的发布流程

    一.背景 在中大型的公司里,人员的分工非常仔细,一般会有不同岗位角色的员工同时参与同一个小程序项目.为此,小程序平台设计了不同的权限管理使得项目管理者可以更加高效管理整个团队的协同工作 以往我们在开发 ...

  2. 了解 js 堆内存 、栈内存 。

    js中的堆内存与栈内存 在js引擎中对变量的存储主要有两种位置,堆内存和栈内存. 和java中对内存的处理类似,栈内存主要用于存储各种基本类型的变量,包括Boolean.Number.String.U ...

  3. 在Vue前端项目中，附件展示的自定义组件开发

    在Vue前端界面中,自定义组件很重要,也很方便,我们一般是把一些通用的界面模块进行拆分,创建自己的自定义组件,这样操作可以大大降低页面的代码量,以及提高功能模块的开发效率,本篇随笔继续介绍在Vue&a ...

  4. Noip模拟80 2021.10.18

    预计得分:5 实际得分:140?????????????? T1 邻面合并 我考场上没切掉的大水题....(证明我旁边的cty切掉了,并觉得很水) 然而贪心拿了六十,离谱,成功做到上一篇博客说的有勇气 ...

  5. 单片机stm32的5个时钟源的详细分析

    众所周知STM32有5个时钟源HSI.HSE.LSI.LSE.PLL,其实他只有四个,因为从上图中可以看到PLL都是由HSI或HSE提供的. 其中,高速时钟(HSE和HSI)提供给芯片主体的主时钟.低 ...

  6. 攻防世界 web5.disabled_button

    我觉得戴上手套按应该可以! 方法一: 打开网址,发现flag按钮无法点击,F12查看源代码,删除disabled=" ",flag就点击了. 方法二 POST请求, 先分析一下源代 ...

  7. 二进制小数 牛客网 程序员面试金典 C++ Python

    二进制小数 牛客网 程序员面试金典 题目描述 有一个介于0和1之间的实数,类型为double,返回它的二进制表示.如果该数字无法精确地用32位以内的二进制表示,返回"Error". ...

  8. evaluate-reverse-polist-notation leetcode C++

    Evaluate the value of an arithmetic expression in Reverse Polish Notation. Valid operators are+,-,*, ...

  9. best-time-to-buy-and-sell-stock leetcode C++

    Say you have an array for which the i th element is the price of a given stock on day i. If you were ...

  10. 『学了就忘』Linux基础 — 17、远程服务器关机及重启时的注意事项

    目录 1.为什么远程服务器不能关机 2.远程服务器重启时需要注意两点 3.不要在服务器访问高峰运行高负载命令 4.远程配置防火墙时不要把自己踢出服务器 5.指定合理的密码规范并定期更新 6.合理分配权 ...