1. FastqCount简介

快速实用小工具：FastqCount

https://github.com/zhimenggan/FastqCount

统计指标包括：

  • Total Reads
  • Total Bases
  • N Bases
  • Q20
  • Q30
  • GC

2. 使用

压缩文件可搭配pigz使用更香。

单个fastq(.gz)文件:

./FastqCount input.fastq

多文件：

pigz -dc R1.fastq.gz R2.fastq.gz | ./FastqCount - >seq.out &

3. 结果

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