$ dirname /home/train/00.incipient_data/data_for_gene_prediction_and_RNA-seq/240_rep2.fastq

/home/train/00.incipient_data/data_for_gene_prediction_and_RNA-seq

$ basename /home/train/00.incipient_data/data_for_gene_prediction_and_RNA-seq/240_rep2.fastq

240_rep2.fastq

reference

http://stackoverflow.com/questions/6121091/get-file-directory-path-from-filepath

http://stackoverflow.com/questions/3294072/bash-get-last-dirname-filename-in-a-file-path-argument

http://unix.stackexchange.com/questions/164125/stripping-directory-paths-to-get-file-names

http://www.unix.com/unix-for-dummies-questions-and-answers/2450-extract-only-file-name-full-path-file-name.html

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