C/C++的速度是Python和perl所无法比拟的,尤其对于处理超大的生物信息学文件来说。

最近在写一个最简单的fastq cut工具,Python简直慢到不能忍,8G的fastq.gz文件的cut需要6-7个小时,而C++则只需要15-20min,简直就不在一个量级。

当然,听说Python有个cpython机制,可以加快速度,但和纯C++还是有差距的。


C++的编译比较复杂,这里只能做个入门的介绍。

在linux环境下编译C++ 程序

g++编译命令选项

学习linux之 gcc/g++常用的命令行编译指令

Makefile机制

Linux的库好复杂,现在都没搞懂。

export SOFTWARE=software
export PATH=$SOFTWARE/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$SOFTWARE/lib64:$SOFTWARE/lib:/usr/lib64:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH:$SOFTWARE/opt/lib
export LD_RUN_PATH=$SOFTWARE/lib:$LD_RUN_PATH
export CPATH=$SOFTWARE/include:$CPATH #include path for gcc
export LIBRARY_PATH=$SOFTWARE/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$SOFTWARE/share/man:$MANPATH
export PKG_CONFIG_PATH=$SOFTWARE/lib64/pkgconfig/:$SOFTWARE/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
# export PERL5LIB=$SOFTWARE/lib/perl5:$SOFTWARE/lib/perl5/site_perl/5.8.8:$PERL5LIB

LD_LIBRARY_PATH,configure的时候要依赖很多so动态库,需要加载。

configure机制

linux下编译C/C++ 程序的更多相关文章

  1. 在64位linux下编译32位程序

    在64位linux下编译32位程序 http://blog.csdn.net/xsckernel/article/details/38045783

  2. linux下编译运行C程序

    GCC是Linux操作系统下一个非常重要的源代码编译工具,有着许多重要的选项,支持许多不同语言的编译,如C.C++.Ada.Fortran.Objective.Perl.Python.Ruby以及Ja ...

  3. 在linux下编译运行C++程序

    头一回...把windows下的程序挪到linux下,代码见这篇随笔 1.编译ZTHREAD,使用./configure失败,直接编译的,方法还是上面提到的那篇随笔 2.编译源码,最开始用的cc,后来 ...

  4. linux下编译原理分析

    linux下编译hello.c 程序,使用gcc hello.c,然后./a.out就能够执行:在这个简单的命令后面隐藏了很多复杂的过程,这个过程包含了以下的步骤: ================= ...

  5. 如何用javac 和java 编译运行整个Java工程 (转载)【转】在Linux下编译与执行Java程序

    如何用javac 和java 编译运行整个Java工程 (转载)  http://blog.csdn.net/huagong_adu/article/details/6929817 [转]在Linux ...

  6. linux下编译安装vim7.4并安装clang_complete插件

    linux下编译安装vim7.4并安装clang_complete插件 因为debian里软件仓库中下载安装的vim是不支持python写的插件的(可以打开vim,在命令模式先输入:py测试一下),导 ...

  7. 如何在Kali Linux下编译Windows Exploit

    前言 微软的Windows在企业或是个人应用领域占据着最大的市场份额,在渗透测试过程中你会经常遇到很多Windows的工作站和服务器.另一方面,大多数渗透测试人员主要使用基于Linux的发行版渗透测试 ...

  8. linux下编译qt5.6.0静态库——configure配置

    linux下编译qt5.6.0静态库 linux下编译qt5.6.0静态库 configure生成makefile 安装选项 Configure选项 第三方库: 附加选项: QNX/Blackberr ...

  9. linux下编译安装boost库

    linux下编译安装boost库 linux下编译安装boost库 1.下载并解压boost 1.58 源代码 下载 解压 2.运行bootstrap.sh 3.使用b2进行构建 构建成功的提示 4. ...

随机推荐

  1. 谷歌zxing 二维码生成工具

    一.加入maven依赖 <!-- 谷歌zxing 二维码 --> <dependency> <groupId>com.google.zxing</groupI ...

  2. 【python38--面向对象继承】

    一.继承 1.语法:class DerivedClassName(BaseClassName):子类继承父类 >>> class Parent: def hello(self): p ...

  3. nginx: [emerg] BIO_new_file("/etc/nginx/ssl_key/server.crt") failed (SSL: error:02001002:syste

    Centos 7.5 nginx+web集群配置https报错 报错信息: [root@lb01 conf.d]# nginx -tnginx: [emerg] BIO_new_file(" ...

  4. Restful framework【第一篇】RESTful 规范

    什么是RESTful REST与技术无关,代表的是一种软件架构风格,REST是Representational State Transfer的简称,中文翻译为“表征状态转移” REST从资源的角度类审 ...

  5. win10+vscode部署java开发环境

    目录 Java开发插件配置: 调试: 快捷键: 启动配置文件launch.json: 启动配置说明: Launch: Attach: User Setting: 遇到的问题: 参考: Java开发插件 ...

  6. (转)mblog解读(一)

    (二期)11.开源博客项目mblog解读(一) [课程11]图片上传模块.xmind54.6KB [课程11]消息发...通知.xmind55.2KB [课程11]异常处理分析.xmind95.4KB ...

  7. 【C#】扩展方法浅谈

    C#3 引入的扩展方法这一个理念. 扩展方法最明显的特征是在方法参数中第一个参数有this声明. 其实C#库中有很多已经是扩展方法了.比如linq中对序列使用的查询语句, where, select等 ...

  8. 用spring tool suite插件创建spring boot项目时报An internal error occurred during: "Building UI model". com/google/common/

    本文为博主原创,未经允许不得转载 在用spring tool suite创建spring boot项目时,报一下异常: 查阅很多资料之后发现是因为装的spring tool suite的版本与ecli ...

  9. JavaScript中的方法事件和函数的方法的三种方法

    js中的很多事件  而事件相对应的就是方法(函数 )那么今天所说的就是这三种方法      已onclick事件为例 1: 基本方法 <div id="a" onclick= ...

  10. BZOJ 2754 【SCOI2012】 喵星球上的点名

    题目链接:喵星球上的点名 首先可以发现姓和名两个串就是逗你玩的.在两个串中间插入一个\(10001\),当成一个串做就可以了. 于是我们的问题转化为了: 有\(n\)个串\(A_1,A_2,\dots ...