cutadapt

参考:用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头

fastqc可以用于检测,检测出来了怎么办?

看了几篇高水平文章,有不少再用cutadapt,虽然有时候数据真的不错,但是还是要质控一下,修剪一下。

cutadapt -a ADAPTER_FWD -A ADAPTER_REV -o out.1.fastq -p out.2.fastq reads.1.fastq reads.2.fastq

  

待续~

质控工具之cutadapt的使用方法的更多相关文章

  1. ROS_Kinetic_14 ROS工具roswtf的基本使用方法等

    ROS_Kinetic_14 ROS工具roswtf的基本使用方法 官网教程:http://wiki.ros.org/cn/ROS/Tutorials/Getting%20started%20with ...

  2. Newtonsoft.Json C# Json序列化和反序列化工具的使用、类型方法大全 C# 算法题系列(二) 各位相加、整数反转、回文数、罗马数字转整数 C# 算法题系列(一) 两数之和、无重复字符的最长子串 DateTime Tips c#发送邮件,可发送多个附件 MVC图片上传详解

    Newtonsoft.Json C# Json序列化和反序列化工具的使用.类型方法大全   Newtonsoft.Json Newtonsoft.Json 是.Net平台操作Json的工具,他的介绍就 ...

  3. iSkysoft iMedia Converter Deluxe Mac如何制作视频?视频格式转换工具制作动图的方法

    使用iSkysoft iMedia Converter Deluxe Mac如何制作视频?使用视频格式转换工具,你可以轻松进行动图或视频的制作,也可以把你喜欢的视频的某一段提取出来,制作成你自己风格的 ...

  4. 质控工具之TrimGalore使用方法

    TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用. 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大 ...

  5. Google软件构建工具Bazel原理及使用方法介绍

    近期,Google开源了强大的自动化构建工具Bazel. 正好博主近期在使用china版的Bazel--腾讯自主开发的Blade,所以准备跟大家分享一下Google Bazel这个分布式构建系统的原理 ...

  6. charles抓包工具的中文乱码解决方法

    charles是 MAC上最好用的抓包工具.charles 网上的参考文档已经很多,我就不再赘述啦.只是说说我在安装过程遇到的问题和解决方法,仅供参考. charles抓包的数据中的中文内容显示乱码, ...

  7. 为Autodesk Viewer添加自定义工具条的更好方法

    上一篇文章中我介绍了使用Autodesk Viewer的UI API来给viewer添加自定义工具条的方法,看起来很简单是吧.不过有个问题,就是关于自定义工具条的信息(包括按钮的文本.图标.样式.ca ...

  8. ADB工具和手机抓包方法介绍

    Android抓包方法 工具包内容如下:(下载地址:http://download.csdn.net/download/yezhaohui2011/8368061) adb ——谷歌提供的安卓远程调试 ...

  9. Android基础知识02—安卓日志工具LogCat的五种方法

    --------Android 02-------- >>> Android的日志工具LogCat    五个方法,记录信息的级别不一样,从低到高为:    1.Log.v()-日志 ...

随机推荐

  1. java的MVC与C#

    Views: @{ Layout = "~/Views/Shared/_Layout.cshtml"; } @{ ViewBag.Title = "Index" ...

  2. bash 变量

    本地变量: 变量赋值:name=value 变量引用:${name}  , $name "":变量名会替换为其值 '':变量名不会替换为其值 查看变量: set 撤销变量:unse ...

  3. Eclipse java项目将普通文件转化为Source文件的操作

    前提:该项目中已经将原有的Source folder删除掉. 右键单击普通文件>Build path>Use as Source Folder.

  4. FJUT3568 中二病也要敲代码(线段树维护区间连续最值)题解

    题意:有一个环,有1~N编号,m次操作,将a位置的值改为b,问你这个环当前最小连续和多少(不能全取也不能不取) 思路:用线段树维护一个区间最值连续和.我们设出两个变量Lmin,Rmin,Mmin表示区 ...

  5. A^B mod C (快速幂+快速乘+取模)题解

    A^B mod C Given A,B,C, You should quickly calculate the result of A^B mod C. (1<=A,B,C<2^63). ...

  6. 大明A+B(大数相加)解题报告

    Problem Description 话说,经过了漫长的一个多月,小明已经成长了许多,所以他改了一个名字叫"大明". 这时他已经不是那个只会做100以内加法的那个"小明 ...

  7. .NET Standard vs. .NET Core

    What is the difference between .NET Core and .NET Standard Class Library project types? Answer1 When ...

  8. leetcode 04 Median of Two Sorted Arrays

    n1 为 num1的 len n2 为 num2的 len 故中间的数应该是 k = (n1 + n2 + 1) / 2 二分 num1中位置 m1 , 故 num2的位置为m2 必须保证 nums1 ...

  9. R class of subset of matrix and data.frame

    a = matrix(     c(2, 4, 3, 1, 5, 7), # the data elements     nrow=2,              # number of rows   ...

  10. oracle 之创建定时器

    ---创建定时执行任务declare job20 number;beginsys.dbms_job.submit(job20,'test1;',sysdate,'sysdate+1/1440');en ...