cutadapt

参考:用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头

fastqc可以用于检测,检测出来了怎么办?

看了几篇高水平文章,有不少再用cutadapt,虽然有时候数据真的不错,但是还是要质控一下,修剪一下。

cutadapt -a ADAPTER_FWD -A ADAPTER_REV -o out.1.fastq -p out.2.fastq reads.1.fastq reads.2.fastq

  

待续~

质控工具之cutadapt的使用方法的更多相关文章

  1. ROS_Kinetic_14 ROS工具roswtf的基本使用方法等

    ROS_Kinetic_14 ROS工具roswtf的基本使用方法 官网教程:http://wiki.ros.org/cn/ROS/Tutorials/Getting%20started%20with ...

  2. Newtonsoft.Json C# Json序列化和反序列化工具的使用、类型方法大全 C# 算法题系列(二) 各位相加、整数反转、回文数、罗马数字转整数 C# 算法题系列(一) 两数之和、无重复字符的最长子串 DateTime Tips c#发送邮件,可发送多个附件 MVC图片上传详解

    Newtonsoft.Json C# Json序列化和反序列化工具的使用.类型方法大全   Newtonsoft.Json Newtonsoft.Json 是.Net平台操作Json的工具,他的介绍就 ...

  3. iSkysoft iMedia Converter Deluxe Mac如何制作视频?视频格式转换工具制作动图的方法

    使用iSkysoft iMedia Converter Deluxe Mac如何制作视频?使用视频格式转换工具,你可以轻松进行动图或视频的制作,也可以把你喜欢的视频的某一段提取出来,制作成你自己风格的 ...

  4. 质控工具之TrimGalore使用方法

    TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用. 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大 ...

  5. Google软件构建工具Bazel原理及使用方法介绍

    近期,Google开源了强大的自动化构建工具Bazel. 正好博主近期在使用china版的Bazel--腾讯自主开发的Blade,所以准备跟大家分享一下Google Bazel这个分布式构建系统的原理 ...

  6. charles抓包工具的中文乱码解决方法

    charles是 MAC上最好用的抓包工具.charles 网上的参考文档已经很多,我就不再赘述啦.只是说说我在安装过程遇到的问题和解决方法,仅供参考. charles抓包的数据中的中文内容显示乱码, ...

  7. 为Autodesk Viewer添加自定义工具条的更好方法

    上一篇文章中我介绍了使用Autodesk Viewer的UI API来给viewer添加自定义工具条的方法,看起来很简单是吧.不过有个问题,就是关于自定义工具条的信息(包括按钮的文本.图标.样式.ca ...

  8. ADB工具和手机抓包方法介绍

    Android抓包方法 工具包内容如下:(下载地址:http://download.csdn.net/download/yezhaohui2011/8368061) adb ——谷歌提供的安卓远程调试 ...

  9. Android基础知识02—安卓日志工具LogCat的五种方法

    --------Android 02-------- >>> Android的日志工具LogCat    五个方法,记录信息的级别不一样,从低到高为:    1.Log.v()-日志 ...

随机推荐

  1. hdu 1151 Air Raid - 二分匹配

    Consider a town where all the streets are one-way and each street leads from one intersection to ano ...

  2. Jmeter在Linux下执行

    1.上传jmeter文件到服务器上(最好自己建一个文件夹:如:mkidr yzb_jmeter) 2.上传jmeter脚本到yzb_jmeter,并修改权限:chmod +x 脚本文件 3.修改统计的 ...

  3. Eclipse git commit错误;Committing changes has encountered a problem An Internal error occured

    背景 在使用eclipse时,使用git commit 提交代码时,出项如下错误 解决方法 在工程目录下找到 .git 文件夹 ,找到里面的 index.lock 文件,然后删掉这个文件就可以了,如下 ...

  4. ODAC(V9.5.15) 学习笔记(四)TMemDataSet (3)

    3.其他 名称 类型 说明 GetBlob TBlob 按照字段名获取当前数据集中某个Blob类型的字段值,并以TBlob对象形式返回 Prepared Boolean 检查Query的SQL是否已准 ...

  5. 编译openwrt时总是报错“staging_dir/target-aarch64_generic_glibc/stam$/.tools_compile_yynyyyyynyyyyynyynnyyyynyyyyyyyyyyyyyyynyynynnyyynny' failed”

    1. 详细错误如下: tools/Makefile:146: recipe for target '/home/jello/openwrt/staging_dir/target-aarch64_gen ...

  6. SpringBoot 全局统一记录日志

    1.记录日志 使用aop来记录controller中的请求返回日志 pom.xml引入: <dependency> <groupId>org.springframework.b ...

  7. nowcoder 合并回文子串

    链接:https://www.nowcoder.com/acm/contest/6/C来源:牛客网题目输入两个字符串A和B,合并成一个串C,属于A和B的字符在C中顺序保持不变.如"abc&q ...

  8. entity framework浅谈

    1. 什么是EF 微软提供的ORM工具. ORM让开发人员节省数据库访问代码的时间. 将更多的时间放在业务逻辑层面上. 开发人员使用linq语言, 对数据库进行操作. 2. EF的使用场景 EF有三种 ...

  9. PS与PL协同设计

    https://blog.csdn.net/Fei_Yang_YF/article/details/79676172 什么是PS和PL ZYNQ-7000是Xilinx推出的一款全可编程片上系统(Al ...

  10. 总结Javascript中数组各种去重的方法

    相信大家都知道网上关于Javascript中数组去重的方法很多,这篇文章给大家总结Javascript中数组各种去重的方法,相信本文对大家学习和使用Javascript具有一定的参考借鉴价值,有需要的 ...