cutadapt

参考:用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头

fastqc可以用于检测,检测出来了怎么办?

看了几篇高水平文章,有不少再用cutadapt,虽然有时候数据真的不错,但是还是要质控一下,修剪一下。

cutadapt -a ADAPTER_FWD -A ADAPTER_REV -o out.1.fastq -p out.2.fastq reads.1.fastq reads.2.fastq

  

待续~

质控工具之cutadapt的使用方法的更多相关文章

  1. ROS_Kinetic_14 ROS工具roswtf的基本使用方法等

    ROS_Kinetic_14 ROS工具roswtf的基本使用方法 官网教程:http://wiki.ros.org/cn/ROS/Tutorials/Getting%20started%20with ...

  2. Newtonsoft.Json C# Json序列化和反序列化工具的使用、类型方法大全 C# 算法题系列(二) 各位相加、整数反转、回文数、罗马数字转整数 C# 算法题系列(一) 两数之和、无重复字符的最长子串 DateTime Tips c#发送邮件,可发送多个附件 MVC图片上传详解

    Newtonsoft.Json C# Json序列化和反序列化工具的使用.类型方法大全   Newtonsoft.Json Newtonsoft.Json 是.Net平台操作Json的工具,他的介绍就 ...

  3. iSkysoft iMedia Converter Deluxe Mac如何制作视频?视频格式转换工具制作动图的方法

    使用iSkysoft iMedia Converter Deluxe Mac如何制作视频?使用视频格式转换工具,你可以轻松进行动图或视频的制作,也可以把你喜欢的视频的某一段提取出来,制作成你自己风格的 ...

  4. 质控工具之TrimGalore使用方法

    TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是却非常实用. 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂,光接头类型就有5种,还有各种参数,大 ...

  5. Google软件构建工具Bazel原理及使用方法介绍

    近期,Google开源了强大的自动化构建工具Bazel. 正好博主近期在使用china版的Bazel--腾讯自主开发的Blade,所以准备跟大家分享一下Google Bazel这个分布式构建系统的原理 ...

  6. charles抓包工具的中文乱码解决方法

    charles是 MAC上最好用的抓包工具.charles 网上的参考文档已经很多,我就不再赘述啦.只是说说我在安装过程遇到的问题和解决方法,仅供参考. charles抓包的数据中的中文内容显示乱码, ...

  7. 为Autodesk Viewer添加自定义工具条的更好方法

    上一篇文章中我介绍了使用Autodesk Viewer的UI API来给viewer添加自定义工具条的方法,看起来很简单是吧.不过有个问题,就是关于自定义工具条的信息(包括按钮的文本.图标.样式.ca ...

  8. ADB工具和手机抓包方法介绍

    Android抓包方法 工具包内容如下:(下载地址:http://download.csdn.net/download/yezhaohui2011/8368061) adb ——谷歌提供的安卓远程调试 ...

  9. Android基础知识02—安卓日志工具LogCat的五种方法

    --------Android 02-------- >>> Android的日志工具LogCat    五个方法,记录信息的级别不一样,从低到高为:    1.Log.v()-日志 ...

随机推荐

  1. NOI 2007 货币兑换Cash (bzoj 1492) - 斜率优化 - 动态规划 - CDQ分治

    Description 小Y最近在一家金券交易所工作.该金券交易所只发行交易两种金券:A纪念券(以下简称A券)和 B纪念券(以下 简称B券).每个持有金券的顾客都有一个自己的帐户.金券的数目可以是一个 ...

  2. C语言实现随机生成0~100的数

    #include <iostream> #include <time.h> int main() { srand((unsigned)time(NULL));//srand() ...

  3. 尚硅谷面试第一季-07Spring Bean的作用域之间有什么区别

    目录结构: 关键性代码: beans.xml <!-- ★bean的作用域 可以通过scope属性来指定bean的作用域 -singleton:默认值.当IOC容器一创建就会创建bean的实例, ...

  4. SVM学习笔记1-问题定义

    问题定义: 给出一些样本,包含两类.svm试图找到一个超平面,将数据分开,并且每种样本到超平面的距离的最小值最大. 输入样本:$\{x_{i},y_{i}| 1\leq i\leq n \}$,$y_ ...

  5. 用uniGUI做B/S下业务系统的产品原型体验

    从10月份到重庆工作后,一直忙于工作,感兴趣的几个方面的技术都处于暂停. 一个多月来,按照公司要求在做B/S集中式基卫产品的原型,主要是画原型图,开始是用Axure,弄来弄去感觉功能还是弱了些,尤其是 ...

  6. C Primer Plus 创建友好的输入界面 笔记

    看代码 char inputFunCode; while(inputFunCode = getchar()){ '){ printf("you choose string conn\n&qu ...

  7. R语言 apply,sapply,lapply,tapply,vapply, mapply的用法

    apply() apply(m,dimcode,f,fargs) m 是一个矩阵. dimcode是维度编号,取1则为对行应用函数,取2则为对列运用函数. f是函数 fargs是f的可选参数集 > ...

  8. Hierarchical Question-Image Co-Attention for Visual Question Answering

    Hierarchical Question-Image Co-Attention for Visual Question Answering NIPS 2016 Paper: https://arxi ...

  9. 剥开比原看代码12:比原是如何通过/create-account-receiver创建地址的?

    作者:freewind 比原项目仓库: Github地址:https://github.com/Bytom/bytom Gitee地址:https://gitee.com/BytomBlockchai ...

  10. AngularJS 笔记1

    2017-03-23 本文更新链接: http://www.cnblogs.com/daysme/p/6606805.html 什么是 angularjs 2009年有两个外国人创建,后由谷歌收购并开 ...