初始数据类似如下:



填充下缺失值

data[data==0] <- NA
data[is.na(data)] <- min(data,na.rm = T)*0.01
pheatmap(log10(data)) pheatmap(data,scale = "row")

直接取log绘制不报错,但做scale时报错:

Error in hclust(d, method = method) :
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

原因是数据中有标准差sd为0的行,做归一化时报错。pheatmap中做归一化采用的是scale方法:



因此如果要做scale,需要将这样的行去掉:

test <- data[apply(data, 1, function(x) sd(x)!=0),]
pheatmap(test,scale = "row")

Ref:

https://stackoverflow.com/questions/30350438/pheatmap-scale-row-giving-error-in-hclustd-method-method-na-nan-inf-in

https://zhuanlan.zhihu.com/p/30518877

【pheatmap热图scale报错】Error in hclust(d, method = method):NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)的更多相关文章

  1. python抓取不得姐动图(报错 urllib.error.HTTPError: HTTP Error 403: Forbidden)

    抓取不得姐动图(报错) # -*- coding:utf-8 -*- #__author__ :kusy #__content__:文件说明 #__date__:2018/7/23 17:01 imp ...

  2. 运行编译后的程序报错 error while loading shared libraries: lib*.so: cannot open shared object file: No such file or directory

    运行编译后的程序报错  error while loading shared libraries: lib*.so: cannot open shared object file: No such f ...

  3. 在使用 Git pull 时候报错 error: inflate

    在使用 Git pull 时候报错 error: inflate 具体的错误是 这样的 error: inflate: data stream error (unknown compression m ...

  4. LR调试脚本的时候报错Error -27796:(已解决)

    LR调试bbs脚本的时候报错: 1.Error -27796: Failed to connect to server "192.168.211.128:80": [10060] ...

  5. linux使用wkhtmltopdf报错error while loading shared libraries:

    官网提示 linux需要这些动态库.depends on: zlib, fontconfig, freetype, X11 libs (libX11, libXext, libXrender) 在li ...

  6. 发布报错:Error ITMS-90635 - Invalid Mach-O in bundle - submitting to App store

    发布报错:Error ITMS-90635 - Invalid Mach-O in bundle - submitting to App store 昨晚上传项目到AppStore,报了这个错,纳尼! ...

  7. 升级到macOS 10.12 mysqlb报错ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)

    系统升级到macOS 10.12后启动mysql后,在终端输入mysql 报错ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' ...

  8. inoic start projectname sidemenu报错 - Error: Cannot find module 'lodash._baseslice'

    inoic start projectname sidemenu报错 - Error: Cannot find module 'lodash._baseslice' 在公司的电脑上出现过这个错误,后来 ...

  9. CentOS命令登录MySQL时,报错ERROR 1045 (28000):

    CentOS命令登录MySQL时,报错ERROR 1045 (28000): Access denied for user root@localhost (using password: NO)错误解 ...

随机推荐

  1. [no code][scrum meeting] Beta 11

    $( "#cnblogs_post_body" ).catalog() 例会时间:5月26日11:30,主持者:肖思炀 下次例会时间:5月27日11:30,主持者:乔玺华 一.工作 ...

  2. 使用Egg改造订单系统展示效果,方便快速浏览

    素材准备: 1.Egg.js Born to build better enterprise frameworks and apps with Node.js & Koa 为企业级框架和应用而 ...

  3. amba web

    arm amba doc https://developer.arm.com/docs

  4. CDP客户数据管理平台体系化搭建

    一.Cdp系统简介 1.基本概念 客户数据平台(Customer-Data-Platform),简称CDP:通过采集多方客户数据(主体与线索)等,从而进行精准的客户分析和人群细分,进而实现高效的客户维 ...

  5. Spring Cloud 微服务实战——nacos 服务注册中心搭建(附源码)

    作为微服务的基础功能之一的注册中心担任重要的角色.微服务将单体的服务拆分成不同的模块下的服务,而不同的模块的服务如果进行通信调用呢?这就需要服务注册与发现.本文将使用阿里开源项目 nacos 搭建服务 ...

  6. Zabbix webhook 自定义报警媒介

    场景一:使用企业微信机器人报警 图中的token是:在群组中添加机器人,机器人的webhook地址的key var Wechat = { token: null, to: null, message: ...

  7. docker 简单总结

    一.docker 安装 yum 方式在centos和rhce上的安装条件: 要安装Docker引擎,你需要一个维护版本的CentOS 7或8.不支持或测试存档版本.必须启用centos-extras存 ...

  8. go输入Hello word

    package main import "fmt" func main() {     fmt.Println("hello word") } 输入hello ...

  9. 大爽Python入门教程 0-4 安装Pycharm

    大爽Python入门公开课教案 点击查看教程总目录 安装重量级IDE--Pycharm 一 下载 下面步骤1,2中网络卡顿的朋友, 请直接前往步骤3来下载. 使用搜索引擎搜索Pycharm, 打开搜索 ...

  10. Hadoop HA集群 与 开发环境部署

    每一次 Hadoop 生态的更新都是如此令人激动 像是 hadoop3x 精简了内核,spark3 在调用 R 语言的 UDF 方面,速度提升了 40 倍 所以该文章肯定得配备上最新的生态 hadoo ...