如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

庐州月光

如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候，大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取，所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可；

那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢？

在UCSC数据库中，提供了3'UTR区序列的下载，以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列

链接：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

按下图所示进行选择

点击get output 按钮，在弹出的页面选择 genomic

点击 submit 按钮，在弹出的页面勾选需要的区域，这里我们只选择 3'UTR区域

然后点击下方的get sequence 按钮，在浏览器中保存文件即可。

UCSC为我们提供了自动化的下载转录本特定区域的功能，如果我们自己来完成这件事，又该如何去做？

其实只需要两步：

１）第一步，确定每个ｍＲＮＡ的3' UTR区在基因组上的位置；

2） 第二步，根据基因组上的位置，从基因组上提取对应的序列就可以了；

如何定义一个转录本的3’UTR区呢，我们看UCSC是如何定义的，

以转录本NM_033487 为例，从UCSC下载的该转录本的序列为

利用NCBI的 nucleotide 数据库检索该转录本序列，链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_033487

在对应的页面可以看到 该转录本的ploy A 尾开始的位置为2824；

在对应的序列中，可以看出poly A 尾之前的5bp的序列为aggaa, 和 UCSC对应的3’UTR区是一致的

从UCSC下载的3’UTR序列的长度为523bp,对应的的基因组位置为 chr1:1570603-1571125；