mRNA翻译成蛋白
dna = "ATGCACGTGCGCTCACTGCGAGCTGCGGCGCCGCACAGCTTCGTGGCGCTCTGGGCACCCCTGTTCCTGCTGCGCTCCGCCCTGGCCGACTTCAGCCTGGACAACGAGGTGCACTCGAGCTTCATCCACCGGCGCCTCCGCAGCCAGGAGCGGCGGGAGATGCAGCGCGAGATCCTCTCCATTTTGGGCTTGCCCCACCGCCCGCGCCCGCACCTCCAGGGCAAGCACAACTCGGCACCCATGTTCATGCTGGACCTGTACAACGCCATGGCGGTGGAGGAGGGCGGCGGGCCCGGCGGCCAGGGCTTCTCCTACCCCTACAAGGCCGTCTTCAGTACCCAGGGCCCCCCTCTGGCCAGCCTGCAAGATAGCCATTTCCTCACCGACGCCGACATGGTCATGAGCTTCGTCAACCTCGTGGAACATGACAAGGAATTCTTCCACCCACGCTACCACCATCGAGAGTTCCGGTTTGATCTTTCCAAGATCCCAGAAGGGGAAGCTGTCACGGCAGCCGAATTCCGGATCTACAAGGACTACATCCGGGAACGCTTCGACAATGAGACGTTCCGGATCAGCGTTTATCAGGTGCTCCAGGAGCACTTGGGCAGGGAATCGGATCTCTTCCTGCTCGACAGCCGTACCCTCTGGGCCTCGGAGGAGGGCTGGCTGGTGTTTGACATCACAGCCACCAGCAACCACTGGGTGGTCAATCCGCGGCACAACCTGGGCCTGCAGCTCTCGGTGGAGACGCTGGATGGGCAGAGCATCAACCCCAAGTTGGCGGGCCTGATTGGGCGGCACGGGCCCCAGAACAAGCAGCCCTTCATGGTGGCTTTCTTCAAGGCCACGGAGGTCCACTTCCGCAGCATCCGGTCCACGGGGAGCAAACAGCGCAGCCAGAACCGCTCCAAGACGCCCAAGAACCAGGAAGCCCTGCGGATGGCCAACGTGGCAGAGAACAGCAGCAGCGACCAGAGGCAGGCCTGTAAGAAGCACGAGCTGTATGTCAGCTTCCGAGACCTGGGCTGGCAGGACTGGATCATCGCGCCTGAAGGCTACGCCGCCTACTACTGTGAGGGGGAGTGTGCCTTCCCTCTGAACTCCTACATGAACGCCACCAACCACGCCATCGTGCAGACGCTGGTCCACTTCATCAACCCGGAAACGGTGCCCAAGCCCTGCTGTGCGCCCACGCAGCTCAATGCCATCTCCGTCCTCTACTTCGATGACAGCTCCAACGTCATCCTGAAGAAATACAGAAACATGGTGGTCCGGGCCTGTGGCTGCCACTAG" def trabslate_dna(sequence):
start_codon = 'ATG'
stop_codon = ('TAA', 'TAG', 'TGA' )
codontable = {
'ATA': 'I', 'ATC': 'I', 'ATT': 'I', 'ATG': 'M',
'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACT': 'T',
'AAC': 'N', 'AAT': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K',
'AGC': 'S', 'AGT': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R',
'CTA': 'L', 'CTC': 'L', 'CTG': 'L', 'CTT': 'L',
'CCA': 'P', 'CCC': 'P', 'CCG': 'P', 'CCT': 'P',
'CAC': 'H', 'CAT': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q',
'CGA': 'R', 'CGC': 'R', 'CGG': 'R', 'CGT': 'R',
'GTA': 'V', 'GTC': 'V', 'GTG': 'V', 'GTT': 'V',
'GCA': 'A', 'GCC': 'A', 'GCG': 'A', 'GCT': 'A',
'GAC': 'D', 'GAT': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E',
'GGA': 'G', 'GGC': 'G', 'GGG': 'G', 'GGT': 'G',
'TCA': 'S', 'TCC': 'S', 'TCG': 'S', 'TCT': 'S',
'TTC': 'F', 'TTT': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L',
'TAC': 'Y', 'TAT': 'Y', 'TAA': '_', 'TAG': '_',
'TGC': 'C', 'TGT': 'C', 'TGA': '_', 'TGG': 'W'
}
start = sequence.find(start_codon)
codons = [] # Create a codon list to store codons generated from coding seq.
for i in range(start, len(sequence), ):
if sequence[i:i+] in stop_codons:
break
if sequence[i:i+] in codontable.keys():
codons.append(sequence[i:i+])
protein_sequence = ''.join([codontable[codon] for codon in codons]) #Translate condons to protein seq.
return "{0}_".format(protein_sequence) protein_seq = translate_DNA(dna)
print(protein_seq)
备注:文章摘自微信公众号“果子学生信”
mRNA翻译成蛋白的更多相关文章
- 利用BioPerl将DNA序列翻译成蛋白序列
转自 https://www.plob.org/article/4603.html 具体请去上面的网页查看. my $DNA="ATGCCCGGT";my $pep=&Tr ...
- 【探索】机器指令翻译成 JavaScript
前言 前些时候研究脚本混淆时,打算先学一些「程序流程」相关的概念.为了不因太枯燥而放弃,决定想一个有趣的案例,可以边探索边学. 于是想了一个话题:尝试将机器指令 1:1 翻译 成 JavaScript ...
- 机器指令翻译成 JavaScript —— No.2 跳转处理
上一篇,我们发现大多数 6502 指令都可以直接 1:1 翻译成 JS 代码,但除了「跳转指令」. 跳转指令,分无条件跳转.条件跳转.从另一个角度,也可分: 静态跳转:目标地址已知 动态跳转:目标地址 ...
- 机器指令翻译成 JavaScript —— No.3 流程分割
上一篇 我们讨论了跳转指令,并实现「正跳转」的翻译,但最终困在「负跳转」上.而且,由于线程模型的差异,我们不能 1:1 的翻译,必须对流程进行一些改造. 当初之所以选择翻译,而不是模拟,就是出于性能考 ...
- 机器指令翻译成 JavaScript —— No.4 动态跳转
上一篇,我们用模拟流程的方式,解决了跳转问题. 不过静态跳转,好歹事先是知道来龙去脉的.而动态跳转,只有运行时才知道要去哪.既然流程都是未知的,翻译从何谈起? 动态跳转,平时出现的多吗?非常多!除了 ...
- 机器指令翻译成 JavaScript —— No.5 指令变化
上一篇,我们通过内置解释器的方案,解决任意跳转的问题.同时,也提到另一个问题:如果指令发生变化,又该如何应对. 指令自改 如果指令加载到 RAM 中,那就和普通数据一样,也是可以随意修改的.然而,对应 ...
- 机器指令翻译成 JavaScript —— No.6 深度优化
第一篇 中我们曾提到,JavaScript 最终还得经过浏览器来解析.因此可以把一些优化工作,交给脚本引擎来完成. 现代浏览器的优化能力确实很强,但是,运行时的优化终归是有限的.如果能在事先实现,则可 ...
- 机器指令翻译成 JavaScript —— No.7 过渡语言
上一篇,我们决定使用 LLVM 来优化程序,并打算用 C 作为输入语言.现在我们来研究一下,将 6502 指令转换成 C 的可行性. 跳转支持 翻译成 C 语言,可比 JS 容易多了.因为 C 支持 ...
- 机器指令翻译成 JavaScript —— 终极目标
上一篇,我们顺利将 6502 指令翻译成 C 代码,并演示了一个案例. 现在,我们来完成最后的目标 -- 转换成 JavaScript. 中间码输出 我们之所以选择 C,就是为了使用 LLVM.现在来 ...
随机推荐
- 删除datatable的行后,出现“不能通过已删除的行访问该行的信息”的错误,即DeletedRowInaccessibleException
删除datatable的行后,出现“不能通过已删除的行访问该行的信息”的错误 =========================================================== 采 ...
- PHP小错误及分析
即使是经验丰富的程序猿,在编程的过程中犯个错误也是在所难免的.如果开发人员不能注意到这些错误,也无法了解编译器报错信息的含义,那么这些错误信息不仅毫无用处,还会常常让人感到沮丧,所以更好地理解错误信息 ...
- 【深入理解JAVA虚拟机】第三部分.虚拟机执行子系统.2.虚拟机类加载机制
1.概述 虚拟机把描述类的数据从Class文件加载到内存,并对数据进行校验. 转换解析和初始化,最终形成可以被虚拟机直接使用的Java类型,这就是虚拟机的类加载机制. 2.类加载顺序 类从被加载到虚拟 ...
- [零基础学JAVA]Java SE基础部分-03.标识符、数据类型,数组,方法
运算符 注意布尔逻辑运行: &&(短路与) 各 &的区别: &&只要判断到一项为0,则后面不判断.&,两项都要判断 ||(短路或)和 |的区别: 同 ...
- 通讯聊天工具(pingin)
pidgin需要添加插件才可以进行QQ,msn,facebook等聊天 sudo apt-get install pidgin(ubuntu 可以直接进行安装) sudo add-apt-reposi ...
- servlet api.jar是干什么的?
支持servlet的jar包.应该叫servlet-api.jar你如果编写过servlet就知道要用到HttpServletRequest和HttpServletResponse等对象,这些对象都是 ...
- HDU 1698 【线段树,区间修改 + 维护区间和】
题目链接 HDU 1698 Problem Description: In the game of DotA, Pudge’s meat hook is actually the most horri ...
- 十七、IntelliJ IDEA 中的 Maven 项目初体验及搭建 Spring MVC 框架
我们已经将 IntelliJ IDEA 中的 Maven 项目的框架搭建完成.接着上文,在本文中,我们更近一步,利用 Tomcat 运行我们的 Web 项目. 如上图所示,我们进一步扩展了项目的结构, ...
- kafka 参数配置 1
kafka 参数配置 #参数配置 * broker.id : kafka 集群的唯一,标识每个broker * log.dirs : 指定kafka持久化消息的目录,可以设置多个目录,如:/home/ ...
- C# 对WinForm应用程序的App.config的加密
默认情况下,我们需要对App.config文件里的connectionStrings片断进行加密处理,ASP.NET IIS 注册工具 (Aspnet_regiis.exe)可以胜任这个工作,但这个工 ...