HDU1560 DNA sequence IDA* + 强力剪枝 [kuangbin带你飞]专题二
题意:给定一些DNA序列,求一个最短序列能够包含所有序列。
思路:记录第i个序列已经被匹配的长度p[i],以及第i序列的原始长度len[i]。则有两个剪枝:
剪枝1:直接取最长待匹配长度。1900ms
int h = 0; for(int i = 0; i < n; ++i) { h = max(len[i] - p[i], h); //最大待匹配长度 }
剪枝二:统计每个序列里面四种序列值,并求得每种序列值的最长长度。将四种序列值加起来就是最长待匹配长度。180ms
int cal() { //至少还需要匹配的长度 memset(cost, 0, sizeof(cost)); memset(tp, 0, sizeof(tp)); for(int i = 0; i < n; ++i) { for(int j = p[i]; j < len[i]; ++j) tp[ha[str[i][j]]]++; for(int j = 0; j < 4; ++j) { cost[j] = max(cost[j], tp[j]); tp[j] = 0; } } int h = 0; for(int i = 0; i < 4; ++i) h += cost[i]; return h; }
剪枝二优于剪枝一。
AC代码:180ms
#include<cstdio> #include<cstring> #include<algorithm> #include<map> using namespace std; map<char, int>ha; const int maxn = 10; char str[maxn][maxn]; int len[maxn], p[maxn]; int n, maxd, pd; int cost[4], tp[4]; char ch[] = {'A', 'G', 'C', 'T'}; int cal() { //至少还需要匹配的长度 memset(cost, 0, sizeof(cost)); memset(tp, 0, sizeof(tp)); for(int i = 0; i < n; ++i) { for(int j = p[i]; j < len[i]; ++j) tp[ha[str[i][j]]]++; for(int j = 0; j < 4; ++j) { cost[j] = max(cost[j], tp[j]); tp[j] = 0; } } int h = 0; for(int i = 0; i < 4; ++i) h += cost[i]; return h; } int dfs(int cnt) { int h = cal(); if(h == 0) { printf("%d\n", maxd); return 1; } if(h + cnt > maxd) { pd = min(h + cnt, pd); return 0; } int old[maxn]; memcpy(old, p, sizeof(old)); for(int i = 0; i < 4; ++i) { char c = ch[i]; int flag = 0; for(int j = 0; j < n; ++j) { if(p[j] < len[j] && str[j][p[j]] == c) { flag = 1; ++p[j]; } } if(flag && dfs(cnt + 1)) return 1; memcpy(p, old, sizeof(old)); } return 0; } int main() { for(int i = 0; i < 4; ++i) ha[ch[i]] = i; int T; scanf("%d", &T); while(T--) { maxd = 0; memset(p, 0, sizeof(p)); scanf("%d", &n); for(int i = 0; i < n; ++i) { scanf("%s", str[i]); len[i] = strlen(str[i]); maxd = max(maxd, len[i]); } while(1) { pd = 1 << 30; if(dfs(0)) break; maxd = pd; } } return 0; }
如有不当之处欢迎指出!
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