Amber安装并行

现在简单介绍一下amber12中安装openmpi并行的过程。

1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间的（openmpi-1.6.5.tar.bz2）

这是因为$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi 文件中的下面这句话：

mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-1.[5-9]*/ 2>/dev/null | tail -n 1`

2. 下载完成之后进行解压
一定要解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src 这个目录

3. 运行./configure_openmpi gnu （intel）

安装完成之后一定要设置环境变量

export MPI_HOME=/home/yzh/Amber/amber12/AmberTools
export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export DO_PARALLEL="mpirun -np 8"

这里还有一 个小小的问题，如果不注意又要耽误很长的时间去调bug，真是烦人。

Intel和openmpi中都有mpirun这个脚本，你可以用 which  mpirun测试一下就会发现出现的是intel中的mpirun

为了能让程序自动识别opemmpi中的mpirun,所以就稍微做一下改动，将intel中的那个mpirun随便换一个名字就

哦了。

4.回到$AMBERHOME家目录：

./configure -mpi  gnu （intel）

5. 运行命令

make install

6. 如果编译过程中出现

Fatal Error: File 'netcdf.mod' opened at (1) is not a GFORTRAN module file

这个错误需要回到$AMBERHOME/include文件夹内，把所有的netcdf.*文件全部删除，然后再重复上面的步骤

4和步骤5