fastq to tasta using linux shell script
#!/bin/bash
usage()
{ echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
printf "# "; echo "Usage: ./`basename $0` -i input.fa -o out.fa"
echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
exit 1
}
[ $# -eq 0 ] && usage
while getopts :i:o: OPTION
do
case $OPTION in
i)
input_file=$OPTARG
;;
o)
output_file=$OPTARG
;;
\?)
usage
;;
esac
done
awk '{if (NR%4==1) {print ">" substr($0,2)}}{if (NR%4==2) {print}}' $input_file > $output_file
time ./awk_fq_to_fa.sh -i ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq -o test.fa
real 0m0.065s
user 0m0.039s
sys 0m0.014s
time perl fastQ_to_fastA.pl -I ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq > test_1.fa
real 0m1.562s
user 0m1.550s
sys 0m0.004s
fastq to tasta using linux shell script的更多相关文章
- 一个改动配置文件的linux shell script
不久以前,以前搜到一篇博客是读取配置文件的,http://www.cnblogs.com/bo083/archive/2012/11/19/2777076.html,用到如今,感觉十分方便.感谢作者. ...
- Linux shell script All In One
Linux shell script All In One refs xgqfrms 2012-2020 www.cnblogs.com 发布文章使用:只允许注册用户才可以访问!
- Linux Shell Script目录
目录 Linux Shell基础 开始Shell编程 代码 示例代码查看:https://github.com/Furzoom/demo-C/tree/master/src/shell
- Linux shell Script初识
shell secript: 执行方式的差异: ./ sh执行都是在创建一个子程序来执行,只会继承环境变量, 其中的变量如果export声明,子程序的子程序会继承,不会升级为环境变量 source 的 ...
- (copy) Shell Script to Check Linux System Health
source: http://linoxide.com/linux-shell-script/shell-script-check-linux-system-health/ This article ...
- Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process
Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process http://www.unix.com/shell-programmi ...
- (原创)鸟哥linux学习script shell相关笔记
在使用鸟哥linux进行script shell学习的过程中碰到一些不太明白的知识点,在这里进行一些记录 1. [root@www scripts]# vi sh03.sh #!/bin/bash # ...
- linux基础之Shell Script入门介绍
本文介绍下,学习shell script编程的入门知识,通过几个入门实例,带领大家走进shell script的神圣殿堂,呵呵,有需要的朋友参考下. 本文转自:http://www.jbxue.com ...
- “windows的批处理”与“Linux的shell script”的类比学习
从2005年开始,做了将近10年的系统维护,先是做网络接入管理,然后做网络安全与审计,然后做服务器管理等整个网络系统的运营管理:现在又兼着做一些Linux下的视频监控系统的软硬件维护.过程中遇到太多重 ...
随机推荐
- 使用gulp将移动端px转为rem
使用gulp的插件可以很方便的将xp转为rem,在布局的时候使用@1x .@2x布局,即10rem=device-width:@1x即设计图为320px,1rem对应的10px像素,相对的@2x即为布 ...
- win7登录后开机密码破解读取
在win7登录后,win7密码可以直接读取. https://github.com/gentilkiwi/mimikatz
- 005商城项目:ssm框架的整合成功之后的问题:使用maven的tomcat插件时的debug
在执行maven的clean时经常碰到一个问题: 解决: 然后: 还有一个问题是:用maven 使用Debug调试时,不能看到源代码. 解决办法: 下面选择Debug Configurations 这 ...
- linux addr2line 定位so库崩溃位置
在Linux下写C/C++程序的程序员,时常与Core Dump相见.在内存越界访问,收到不能处理的信号,除零等错误出现时,我们精心或不精心写就的程序就直接一命呜呼了,Core Dump是Linux仁 ...
- 设置select默认值
W3C下设置一个默认值直接为 select.value='默认值'. IE8下设置默认值必须有这个option才能被设置,不像W3C 如chrome这种,直接设置就能显示,如果IE下这样设置的话sel ...
- JavaScript系列:计算一个结果为30的加法智力题
用下面这段JavaScript代码可以计算出来 function findTheThreeNum(numFix) { var a = ["1", "3", &q ...
- ubuntu-12.10-server中打开终端的方式
ubuntu-12.10-server系统在图形界面的任务栏上找不到终端的踪影,可以使用以下两种方式调出 1.在图形界面中点击Dash Home 点击后搜索terminal即可 2.可以通过快捷键CT ...
- JavaScript中in操作符(for..in)、Object.keys()和Object.getOwnPropertyNames()的区别
ECMAScript将对象的属性分为两种:数据属性和访问器属性.每一种属性内部都有一些特性,这里我们只关注对象属性的[[Enumerable]]特征,它表示是否通过 for-in 循环返回属性,也可以 ...
- 求height数组
procedure getheight; var i,po1,po2:longint; begin to len do begin ; po1:=i;po2:=sa[rank[i]-]; while ...
- 最短判断IE的办法
if(!!-[1,]){ return }; 无意中看到这样一行代码,经查是用来判断IE的代码,非常精简,原理如下: [1,],这是一个数组,IE和标准浏览器对这样一个数组的解析是不一样的 alert ...