#!/bin/bash
usage()
{ echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
printf "# "; echo "Usage: ./`basename $0` -i input.fa -o out.fa"
echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
exit 1
}
[ $# -eq 0 ] && usage while getopts :i:o: OPTION
do
case $OPTION in
i)
input_file=$OPTARG
;;
o)
output_file=$OPTARG
;;
\?)
usage
;;
esac
done
awk '{if (NR%4==1) {print ">" substr($0,2)}}{if (NR%4==2) {print}}' $input_file > $output_file
time ./awk_fq_to_fa.sh -i ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq -o test.fa

real    0m0.065s
user 0m0.039s
sys 0m0.014s
time perl fastQ_to_fastA.pl -I ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq > test_1.fa

real    0m1.562s
user 0m1.550s
sys 0m0.004s

fastq to tasta using linux shell script的更多相关文章

  1. 一个改动配置文件的linux shell script

    不久以前,以前搜到一篇博客是读取配置文件的,http://www.cnblogs.com/bo083/archive/2012/11/19/2777076.html,用到如今,感觉十分方便.感谢作者. ...

  2. Linux shell script All In One

    Linux shell script All In One refs xgqfrms 2012-2020 www.cnblogs.com 发布文章使用:只允许注册用户才可以访问!

  3. Linux Shell Script目录

    目录 Linux Shell基础 开始Shell编程 代码 示例代码查看:https://github.com/Furzoom/demo-C/tree/master/src/shell

  4. Linux shell Script初识

    shell secript: 执行方式的差异: ./ sh执行都是在创建一个子程序来执行,只会继承环境变量, 其中的变量如果export声明,子程序的子程序会继承,不会升级为环境变量 source 的 ...

  5. (copy) Shell Script to Check Linux System Health

    source: http://linoxide.com/linux-shell-script/shell-script-check-linux-system-health/ This article ...

  6. Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process

    Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process http://www.unix.com/shell-programmi ...

  7. (原创)鸟哥linux学习script shell相关笔记

    在使用鸟哥linux进行script shell学习的过程中碰到一些不太明白的知识点,在这里进行一些记录 1. [root@www scripts]# vi sh03.sh #!/bin/bash # ...

  8. linux基础之Shell Script入门介绍

    本文介绍下,学习shell script编程的入门知识,通过几个入门实例,带领大家走进shell script的神圣殿堂,呵呵,有需要的朋友参考下. 本文转自:http://www.jbxue.com ...

  9. “windows的批处理”与“Linux的shell script”的类比学习

    从2005年开始,做了将近10年的系统维护,先是做网络接入管理,然后做网络安全与审计,然后做服务器管理等整个网络系统的运营管理:现在又兼着做一些Linux下的视频监控系统的软硬件维护.过程中遇到太多重 ...

随机推荐

  1. Android应用性能测试

    Android应用性能测试 Android用户也许会经常碰到以下的问题: 1)应用后台开着,手机很快没电了——应用耗电大 2)首次/非首次启动应用,进入应用特别慢——应用启动慢 3)应用使用过程中,越 ...

  2. iOS多线程之NSThread详解

    在iOS中每个进程启动后都会建立一个主线程(UI线程),这个线程是其他线程的父线程.由于iOS中除了主线程,其他子线程是独立于Cocoa Touch的,所以只有主线程可以更新UI界面.iOS多线程的使 ...

  3. java类型转换

    //java类型转换public class Demo2 { public static void main(String[] args){ int num1 = 55; int num2 =77; ...

  4. PHP用户注册邮箱验证激活帐号

    我们在很多网站注册会员时,注册完成后,系统会自动向用户的邮箱发送一封邮件,这封邮件的内容就是一个URL链接,用户需要点击打开这个链接才能激活之前在该网站注册的帐号.激活成功后才能正常使用会员功能. 本 ...

  5. dotnetGen 系列终于开源了

    https://github.com/2881099/dotnetGen .Net 3.0 + SqlServer 生成器 https://github.com/2881099/dotnetGen_s ...

  6. 用linqPad帮助你快速学习LINQ

    在这里我向大家推荐的一个具是LinqPad有了这个工具并熟练使用就可以很快学习并掌握linq linqPad下载地址:http://www.linqpad.net/ 它也自带了很多例子方便大家查询,l ...

  7. PRML读书会第十三章 Sequential Data(Hidden Markov Models,HMM)

    主讲人 张巍 (新浪微博: @张巍_ISCAS) 软件所-张巍<zh3f@qq.com> 19:01:27 我们开始吧,十三章是关于序列数据,现实中很多数据是有前后关系的,例如语音或者DN ...

  8. Log4net使用(二)

    日志记录到根目录Log文件夹,文件夹中分LogError与LogInfo文件夹 web.config配置: <configSections> <section name=" ...

  9. OpenStack 简介

    OpenStack是IaaS(基础设施即服务)组件,让任何人都可以自行建立和提供云端运算服务. 此外,OpenStack也用作建立防火墙内的"私有云"(Private Cloud) ...

  10. JavaScript的理解记录(1)

    1.JavaScript的数据类型分为两类:原始类型和对象类型: 原始类型包括:数字,字符串,布尔值,null和undefined; (都是不可变类型,值不可以修改) 对象类型:普通对象和函数: 函数 ...