fastq to tasta using linux shell script
#!/bin/bash
usage()
{ echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
printf "# "; echo "Usage: ./`basename $0` -i input.fa -o out.fa"
echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
exit 1
}
[ $# -eq 0 ] && usage
while getopts :i:o: OPTION
do
case $OPTION in
i)
input_file=$OPTARG
;;
o)
output_file=$OPTARG
;;
\?)
usage
;;
esac
done
awk '{if (NR%4==1) {print ">" substr($0,2)}}{if (NR%4==2) {print}}' $input_file > $output_file
time ./awk_fq_to_fa.sh -i ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq -o test.fa
real 0m0.065s
user 0m0.039s
sys 0m0.014s
time perl fastQ_to_fastA.pl -I ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq > test_1.fa
real 0m1.562s
user 0m1.550s
sys 0m0.004s
fastq to tasta using linux shell script的更多相关文章
- 一个改动配置文件的linux shell script
不久以前,以前搜到一篇博客是读取配置文件的,http://www.cnblogs.com/bo083/archive/2012/11/19/2777076.html,用到如今,感觉十分方便.感谢作者. ...
- Linux shell script All In One
Linux shell script All In One refs xgqfrms 2012-2020 www.cnblogs.com 发布文章使用:只允许注册用户才可以访问!
- Linux Shell Script目录
目录 Linux Shell基础 开始Shell编程 代码 示例代码查看:https://github.com/Furzoom/demo-C/tree/master/src/shell
- Linux shell Script初识
shell secript: 执行方式的差异: ./ sh执行都是在创建一个子程序来执行,只会继承环境变量, 其中的变量如果export声明,子程序的子程序会继承,不会升级为环境变量 source 的 ...
- (copy) Shell Script to Check Linux System Health
source: http://linoxide.com/linux-shell-script/shell-script-check-linux-system-health/ This article ...
- Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process
Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process http://www.unix.com/shell-programmi ...
- (原创)鸟哥linux学习script shell相关笔记
在使用鸟哥linux进行script shell学习的过程中碰到一些不太明白的知识点,在这里进行一些记录 1. [root@www scripts]# vi sh03.sh #!/bin/bash # ...
- linux基础之Shell Script入门介绍
本文介绍下,学习shell script编程的入门知识,通过几个入门实例,带领大家走进shell script的神圣殿堂,呵呵,有需要的朋友参考下. 本文转自:http://www.jbxue.com ...
- “windows的批处理”与“Linux的shell script”的类比学习
从2005年开始,做了将近10年的系统维护,先是做网络接入管理,然后做网络安全与审计,然后做服务器管理等整个网络系统的运营管理:现在又兼着做一些Linux下的视频监控系统的软硬件维护.过程中遇到太多重 ...
随机推荐
- Ubuntu终端命令行不显示颜色
在网上找到的一个有效方案是在.bash_profile 中增加颜色定义 export LS_COLORS='di=01;35:ln=01;36:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:b ...
- 【BZOJ 1001】[BeiJing2006]狼抓兔子
Description 现在小朋友们最喜欢的"喜羊羊与灰太狼",话说灰太狼抓羊不到,但抓兔子还是比较在行的,而且现在的兔子还比较笨,它们只有两个窝,现在你做为狼王,面对下面这样一个 ...
- css默认值汇总
原文:http://www.cnblogs.com/xiangzi888/archive/2011/10/12/2209514.html HTML标签CSS属性默认值汇总 这个东西,在你需要还原默认值 ...
- git 本地分支与远程分支
github上已经有master分支 和dev分支 在本地 git checkout -b dev 新建并切换到本地dev分支 git pull origin dev 本地分支与远程分支相关联 在本地 ...
- Makefile 中:= ?= += =的区别
在Makefile中我们经常看到 = := ?= +=这几个赋值运算符,那么他们有什么区别呢?我们来做个简单的实验 新建一个Makefile,内容为:ifdef DEFINE_VRE VRE = ...
- CentOS 7下的 Mysql 主从配置
最近在玩mysql主从配置,在此记录一下 一.前言 1.安装两个虚拟机(CentOS 7).iP分别是192.168.47.131 和192.168.47.133.其中192.168.47.133作为 ...
- iOS视频录制、压缩导出、取帧等http://www.jianshu.com/p/6f23f608048e
原文网址请参考:http://www.jianshu.com/p/6f23f608048e
- C#基础之IEnumerable
1.IEnumerable的作用 在使用Linq查询数据时经常以IEnumerable<T>来作为数据查询返回对象,在使用foreach进行遍历时需要该对象实现IEnumerable接口, ...
- php基础入门
一.序言 由于新公司的需要,我也就从原来的asp专向了,php的学习中.希望通过自己的学习能够尽快的熟悉了解php 二.php独特的语法特色 1.引号问题 在php中单引号和双引号的作用基本相同,但 ...
- js的原型链和constructor
转载:http://www.108js.com/article/article1/10201.html?id=1092 请先瞻仰上边的这篇文章. 对象的原型链: box.__proto__.__pro ...