#!/bin/bash
usage()
{ echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
printf "# "; echo "Usage: ./`basename $0` -i input.fa -o out.fa"
echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
exit 1
}
[ $# -eq 0 ] && usage while getopts :i:o: OPTION
do
case $OPTION in
i)
input_file=$OPTARG
;;
o)
output_file=$OPTARG
;;
\?)
usage
;;
esac
done
awk '{if (NR%4==1) {print ">" substr($0,2)}}{if (NR%4==2) {print}}' $input_file > $output_file
time ./awk_fq_to_fa.sh -i ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq -o test.fa

real    0m0.065s
user 0m0.039s
sys 0m0.014s
time perl fastQ_to_fastA.pl -I ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq > test_1.fa

real    0m1.562s
user 0m1.550s
sys 0m0.004s

fastq to tasta using linux shell script的更多相关文章

  1. 一个改动配置文件的linux shell script

    不久以前,以前搜到一篇博客是读取配置文件的,http://www.cnblogs.com/bo083/archive/2012/11/19/2777076.html,用到如今,感觉十分方便.感谢作者. ...

  2. Linux shell script All In One

    Linux shell script All In One refs xgqfrms 2012-2020 www.cnblogs.com 发布文章使用:只允许注册用户才可以访问!

  3. Linux Shell Script目录

    目录 Linux Shell基础 开始Shell编程 代码 示例代码查看:https://github.com/Furzoom/demo-C/tree/master/src/shell

  4. Linux shell Script初识

    shell secript: 执行方式的差异: ./ sh执行都是在创建一个子程序来执行,只会继承环境变量, 其中的变量如果export声明,子程序的子程序会继承,不会升级为环境变量 source 的 ...

  5. (copy) Shell Script to Check Linux System Health

    source: http://linoxide.com/linux-shell-script/shell-script-check-linux-system-health/ This article ...

  6. Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process

    Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process http://www.unix.com/shell-programmi ...

  7. (原创)鸟哥linux学习script shell相关笔记

    在使用鸟哥linux进行script shell学习的过程中碰到一些不太明白的知识点,在这里进行一些记录 1. [root@www scripts]# vi sh03.sh #!/bin/bash # ...

  8. linux基础之Shell Script入门介绍

    本文介绍下,学习shell script编程的入门知识,通过几个入门实例,带领大家走进shell script的神圣殿堂,呵呵,有需要的朋友参考下. 本文转自:http://www.jbxue.com ...

  9. “windows的批处理”与“Linux的shell script”的类比学习

    从2005年开始,做了将近10年的系统维护,先是做网络接入管理,然后做网络安全与审计,然后做服务器管理等整个网络系统的运营管理:现在又兼着做一些Linux下的视频监控系统的软硬件维护.过程中遇到太多重 ...

随机推荐

  1. Linux下Mongodb安装和启动配置

    1.下载安装包 wget http://fastdl.mongodb.org/linux/mongodb-linux-i686-1.8.2.tgz 下载完成后解压缩压缩包 tar zxf mongod ...

  2. translateZ 带来的Z-index 问题

    今天遇到了一个问题,当一个3D变换元素translateZ这个属性的值为负值的时候,这个元素的Z-index就不会其作用,解决方法就是translateZ的值必须大于等于0才能让Z-index 起作用 ...

  3. 基于Spring的简易SSO设计

    通常稍微规模大一些的企业,内部已经有很多的应用系统,多个系统整合首先要解决的便是“统一登录(SSO)”问题,之前写过一篇 利用Membership实现SSO(单点登录) ,java环境下已经有一些开源 ...

  4. ejb3: message drive bean(MDB)示例

    上一篇已经知道了JMS的基本操作,今天来看一下ejb3中的一种重要bean:Message Drive Bean(mdb) 如果要不断监听一个队列中的消息,通常我们需要写一个监听程序,这需要一定的开发 ...

  5. 实时监控log文件

    一个进程在运行,并在不断的写log,你需要实时监控log文件的更新(一般是debug时用),怎么办,不断的打开,关闭文件吗? 不用,至少有两个方法,来自两个很常用的命令: tail -f log.tx ...

  6. 为 Xamarin.Forms 做个跑马灯控件

    前段时间,私下用 Xamarin.Forms 做了个商业项目的演示版.很多被国内App玩坏了的控件/效果,XF上都没有或是找不到对应的实现,没有办法只能亲自上阵写了几个,效果还行,就是有BUG. 这个 ...

  7. MVVM小记

    这篇小记源自于codeproject上的一篇文章 http://www.codeproject.com/Articles/100175/Model-View-ViewModel-MVVM-Explai ...

  8. UTF-8和Unicode

    What's the difference between unicode and utf8? up vote 103 down vote favorite 49 Is it true that un ...

  9. C语言文件的读写

    对文件的读和写是最常用的文件操作.在C语言中提供了多种文件读写的函数: 字符读写函数  :fgetc和fputc 字符串读写函数:fgets和fputs 数据块读写函数:freed和fwrite 格式 ...

  10. 发短信的简单实现——C#版

    为了验证操作人的身份,界面中通常会有获取验证码的功能.及点击获取验证码就会往你输入的手机号里面发送一条短信进行验证. 最近公司给我的任务中也包含这个功能,那么接下来就让我讲解下. ---------- ...