tRNAscan-SE

tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列，也就是说你给定一组基因序列（fasta数据格式），可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理，我不搞生物，所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。

tRNAscan-SE有两种使用方法。

1）tRNAscan-SE的网页版（http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE），但是可能不方便也有一些文件大小限制。

2）tRNAscan-SE的本地安装。通过下载package，直接在linux运行环境下安装该环境。

步骤：

• $ wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz
• $ tar zxf tRNAscan-SE.tar.gz
• $cd tRNAscan-SE-1.3.1
• $ make && make install
• $ make testrun

这样就说明软件配置成功！

    现在就开始预测一段基因序列：

    常用命令：

$ tRNAscan-SE -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats  /home/gjs/fasta/h.fa

我们可以看到总共会输出三个文件出来，分别是tRNA.out、tRNA.stats、tRNA.ss. 像我们这样的人只要看第一个文件就ok了。

tRNA.out文件里面会输出我们的测试序列中tRNA的位置信息。

我们可以自己改变命令的参数，由于有时候我们要测试很多份数据，每次都需要认为删除或重写三个输出文件，为了方便我们可以写个shell脚本，方便使用。

#！bin/sh
rm -rf /home/gjs/tRNA.out
rm -rf /home/gjs/rRNA.ss
rm -rf /home/gjs/tRNA.stats
$ tRNAscan-SE -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats  $

这样我们就可以直接调用shell脚本了。