tRNAscan-SE
tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列,也就是说你给定一组基因序列(fasta数据格式),可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理,我不搞生物,所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。
tRNAscan-SE有两种使用方法。
1)tRNAscan-SE的网页版(http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE),但是可能不方便也有一些文件大小限制。
2)tRNAscan-SE的本地安装。通过下载package,直接在linux运行环境下安装该环境。
步骤:
- $ wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz
- $ tar zxf tRNAscan-SE.tar.gz
- $cd tRNAscan-SE-1.3.1
- $ make && make install
- $ make testrun
这样就说明软件配置成功!
现在就开始预测一段基因序列:
常用命令:
$ tRNAscan-SE -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats /home/gjs/fasta/h.fa
我们可以看到总共会输出三个文件出来,分别是tRNA.out、tRNA.stats、tRNA.ss. 像我们这样的人只要看第一个文件就ok了。
tRNA.out文件里面会输出我们的测试序列中tRNA的位置信息。
我们可以自己改变命令的参数,由于有时候我们要测试很多份数据,每次都需要认为删除或重写三个输出文件,为了方便我们可以写个shell脚本,方便使用。
#!bin/sh
rm -rf /home/gjs/tRNA.out
rm -rf /home/gjs/rRNA.ss
rm -rf /home/gjs/tRNA.stats
$ tRNAscan-SE -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats $
这样我们就可以直接调用shell脚本了。
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