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    #!/bin/bash usage() { echo;echo "Usage: ./`basename $0` [gi number list] [number of cpu]"; ...

  2. NCBI database download

    ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.go ...

  3. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. NCBI原始数据下载by Aspera Connect

    主要参考这篇文章: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a ...

  5. NCBI下载sra数据（新）

      今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Tool ...

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  7. 【只要有ENA千万别用NCBI】拆分SRA文件，通过SRAtoolkits

    只要有ENA千万别用NCBI!!!! 最近开始分析网上Download的数据,一开始用人家现成的GWAS数据,后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的,出来混早晚是要还的,所以就开始从头分析一些SR ...

  8. 从 NCBI 批量下载基因组的方法

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  9. NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上（locus）

    首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下 ...

  10. 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库

    SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...

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    # encoding:utf-8 import urllib import os def Schedule(a,b,c): ''''' a:已经下载的数据块 b:数据块的大小 c:远程文件的大小 '' ...

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