参考：

独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇)

HiSeq2000测序原理、流程与仪器

NGS文库制备的方法比较[心得点评]

各种测序文库构建方式

样本：就是待测的DNA、RNA或蛋白序列，样本来源单一的就是单样本，样本来源于多处就是多样本，一般我们测序用的样本都是单样本，但有时候有特殊需求，我们会把一些样本混合在一起测序，也就是多样本测序。

文库：二代三代读长都是有限的，为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序。总的来说，在NGS分析之前，制备RNA或DNA的主要步骤包括：片段化和/或筛分指定长度的目标序列；将目标片段转化成双链DNA；在片段末端连上寡核苷酸接头；以及定量最终的文库。

单端测序和双端测序：单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flow cell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序(图2)。

flowcell：FC，一个FC就是一个载玻片状的载体，它是测序的场所。

lane：表示测序芯片上的一条流通槽,测序文库与试剂均在里面,测序信号的扫描也是按照一条lane上的一个tile进行。一个FC有多条lane，一般是8条

run：测序仪运行一次

把上面4篇文章看完基本就能理解二代测序的原理了~

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