HPCC 登录总结

最近开始做NGS的分析，数据明显更大，在自己的机子上面做有些不现实了，需要登录高性能计算机。

1. 目录结构：

home directory: /auto/rcf-40/USERNAME -- only 1 GB

project directory: /home/rcf-proj/cy/USERNAME -- 100 GB 所以主要在这个目录下面操作！

2. screen 命令

使用hpcc的一个很重要的命令是screen

如果不使用screen命令的话，那么你在跑任务的时候需要一直开着terminal（according to QY）。那么，如何只是让它跑着，却可以安心把terminal关掉而不管它呢？就是screen！

screen 即进入screen模式

ctrl+A - ctrl+D连按，可以安全退出screen（即，screen中的工作仍在运行，不会终止）

在screen中写命令：exit，可以退出screen的工作

screen -r 可以resume你的screen （比如你terminal关掉一段时间后重新打开，可以重新看到你的工作）

3.PBS 文件

对于一些长时间运行的程序，需要用PBS文件来操作。

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=2    注：nodes是hpcc中计算节点的选项，ppn是processor number的选项
#PBS -l walltime=00:00:59  注： 这里是运行最长时间的选项，对于sequencing data，可以选择23：59：59
cd /home/rcf-proj3/pv/test/  ### 切换到你的脚本目录
source /usr/usc/sas/default/setup.sh  ### 对于某些程序需要启动一些软件如SAS
sas my.sas  ### 运行程序

其实，PBS 文件相当于一个shell脚本，只不过文件头有所不同。
执行时，
qsub myjob.pbs 即可！