本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据，以及所有代码，一共6个脚本（我目前写得最详细的教程，也是全网少有的）。

数据的预处理就不演示了，预处理的代码存放在0.pre.R文件中。

以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比，和原文一致，说明前面的数据提取及处理是没有问题的。

最终的效果图如下：

在准备好数据之后，就可以开始NMF分析了。

请移步公众号阅读~

因水平有限，有错误的地方，欢迎批评指正！

单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示的更多相关文章

  1. 【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

    1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的.然鹅,有几个小伙伴不 ...

  2. 【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂，并画热图

    之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): in ...

  3. 非负矩阵分解NMF

    http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/52098864 非负矩阵分解(NMF,Non-negative matrix factorization ...

  4. 文本主题模型之非负矩阵分解(NMF)

    在文本主题模型之潜在语义索引(LSI)中,我们讲到LSI主题模型使用了奇异值分解,面临着高维度计算量太大的问题.这里我们就介绍另一种基于矩阵分解的主题模型:非负矩阵分解(NMF),它同样使用了矩阵分解 ...

  5. 推荐算法——非负矩阵分解(NMF)

    一.矩阵分解回想 在博文推荐算法--基于矩阵分解的推荐算法中,提到了将用户-商品矩阵进行分解.从而实现对未打分项进行打分. 矩阵分解是指将一个矩阵分解成两个或者多个矩阵的乘积.对于上述的用户-商品矩阵 ...

  6. 浅谈隐语义模型和非负矩阵分解NMF

    本文从基础介绍隐语义模型和NMF. 隐语义模型 ”隐语义模型“常常在推荐系统和文本分类中遇到,最初来源于IR领域的LSA(Latent Semantic Analysis),举两个case加快理解. ...

  7. 单细胞分析实录(4): doublet检测

    最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet.DoubletFinder等工具在检测准确性.计算效率等方面的 ...

  8. 单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

    前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网P ...

  9. 单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

    今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcr ...

随机推荐

  1. CVPR2020论文解析：视觉算法加速

    CVPR2020论文解析:视觉算法加速 GPU-Accelerated Mobile Multi-view Style Transfer 论文链接:https://arxiv.org/pdf/2003 ...

  2. PyTorch神经网络集成技术

    PyTorch神经网络集成技术 create_python_neuropod 将任意python代码打包为一个neurood包. create_python_neuropod( neuropod_pa ...

  3. 车联网V-2X智能汽车驾驶

    车联网V-2X智能汽车驾驶 早期的功能互联汽车无法满足全球车主针对不同应用和定制移动服务的各种需求.这导致较低的客户续订率,较高的建造和运营成本以及较低的组装率.通常,在没有统一平台的情况下,不同的车 ...

  4. Netty 框架学习 —— ChannelHandler 与 ChannelPipeline

    ChannelHandler 1. Channel 生命周期 Channel 的生命周期状态如下: 状态 描述 ChannelUnregistered Channel 已经被创建,但还未注册到 Eve ...

  5. RF中在测试用例集上设置标签

    1.有时候我们在执行测试用例时只想执行部分测试用例集下面的测试用例,这时可以在相应的测试用例集中设置标签,然后运行时选择标签执行对应的测试用例 语法: *** Settings *** Force T ...

  6. Filebrowser 安装简介

    官网地址: https://filebrowser.org https://github.com/filebrowser/filebrowser 官网安装方法: curl -fsSL https:// ...

  7. python学习笔记01-简单接触

    前言:陆陆续续学习python一年多了,每次都因为各种原因中断了,希望这次可以通过记录更新的方式坚持学完一轮. 简单了解python Python是一种解释型.面向对象.动态数据类型的高级程序设计语言 ...

  8. 【dp】10-15题解 snake vs block

    snake vs block 题目描述 Tgopknight最近迷上了一款叫做Snake vs Block的游戏,他总觉得他自己玩出的不是最优解,但是他忙于享受游戏的乐趣,只好请你帮忙找出最优解. S ...

  9. WPF中选择文件和选择文件夹的方法

    最近从winform转WPF,遇到了各种各样的问题.然而网上的关于WPF的资料少之又少,甚至连基本的文件选择操作,百度搜索的首页都没有一个比较好的方法.所以,踩了几个坑之后,我把我得到的方法分享给大家 ...

  10. Fiddler手机抓包配置指南

    前言: 对于开发.测试而言,抓包工具绝对是我们日常测试找bug的必备神器.今天主要介绍的是如何配置Fiddler抓取移动端app请求.首先Fiddler是一个http协议调试代理工具,它能够记录并检查 ...