本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据,以及所有代码,一共6个脚本(我目前写得最详细的教程,也是全网少有的)。

数据的预处理就不演示了,预处理的代码存放在0.pre.R文件中。

以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比,和原文一致,说明前面的数据提取及处理是没有问题的。

最终的效果图如下:

在准备好数据之后,就可以开始NMF分析了

请移步公众号阅读~

因水平有限,有错误的地方,欢迎批评指正!

单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示的更多相关文章

  1. 【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现,只需两步,啥图都有

    1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的.然鹅,有几个小伙伴不 ...

  2. 【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂,并画热图

    之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): in ...

  3. 非负矩阵分解NMF

    http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/52098864 非负矩阵分解(NMF,Non-negative matrix factorization ...

  4. 文本主题模型之非负矩阵分解(NMF)

    在文本主题模型之潜在语义索引(LSI)中,我们讲到LSI主题模型使用了奇异值分解,面临着高维度计算量太大的问题.这里我们就介绍另一种基于矩阵分解的主题模型:非负矩阵分解(NMF),它同样使用了矩阵分解 ...

  5. 推荐算法——非负矩阵分解(NMF)

    一.矩阵分解回想 在博文推荐算法--基于矩阵分解的推荐算法中,提到了将用户-商品矩阵进行分解.从而实现对未打分项进行打分. 矩阵分解是指将一个矩阵分解成两个或者多个矩阵的乘积.对于上述的用户-商品矩阵 ...

  6. 浅谈隐语义模型和非负矩阵分解NMF

    本文从基础介绍隐语义模型和NMF. 隐语义模型 ”隐语义模型“常常在推荐系统和文本分类中遇到,最初来源于IR领域的LSA(Latent Semantic Analysis),举两个case加快理解. ...

  7. 单细胞分析实录(4): doublet检测

    最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet.DoubletFinder等工具在检测准确性.计算效率等方面的 ...

  8. 单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

    前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网P ...

  9. 单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形(一)

    今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcr ...

随机推荐

  1. ARM CPU自动调度神经网络

    ARM CPU自动调度神经网络 对特定设备和工作负载进行自动调度,对于获得最佳性能至关重要.通过RPC使用自动调度器为ARM CPU调度整个神经网络. 为了自动调度神经网络,将网络划分为小的子图,进行 ...

  2. 第四代自动泊车从APA到AVP技术

    第四代自动泊车从APA到AVP技术 前言 自动泊车是指汽车自动泊车入位不需要人工控制,系统能够自动帮你将车辆停入车位,在倒车入库中可谓是驾驶者的一项利器.当我们找到一个理想的停车地点,只需轻轻启动按钮 ...

  3. MindSpore基准性能

    MindSpore基准性能 本文介绍MindSpore的基准性能.MindSpore网络定义可参考Model Zoo. 训练性能 ResNet 以上数据基于华为云AI开发平台ModelArts测试获得 ...

  4. https://www.jianshu.com/writer#/notebooks/164311/notes/88906048/preview

    什么是 webassembly 在 2019 年 12 月之前,如果你要编写一个web页面,那一定离不开 html.css.js 这三个好兄弟.在 2019 年 12 月之后 W3C 宣布 webas ...

  5. java8 函数式编程接口

    java8 函数式接口java.util.function.* @param T 入参类型 @param R 出参类型 1. Function <T,R> 例: Function<I ...

  6. 关于JAVA的FlowLayout流动布局的换行问题--图形界面

    我在网上寻找Java流动布局换行的方法,看了好久,也没有找到满意的答案. FlowLayout是流式布局,所以如果需要让换行有意义,就得锁定窗口的大小,否则随着窗口的伸缩,布局将被彻底打乱. 网上的方 ...

  7. JDBCTemplate基本使用

    用了jdbc连接池之后,我们会发现连接对象的复用性更高了,程序整体运行的性能也更高了.但是我们在做JDBC操作的时候还是比较麻烦,要定义sql,执行sql,设置参数,处理结果. 特别是当我们要做查询操 ...

  8. 【NX二次开发】查找部件中的对象 UF_OBJ_cycle_objs_in_part

    返回所有层上指定类型部件中的所有对象,不管它们的当前显示状态如何.这个例程不返回表达式.指定对象.临时(系统创建的)对象或休眠对象.休眠对象指的是从模型中删除的对象例如,如果你混合了一条边,那么这条边 ...

  9. Java编程技巧:if-else优化实践总结归纳

    文/朱季谦 说实话,其实我很讨厌在代码里大量使用if-else,一是因为该类代码属于面向过程的,二嘛,则是会显得代码过于冗余.这篇笔记,主要记录一些自己在工作实践当中针对if-else的优化心得,将会 ...

  10. 浏览器中js怎么将图片下载而不是直接打开

    网上找了好多方法都是不能用的,经过试验在Chrome中都是直接打开. 经过自己的摸索,找到了一套能用的解决方案 var database = "data:image/jpg;base64,& ...