linux计算命令

1.在lammps中通过car文件导出data文件

(进入工作目录xxx

cd xxx/

msi2lmp.exe xxx -class I -frc clayff -i -ignore > out.log

生成后xxx文件夹会有data生成，可检查一下data力场对不对，不对的话检查一下frc_files里面的clayff.frc参数准不准。)

2.计算命令说明：

source /opt/software/impi/mpivars.sh  （注意：只有source后边是有空格，其他的没有空格）

nohup mpirun -np 4 lmp_mpi < xxx.in >  xxx.out &（计算文件名，如：mmt422.in）

(4代表4核，也可以选择8,10等，nohup是放在后台计算后，电脑关机了也不停止)

其中，<：输入     >：输出         &：放到后台计算

top： 进入后台，q ：退出来

ctrl +C  停止计算  ——前台跑

kill +空格+流程号  ——后台跑

kill -9+空格+流程号  ——后台跑（如果计算错误，可以通过这个强势停止）

ssh node02 回车（进入新服务器）

3.输入计算命令：

lmp_mkl < xxx.in > xxx.out  & (后部分的out文金价可以不生成出来)

nohup mpirun -np 4 lmp_mpi < elastic.in >  elastic.out &

nohup mpirun -np 4 lmp_mkl < elastic.in >  elastic.out &（计算文件名，如：mmt422.in）

lmp_mpi  和 lmp_mkl 是代表不同版本的的lammps，低版本的lammps可能不包含一些特殊的命令，最好使用高版本，这样避免in文件中一些命令无法运行。

4.非周期性边界的设置：

boundary p p f     #f：非周期性和固定

kspace_style ewald 1.0e-6
kspace_modify slab 3.0 （一定要有这一行，这行命令将z方向的静电作用力关掉，没有这一行命令无法计算）

5.定义变量——多种方式

variable             filename1    index  npt    #定义文件名

variable             pz   equal    1

6.设置原子电荷

set type 1 charge 1.50133929 #ao 由1.575改为1.49507186
set type 2 charge 2.03265323 #st 由2.1改为 .... ，为了实现电荷平衡
set type 3 charge -1.05 #ob

7.分组group

#分别设置高岭石和水分子组
group mmt type 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
group wat type 12 13

#需要用到的组。 subtract减法、减去、删除；intersect 相交；union 加法、联合
group thermonvt union down2 up2
group up union up1 up2 up3
group down union down1 down2 down3

group topAtom id  3957        #该id号是基体顶部的ob，原子id号来分组

8.shake控制水分子的键和角

#模拟过程中，水分子的键长和健角使用shake方法保持不变
fix WT wat shake 0.0001 20 0 m 1.00797

9.nvt系综的设定

fix 1 all nve
fix 2 thermonvt langevin 300 300 100.0 699483

10.对某区域固定不动

fix 3 down1 spring/self 500.0 xyz           #在三个方向约束down1，保持不动

11.在模拟过程中使用下面的命令使结构保持不变，同时调节水的密度
fix   4   up3        setforce  0  0  NULL
fix   5   up3       aveforce  0  0  0