https://www.cnblogs.com/johnsonzzz/p/15151634.html

https://github.com/YangJianshun/LINKVIEW

可以绘制两个基因组、三个基因组的染色体水平的共线性关系。

按染色体配置比对文件参数,配置-k参数可以调整染色体的位置。

Nucmer+LINKVIEW实现序列水平的共线性分析的更多相关文章

  1. 基因组共线性分析工具MCScanX

    软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装 进入官网http: ...

  2. 共线性分析-MCscan - python (jcvi)

    本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 ...

  3. R语言实战(五)方差分析与功效分析

    本文对应<R语言实战>第9章:方差分析:第10章:功效分析 ================================================================ ...

  4. 搜索引擎case︱从搜索序列文本看高端商务车︱统计之都

    朱雪宁(北京大学光华管理学院)               王汉生(北京大学光华管理学院) 摘要:本文对100万搜索引擎用户的13亿搜索序列文本进行探索分析,对高端车用户以及商学院人群做了描述对比,并 ...

  5. R in action读书笔记(13)第十章 功效分析

    功效分析 功效分析可以帮助在给定置信度的情况下,判断检测到给定效应值时所需的样本量.反过来,它也可以帮助你在给定置信度水平情况下,计算在某样本量内能检测到给定效应值的概率.如果概率低得难以接受,修改或 ...

  6. 生物信息-McScan(Python-jcvi)共线性画图

    比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的 ...

  7. 剑指Offer面试题:20.栈的压入、弹出序列

    一.题目:栈的压入.弹出序列 题目:输入两个整数序列,第一个序列表示栈的压入顺序,请判断第二个序列是否为该栈的弹出顺序.假设压入栈的所有数字均不相等.例如序列1.2.3.4.5是某栈的压栈序列,序列4 ...

  8. SPSS数据分析—生存分析

    生存分析是对生存时间进行统计分析的一种技术,所谓生存时间,就是指从某一时间点起到所关心的事件发生的这段时间.这里的时间不一定就是钟表日历上的时间,也有可能是其他的度量单位,比如长度单位等. 生存时间有 ...

  9. LR12.53—第7课:分析场景

    第7课:分析场景 在前面的课程中,您学习如何设计,控制和执行方案运行.一旦您已加载您的服务器,你要分析的运行,并确定需要被淘汰,以提高系统性能的问题. 在图表和报告中有关方案的性能您的分析会议上提出的 ...

  10. 《UNIX/Linux网络日志分析与流量监控》新书发布

    本书从UNIX/Linux系统的原始日志(Raw Log)采集与分析讲起,逐步深入到日志审计与计算机取证环节.书中提供了多个案例,每个案例都以一种生动的记事手法讲述了网络遭到入侵之后,管理人员开展系统 ...

随机推荐

  1. 极速编程体验:VsCode和webstorm插上ChatGPT

    ChatGPT走入了千家万户,而她最适合的用法之一就是进行编程辅助,特别是对一些常规开发,有比较好的引导作用. 很多主流编辑器都有相关的插件支持接入ChatGPT,而VsCode和webstorm是我 ...

  2. 运行Java时报错:Error: opening registry key 'Software\JavaSoft\Java Runtime Environment'

    卸载旧的JAVA JDK,安装新版的JDK时,运行cmd的java -version命令遇到这样的报错: Error: opening registry key 'Software\JavaSoft\ ...

  3. 性能提升 40 倍!我们用 Rust 重写了自己的项目

    前言 Rust 已经悄然成为了最受欢迎的编程语言之一.作为一门新兴底层系统语言,Rust 拥有着内存安全性机制.接近于 C/C++ 语言的性能优势.出色的开发者社区和体验出色的文档.工具链和IDE 等 ...

  4. VMware-共享文件夹挂载

    [root@localhost jiangyinuo]# cd /cdromobash: cd: /cdromo: 没有那个文件或目录[root@localhost jiangyinuo]# cd / ...

  5. vue框架08 vue3

    vue3的介绍 # vue项目的版本,新项目使用vue3,部分老项目使用vue2 # vue3的变化 1.性能的提升 - 打包大小减少41% - 初次渲染快55%,更新渲染块133% - 内存减少54 ...

  6. ES6的总结的一些数组、字符串方法

    1.数组的方法 unshift() 数组头部添加内容 push() 数组尾部添加内容 pop() 数组尾部删除内容 shift() 数组头部删除内容 sort() 数组排序 a-b 升序 b-a 降序 ...

  7. 在端点0由GET_REPORT类请求上传报表

    目录 一般来说HID设备的报表在端点数量资源充裕的情况下都走中断端点上传,不会走控制端点即端点0上传,如果资源不足,可以利用端点0上传报表,USB协议中也是支持在端点0上传报表的. 以CH582为例, ...

  8. C# 调用Web Api通用方法

    1.通用方法 public class GetDataByWebApi { /// <summary> /// 通过web api获取数据的方法 /// </summary> ...

  9. 激光雷达ldlidar communication is abnormal.

    查看串口设置是否正常,可以通过cat /dev/ttyS4查看是否有数据以确定所接的串口是否正确

  10. pytorch学习笔记(10)--完整的模型训练(待完善)

    一.神经网络训练 # file : train.py # time : 2022/8/11 上午10:03 # function : import torchvision.datasets from ...