适用于Linux命令的10个R函数

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这篇文章将介绍 10 个不同的 Linux 命令及其 R 实现方法。 如果您有兴趣学习更多 R 函数来处理文件的方法，请参考《R: HOW TO CREATE, DELETE, MOVE, AND MORE WITH FILES》。

列出目录中的所有文件

R 实现：

list.files("/path/to/directory")
list.files("/path/to/do/directory", recursive = TRUE)

# search for files containing "something" in their name
list.files("/path/to/do/directory", pattern = "something")

# search for all CSV files
list.files("/path/to/do/directory", pattern = ".csv")

Linux 实现：

ls /path/to/directory
ls -R /path/to/directory

# search for files containing "something" in their name
ls /path/to/directory | grep "something"

# search for all CSV files
ls /path/to/directory | grep ".csv"

获取文件前几行记录

R 实现：

# let df be a data frame
head(df)
head(df, 10)

Linux 实现：

head -6 some_file.txt
head -10 some_file.txt

获取当前目录

R 实现：

getwd()

Linux 实现：

pwd

更改目录

R 实现：

setwd("/path/to/new/directory")

Linux 实现：

cd /path/to/new/directory

统计目录中的文件数

R 实现：

length(list.files("/path/to/some/directory"))

Linux 实现：

ls -1 | wc -l

检查文件权限

R 实现：

file.info("/path/to/directory/file.txt")

file.info 返回除文件权限之外的文件的其他信息，包括大小，创建时间，上次修改时间和上次访问时间。 如果您只想获得该文件的权限，请运行以下命令：

file.info("/path/to/directory/file.txt")$mode

权限以八进制(octal)形式返回; 将此八进制结果转换为读/写等功能，请参阅此链接。其实也就是 Linux 中的 rwx 权限。

Linux 实现：

ls -l /path/to/directory/file.txt

创建新目录

R 实现：

# create folder in current directory
dir.create("new_folder")
 
# create folder in different directory
dir.create("/path/to/new_directory")

Linux 实现：

# create folder in current directory
mkdir new_folder
 
# create folder in different directory
mkdir /path/to/new_directory

创建新文件

R 实现：

# create a file in current directory
file.create("new_file.txt")

# create file in different directory
file.create("/path/to/directory/new_file.txt")

Linux 实现：

# create a file in current directory
touch new_file.txt
 
# create file in different directory
touch /path/to/directory/new_file.txt

计算文件中的行数，单词数和字符数

虽然使用 base R 也可以获得文件中的行数，字数和字符数，但使用 hyperSpec 程序包可以更简单。

# R 中安装 hyperSpec 包
install.packages("hyperSpec")

运行下面的代码行将打印出一个数据框，其中包含输入文件中的字符，单词和行数。 同样，Linux wc 命令将打印出文件的相同信息。

R 实现：

library(hyperSpec)
wc("/path/to/directory/file.txt")

Linux 实现：

wc /path/to/directory/file.txt

文件拷贝

R 实现：

# copy file.txt to new_directory
file.copy("/path/to/directory/file.txt", "/path/to/new_directory")

Linux 实现：

# option 1
cp /path/to/directory/file.txt /path/to/new_directory

# option 2
cp /path/to/directory/file.txt /path/to/new_directory/file.txt

本文分享自微信公众号 - 生信科技爱好者（bioitee）。
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