经过几轮调试和修改，共线性图终于可以上眼了。如下：

图中红色的为目标基因，蓝色的为reference species目标基因周围15个基因，天蓝色为再往外15个基因，黄色为与reference species存在的共线性，灰色为相邻物种间的共线性。

标注有物种信息，scaffold信息，并用颜色加以区分物种的不同属性。

最后一章的代码和思路更新见公众号。

接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容。

MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新的更多相关文章

  1. 生物信息-McScan（Python-jcvi）共线性画图

    比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的 ...

  2. 《python for data analysis》第九章，数据聚合与分组运算

    # -*- coding:utf-8 -*-# <python for data analysis>第九章# 数据聚合与分组运算import pandas as pdimport nump ...

  3. python使用matplotlib画图

    python使用matplotlib画图 matplotlib库是python最著名的画图库.它提供了一整套和matlab类似的命令API.十分适合交互式地进行制图. 先介绍了怎样使用matplotl ...

  4. 如何在Python中快速画图——使用Jupyter notebook的魔法函数（magic function)matplotlib inline

    如何在Python中快速画图--使用Jupyter notebook的魔法函数(magic function)matplotlib inline 先展示一段相关的代码: #we test the ac ...

  5. 炼数成金数据分析课程---10、python中如何画图

    炼数成金数据分析课程---10.python中如何画图 一.总结 一句话总结: 主要matplotlib库,pandas中也可以画一些基础图 大纲+实例快速学习法 1.matplotlib的最简单画图 ...

  6. 通过游戏学python 3.6 第一季 第九章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数--随机函数和屏蔽错误代码--优化代码及注释--简单账号密码登陆--账号的注册查询和密码的找回修改--锁定账号--锁定次数--菜单功能'menufile

      通过游戏学python 3.6 第一季 第九章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数--随机函数和屏蔽错误代码--优化代码及注释--简单账号密码登陆--账号的注册查询和密码的找回修改--锁 ...

  7. 通过游戏学python 3.6 第一季 第二章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数 可复制直接使用 娱乐 可封装 函数

      猜数字游戏--核心代码--猜测次数   #猜数字--核心代码--猜测次数 number=33 amount=3 count=0 while count<=amount: conversion ...

  8. 共线性分析-MCscan - python （jcvi）

    本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 ...

  9. 翻译学python---《Learn Python the hard Way》---第一章 绪论

    打算学习python,但是又不想单纯地看书或是写个小项目,干脆引入很流行的翻译学习法来学习吧-         在论坛上看到了国外的一本<Learn Python the hard Way> ...

随机推荐

  1. 如何从0到1的构建一款Java数据生成器-第二章

    前提 在上一章我们提到了并且解决了几只拦路虎,承上启下,下面我们一起来实现一款数据生成器. 对外API /** * @description: 本地数据生成API * @author: peter * ...

  2. 为什么C语言是最适合单片机编程的高级语言！

    为什么还在用C语言编程?答案是:C语言是最适合单片机编程的高级语言. 这个问题的意思应该是:现在有很多很好用的高级语言,如java,python等等,为什么这些语言不能用来编写单片机程序呢?那么这个问 ...

  3. k8s- centos7.8搭建

    vmware16.0 centos7.8 1. 使用vmware安装 centos环境  cpu4个 内存4G 网络nat模式 2.配置网络 vim /etc/sysconfig/network-sc ...

  4. JavaScript的9大排序算法详解

    一.插入排序 1.算法简介 插入排序(Insertion-Sort)的算法描述是一种简单直观的排序算法.它的工作原理是通过构建有序序列,对于未排序数据,在已排序序列中从后向前扫描,找到相应位置并插入. ...

  5. MySQL 主从复制原理不再难

    上篇我们分析过 Binlog 日志的作用以及存储原理,感兴趣的可以翻阅: 一文带你了解 Binlog 日志 Binlog 日志主要作用是数据恢复和主从复制.本身就是二进制格式的日志文件,网络传输无需进 ...

  6. APP反编译Xposed-Fdex2脱壳

    1.首先手机安装Xposed(app) 2.安装Fdex2(app) 3.打开Fdex2 4.点击要脱壳的app 5.adb pull (点击脱壳app时候弹出的来的路径) 保存本地路径 6.完结-. ...

  7. BMP位图调色板说明

    网上一搜,可以看到BMP位图结构的详细说明,这篇文章专门谈一下其中的调色板. 多少位位图并不是指每一个颜色该用多少位表示,对于颜色来说,它始终都是24位(RGB),或者是32位(RGBA),而是指该位 ...

  8. USB引脚属性

    1.各型号usb 2.type c接口 type c母头 type c公头 usb type c三种工作模式: usb 3.1有三种工作模式: 1:DRP.主HOST/DEVICE可自由转换,类似电脑 ...

  9. VMware Workstation Pro 虚拟机安装CentOS-7

    一.下载CentOS-7镜像 我是通过阿里开源镜像站下载的, 下载url:https://mirrors.aliyun.com/centos/7/isos/x86_64/ 下载CentOS-7-x86 ...

  10. mysql在DOS环境下操作的命令

    管理员运行cmd,执行启动mysql命令:net start MySQL版本号 登录数据库:mysql -u root -p 输入密码 创建数据库:drop database if exists 数据 ...