经过几轮调试和修改，共线性图终于可以上眼了。如下：

图中红色的为目标基因，蓝色的为reference species目标基因周围15个基因，天蓝色为再往外15个基因，黄色为与reference species存在的共线性，灰色为相邻物种间的共线性。

标注有物种信息，scaffold信息，并用颜色加以区分物种的不同属性。

最后一章的代码和思路更新见公众号。

接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容。

MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新的更多相关文章

  1. 生物信息-McScan（Python-jcvi）共线性画图

    比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的 ...

  2. 《python for data analysis》第九章，数据聚合与分组运算

    # -*- coding:utf-8 -*-# <python for data analysis>第九章# 数据聚合与分组运算import pandas as pdimport nump ...

  3. python使用matplotlib画图

    python使用matplotlib画图 matplotlib库是python最著名的画图库.它提供了一整套和matlab类似的命令API.十分适合交互式地进行制图. 先介绍了怎样使用matplotl ...

  4. 如何在Python中快速画图——使用Jupyter notebook的魔法函数（magic function)matplotlib inline

    如何在Python中快速画图--使用Jupyter notebook的魔法函数(magic function)matplotlib inline 先展示一段相关的代码: #we test the ac ...

  5. 炼数成金数据分析课程---10、python中如何画图

    炼数成金数据分析课程---10.python中如何画图 一.总结 一句话总结: 主要matplotlib库,pandas中也可以画一些基础图 大纲+实例快速学习法 1.matplotlib的最简单画图 ...

  6. 通过游戏学python 3.6 第一季 第九章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数--随机函数和屏蔽错误代码--优化代码及注释--简单账号密码登陆--账号的注册查询和密码的找回修改--锁定账号--锁定次数--菜单功能'menufile

      通过游戏学python 3.6 第一季 第九章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数--随机函数和屏蔽错误代码--优化代码及注释--简单账号密码登陆--账号的注册查询和密码的找回修改--锁 ...

  7. 通过游戏学python 3.6 第一季 第二章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数 可复制直接使用 娱乐 可封装 函数

      猜数字游戏--核心代码--猜测次数   #猜数字--核心代码--猜测次数 number=33 amount=3 count=0 while count<=amount: conversion ...

  8. 共线性分析-MCscan - python （jcvi）

    本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 ...

  9. 翻译学python---《Learn Python the hard Way》---第一章 绪论

    打算学习python,但是又不想单纯地看书或是写个小项目,干脆引入很流行的翻译学习法来学习吧-         在论坛上看到了国外的一本<Learn Python the hard Way> ...

随机推荐

  1. Avoid mutating a prop directly since the value will be overwritten whenever the parent component re

    子组件修改父组件的值踩坑 Vue1.0升级至2.0之后,直接在子组件修改父组件的值是会报错的 目的是为了阻止子组件影响父组件的数据. 我们都知道在vue中,父组件传入子组件的变量是存放在props属性 ...

  2. Linux系统常用API总结

    1.错误处理 - fprintf() - perror() 2.通用I/O模型 - fd = open(pathname, flags, mode) - numread = read(fd, buff ...

  3. CV学习日志：CV开发常用库及其头文件

    CV开发过程中,通常会涉及以下库:(1)语言/视觉:C.CPP.QT.OpenCV(2)通信/模拟:ROS2.Gazebo.Webots(3)日志/数学:Eigen3.Gflags.Glog.Cere ...

  4. MeteoInfoLab脚本示例：中文处理

    在脚本中使用中文需要指明是unicode编码,即在含有中文的字符串前加u,比如:u'中文'.还需要将字体指定为一种中文字体.详见下面的例子.脚本程序: x = [1,2,3,4] y = [1,4,9 ...

  5. 【转载】opencvVS2019配置方法

    环境: 系统:win10系统截至2020920版本 opencv版本:3.0.0版本 IDE:宇宙最强IDEA最新版本2019社区版 教程: 1.下载opencv安装包官网下载链接:https://o ...

  6. python post与get请求的区别

    post:请求的url不带参数               查询参数在WebForms保存 get:请求的url会附带查询参数       查询参数在QueryString保存

  7. 【树】HNOI2014 米特运输

    题目大意 洛谷链接 给出一课点带权的树,修改一些点的权值使该树满足: 同一个父亲的儿子权值必须相同 父亲的取值必须是所有儿子权值之和 输入格式 第一行是一个正整数\(N\),表示节点的数目. 接下来\ ...

  8. Vue.js 学习笔记之五：编译 vue 组件

    正如上一篇笔记中所说,直接使用 ES6 标准提供的模块规范来编写 Vue 组件在很多情况下可能并不是最佳实践.主要原因有两个,首先是市面上还有许多并没有对 ES6 标准提供完全支持的 Web 浏览器, ...

  9. go 爬取页面保存

    package main import ( "bufio" "fmt" "io/ioutil" "net/http" & ...

  10. centos8上安装ImageMagick6.9.10并压缩图片生成webp缩略图

    一,ImageMagick的作用: ImageMagick 是一个用来创建.编辑.合成图片的软件. 它可以读取.转换.写入多种格式的图片. 功能包括:图片切割.颜色替换.各种效果的应用, 图片的旋转. ...