ORs-2-Genome Coverage and the OR Subgenome

Genome Coverage and the OR Subgenome

因为：

爬行类动物的的gene numbers比较大，而birds 的 gene numbers 处于（182-688）

其中：

（1）gene 扩张和缩小（之后会详细说明）

（2）chicken and zebra finch （long insert sanger）were significantly larger than those in other birds（short insert NGS），

所以认为测序方法对 identity gene 有影响，但不知道影响大不大，所以，

evaluate：

（1）测序深度对data的影响：

1.整体考查所有物种及其depth的关系：

a scatter plot between the number of identified OR genes and sequencing depth

发现并不是正相关，所以认为测序方法对identity gene number的影响不大。

2.考查碱基平均depth和测序深度的关系：

其中，斑马雀和鸡的sequence depth 差不多，但是 normalized mapping depth 不同（如果normalized mapping depth 一致，则认为normalized mapping depth与测序深度有关系，整体看sequencing depth 与normalized mapping depth呈正相关），但是没有呈正相关，所以认为该图反应了真正的生物学特点。

normalized mapping depth：

（2）其他error对ORs gene number的影响：

虽然，短序列测序（低估size）和ORs相似序列的损失对gene numbers 都有影响，但是影响不大。（后续会证明）