NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上（locus）

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NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上（locus）

首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21…

(史上最全)SNP位点与转录因子结合特异性数据库：GVATdb

众所周知,全基因组关联分析(GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是. 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https://gtexportal.org/home/)查询. 2)是否影响增强子活性可通过之前的推文查询:感兴趣的SNP/区域上是否有增强子/转录因子?增强子/转录因子调控哪个靶基因?(EnhancerDB) 3)是否影响…

寻找与疾病相关的SNP位点——R语言从SNPedia批量提取搜索数据

是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性.SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息.我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病,症状来寻找相关的SNP. 初次使用SNPedia SNPedia主页网址为http://snpedia.com/index.php/SNPedia,比如我想…

plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值（LD）

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386 D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0…

windows 上查看一个命令的退出码

windows 上查看一个命令的退出码可以使用下面语句 echo %errorlevel% 例如:windows 上没有ls 命令,所以使用后没有成功,查看退出码为9009 ,非0 使用dir 列出目录下的*.json 文件,命令成功,所以退出码是0.…

JFinal中文件上传后会默认放置到WebContent的upload包下，但是tomcat会自动重启，当我们再次打开upload文件夹查看我们刚刚上传的文件时，发现上传的文件已经没有了。

JFinal中文件上传后会默认放置到WebContent的upload包下,但是tomcat会自动重启,当我们再次打开upload文件夹查看我们刚刚上传的文件时,发现上传的文件已经没有了.因为tomcat重启后会清除upload文件夹下的所有文件,所以我们为了避免文件丢失,不要使用文件的默认路径. 自定义文件的上传路径如下: 在Config类中的 configConstant中定义文件上传的基本路径,如: me.setBaseUploadPath("D:\\ecplises\\workspace…